「咚咚甜甜圈！大膽地上吧！」上山高中動畫同好會的葵、繪麻、靜香、美沙、綠，曾經以甜甜圈發誓要一起做出商業動畫。那之後過了兩年半，曾經高舉夢想的手如今正握著毫無夢想的方向盤。葵成為了動畫的製作進行，今天也在拼盡全力地四處奔走著。在回收結束回到工作室時，她四處張望才發現人的氣息都消失了。感覺奇怪的她打開會議室的門，卻看到了……

在第4話作業的基礎上，葵又被要求追加了第9話的進行工作。在身為新人對於不習慣的作業感到困惑的同時，葵仍然一步一步地整理並推進著工作。但，在主任本田追問進行狀況時，她不由自主地感到慌張。好在有矢野幫忙解了圍，但馬上又因為快遞員沒有把原畫送來導致動畫師製作的鏡頭無法完成後期上色工作而忙得不可開交。儘管如此，至今為止的這些麻煩卻是每個新人製作所要經歷的。是的，僅僅是至今為止的這些……

懷著拼盡全力的想法，葵前去拜訪了菅野。但在那裡她卻發現到自己在幾乎完全不瞭解菅野的情況下拜託他進行原畫工作是何等的失禮。面對低頭道歉的葵，菅野給了她一個忠告。次日，武藏野動畫進行了有關最終話的會議。渡邊P針對監督設計的高潮部分，認為事到如今已經無法完成需要花費勞動力的鏡頭，而提出變更分鏡的要求……

新人的入社儀式結束後，《第三飛行少女隊》也正式啟動了。雖然還沒習慣，但葵依然作為主任四處奔走奮鬥著。新人安藤和佐藤也身在其中，開始對工作有所掌握了。製作的工作是連續不停的商談會議，諸如劇本商談、演出商談、作畫商談等等。根據不同的狀況，有時也需要外出取景。在此期間，新人們和太郎一起輪流拜訪那些交流較多的動畫師的家。如此一來《第三飛行少女隊》應該就能平安地起飛了，但……

美沙的公司接受了《第三飛行少女隊》某個鏡頭的3DCG部分的工作。而繪麻也參與了這一鏡頭，兩人意外地進行了共同作業。作為對這一鏡頭的參考，美沙和繪麻、靜香一同去了遊樂園。但，由於美沙無止境的探究心，她們連續乘坐了好幾次雲霄飛車……。地點切換，外包公司的社長磯川來到了武藏野。他說自己是和矢野、平岡在專門學校的同期生。但平岡的態度卻並不友好——

《第三飛行少女隊》的製作終於迎來最終階段。一如既往地靠得住的老人們、和過去的葵一樣不那麼可靠的新人們、包括在武藏野開始顯山露水的平岡，全員團結一致共渡難關。而在高中時代發誓要一同製作動畫的五人也有著同樣的心情。葵、繪麻、靜香、美沙、綠。在各自拚命追逐夢想的過程中，她們不知不覺地一點點接近著當初的約定——