Yato, dieu errant oublié par les humains, se retrouve dans une mauvaise passe quand sa shinki, Tomone, décide de démissionner. Désarmé, il se consacre donc à des missions sans danger, comme retrouver un chat perdu. Seulement, alors qu'il poursuit l'animal en fuite, une collégienne lui sauve la vie en se jetant devant un bus qu'il n'avait pas vu.

Hiyori découvre les avantages de sa nouvelle condition de demi-fantôme - une agilité et une force surhumaine - mais aussi ses inconvénients. Quand elle quitte son corps, elle s'endort de manière totalement incontrôlable et sa vie scolaire devient difficile à gérer.

Yukine a du mal à se faire à sa vie de shinki, surtout au service d'un dieu errant comme Yato ! Fouiller les poubelles pour s'habiller et dormir dans des temples inoccupés tout en étant complètement ignoré par les mortels ne plait guère au jeune garçon. Sa première mission arrive bientôt quand Tenjin, le dieu des études, demande à Yato de s'occuper d'un affaire de suicides causés par un fantôme.

Yato enseigne à Yukine une technique réservée aux shinki, la frontière qui lui permet de dresser une barrière entre lui et les fantômes. Le jeune garçon se révèle étonnamment talentueux.

De plus en plus instable et mal à l'aise avec son statut de shinki, Yukine vole un skateboard dans un magasin. Alors que Hiyori essaie de couvrir son crime pour éviter que Yato ne le punisse, une déesse montée sur un lion, Bishamon, attaque le dieu errant sans somation, réclamant vengeance contre le meurtrier de ses shinkis.

Kazuma, un des shinki de Bishamon, découvre la nature de demi-fantôme de Hiyori et son lien avec le monde surnaturel. Il la prévient du grave danger que court Yato : si Yukine continue à mal se comporter et qu'il n'est pas puni, son dieu finira par mourir.

Yato et Yukine sont appelés par Ogiwara Manabu, un élève martyrisé du collège de Hiyori. Pour Yukine, se retrouver au milieu d'enfants de son âge bien vivants est plus qu'il ne peut supporter.

Pour sauver Yato, Yukine doit endurer un rituel de punition et de purification qui nécessite la participation de trois shinki. Seulement, ce procédé est dangereux pour les officiants et malgré la participation volontaire de Mayu, Daikoku a du mal à trouver un troisième shinki volontaire.

Yukine décide de reprendre sa vie en main : il occupe un petit boulot chez Kofuku et Daikoku pour rembourser ses vols et il demande à Hiyori de lui prêter ses livres de cours afin de continuer à apprendre.

Lors d'une attaque surprise, Nora révèle à Yato et Yukine qu'elle a volé les souvenirs de Hiyori pour le compte de Rabô, un dieu des calamités tout comme l'était Yato dans le passé. Elle les restituera si Yato parvient à vaincre Rabô.

Yato et Yukine se rendent au temple de Rabō pour le combattre et emmènent Hiyori avec eux par erreur. Le combat tourne mal pour Yato qui est largement surpassé par son adversaire malgré le soutien de Hiyori.