その日、武蔵野アニメーション社内では『第三飛行少女隊』のオーディション会議が行われていた。一癖も二癖もある人間が参加し、人気、歌唱、容姿といった芝居とは関係のない部分で、それぞれがゴリ押ししようと躍起になる。会議は大紛糾し、時間が過ぎていく中で、事態を収拾したのは音響監督の一言だった。その後も会議は続き、ようやく最後のキャサリン役検討に至る。そこで木下監督が挙げたのは「坂木しずか」の名前だった。

キャラクターデザインに対する原作者からのダメ出しに、少なからずショックを受ける井口。検討会を開くが、原作者の注文は抽象的で分かりづらい。修正作業に入るも、制作作業が止まることへの影響は計り知れず、四苦八苦するあおい。稿を重ねる井口のキャラクターデザインだが、やはり原作者の意見は芳しくなかった。次第に追い詰められていく井口。袋小路に陥ってしまった彼女を見かね、ついに小笠原が動き出す。

『第三飛行少女隊』アニメ化の話も世間に出始め、沸き立つムサニの面々。そこに立ちはだかった新たな課題。それはプロモーションビデオの制作だった。本編の作業と平行して進めなければならず、この非常事態に佐藤、安藤も動く。だが、佐藤は丁寧な言葉ゆえにスタッフを苛立たせ、安藤は考えなしに話をするため、スタッフをやきもきさせる。なかなかうまく進まない状況に悩む佐藤。しかも彼女にはひとつ苦手なことがあって……。

『第三飛行少女隊』のアフレコが始まった。だが、主人公役の鈴木は、緊張のため自然な芝居ができず居残りに。張り詰めた様子が抜けない鈴木だったが、音響監督・稲浪の巧みな誘導でなんとか乗り切る。無事初回アフレコは終えたものの、息つく間もなく、あおいはベテラン美術の大倉がいるという「バードパーク」というスタジオへ。だが、そこは焼き鳥屋だった。飲んでいた大倉に必死で美術の依頼するあおいだったが……。

『第三飛行少女隊』最終話の脚本に悩むムサニ一同。原作の展開も見えず、脚本家の舞茸も苛立ちを隠せない。会議の中で、この物語が帰結するテーマは、一同にとっての「なぜアニメを作るのか」ということと同じなのではないかということに行き当たる。それを皆に問うあおいいだったが、答えは千差万別だった。はっきりした解決策を見いだせず自信のなさそうな舞茸。去り際の彼に、みどりが突然「師匠」と声を掛けた。

『第三飛行少女隊』のあるカットで、美沙の会社が３DCGパートを引き受けることになった。さらにそのカットに絵麻が携わることになり、奇しくも共同作業となる。そこで美沙は該当カットの参考として、絵麻、しずかと共に遊園地に行くことに。だが、果てのない美沙の探究心のため、幾度となくジェットコースターに乗るはめに……。所変わってムサニでは、グロス先会社の社長、磯川がやってきていた。彼は矢野、平岡と専門学校の同期であることを明かす。だが、平岡の態度はトゲを含んだもので―。

『第三飛行少女隊』も佳境に入り、さらに忙しなくなる武蔵野アニメーション。そんな中であおいは、最終話の作監補を絵麻に任せたいという井口の提案を聞く。喜ぶあおいだが、当人である絵麻は自信の無さから消極的だった。絵麻が作監補を受けなかった場合を考え、憂鬱になるあおい。さらに彼女は瀬川に対しても気を重くしていた。平岡の仕事の仕方を非難した瀬川を、なんとか説得しなければならないのだが……。

ムサニ史上最悪の緊急事態に、ナベPと葛城が慌てて夜鷹書房へと駆け込む。だが、ふたりの必死の粘りも、編集長と茶沢に届かない。作業をストップせざるを得なくなるムサニの面々。木下も絵コンテを直さざるを得ず、原作者の意向に沿った案で進めていくが、どうしても納得がいかない。そんな時、突如丸川社長から呼び出される木下。「監督とはどういう仕事だと思う？」という丸川からの問いかけに、木下は決意の表情を浮かべる。

ついに終盤を迎えた『第三飛行少女隊』の制作。変わらず頼りになるベテランたち。

かつてのあおい同様に、頼もしくなった新人たち。そして、ムサニから浮いていた平岡も……。全員一致団結して、この苦境に立ち向かう。それは、高校時代、いずれ一緒にアニメを作ろうと誓い合った５人も同じだった。あおい、絵麻、しずか、美沙、みどり。それぞれが懸命に夢を追うことで、いつしか彼女達は、少しだけあの時の約束に近づいていた―。