吉翁军破坏的SIDE4，摩尔。其残骸四处漂散着的“雷霆宙域，为了夺回故乡而由幸存者组成的摩尔同胞团，为了清除宙域伸出的吉翁军活死人师团，作战正式开始。摩尔同胞团驾驶员，伊欧·弗莱明被战斗中的吉翁军驾驶员，达里尔·洛伦兹击坠，脱出后杀了敌方的驾驶员并夺取MS，嘲笑戴瑞的脚进行挑衅。战友被杀，自身受到的侮辱，达里尔复仇的决意油然而生。

帮助卡拉教授的再生・P・设备研究的达里尔。另一方面，面对伊欧的全装甲型敢达的威胁，接到死守雷霆宙域命令的活死人师团的巴勒斯舰长，要向和敌方敢达对抗只能投入还未完成实验机，其缺少的最后一部分是驾驶员。成为驾驶员需要选择强行切掉达里尔的右手。一度拒绝做手术的卡拉，保住本国父亲的性命被塞克斯顿说服。师团的命运被托付在搭载了再生・P・设备的精神力渣古和失去四肢的达里尔身上。

驾驶员和MS消耗殆尽的母舰ビーハイヴ的补给物资和学生兵的到位。将他们往死地里送而产生苦恼的克劳迪娅用药物逃避现实。她的样子激怒了伊欧。科尼利厄斯来安慰她。另一方面，卡拉向达里尔说明了研究再生・P・设备的理由并鼓起勇气对达里尔说“活下来”。然后，联邦军的雷霆宙域夺回作战的总攻击开始了。愈加惨烈的姆亚同胞团和活死人师团的歼灭战。用精神力渣古对敌方舰队进行压制后的达里尔，接着与伊欧的全装甲型敢达的第三次遭遇开始了。

失去母舰ビーハイヴ的科尼利厄斯和工程师们，为了生存而计划夺取敌方旗舰ドライドフィッシュ。但是，吉翁士兵试图用自爆来对抗。接连发生的悲剧导致。另一方面，殖民星残骸内爆发了无法言述的生死斗在全装甲型敢达和精神力渣古之间。交战后最终的结果，胜利的是达里尔。驾驶舱出来的达里尔没有四肢的姿态被伊欧看到了。伊欧被吉翁军俘虏，达里尔和战斗宿命还未结束，不屈的斗志依然在燃烧。

一年战争结束七个月后的地球。吉翁公国的残党组织，共和国作为公国的继承者让战争无法结束。战争末期雷霆宙域摩尔同胞团的舰队全灭令人惊异的MS，精神力渣古的驾驶员达里尔，失去了精神力渣古来到了地球，执行侦察联邦内部军阀南洋同盟的任务。另一方面，与达里尔有生死斗过的伊欧，被提拔为试做型MS，阿特拉斯敢达的驾驶员来到了地球。他们新的战场上，殖民星残骸落在被南洋包围着的澳大利亚大陆上的伤痕依然保留着。

U.C.0080，南半球冬。执行新任务的达里尔率领龟霸小队。另一方面，莫妮卡参谋指挥的“雷霆作战”开始了，斯巴达向南洋同盟实际支配海域进军。侦察的登陆艇出击。等待报告的时间中，对音乐有相同爱好的伊欧和毕安卡聊得兴致很好。突然间，登陆艇被吉翁残党军的战蟹和魔蟹部队袭击。毕安卡的水中型钢加农出击，被擅长海中战的考曼夫的战蟹捉弄，驾驶阿特拉斯敢达的伊欧在格拉布罗的攻势下持续的苦战。

一年战争末期因精神受到重大打击失去记忆的卡拉。为了她的恢复达里尔负责扮演她的父亲，但病情一直没有改善。海底基地后，达里尔和手下被指派和间谍接触，驾驶龟霸出击；在南洋同盟的支配区域与戴列迎击部队遭遇。另一方面，伊欧和毕安卡在上次的战斗阿特拉斯高达和钢加农·水战型破损。为了修理待机任务。2人搭乘的斯巴达则为了雷霆作战继续印度洋前往，老虎组成同盟国境守备队南洋进军阻。那个守备队队长的声音让伊欧愕然。

密林中的龟霸小队同南洋同盟的戴列部队陷入苦战，放弃了与间谍接触的任务，追上了达里尔。一方面，南洋同盟国境守备队，老虎部队展开阵型，阻止スパルタン的去路。自爆攻击结束了，他们潜入战舰的目的是什么？伊欧为了确认南洋同盟守备队长真实身份是不是克劳迪娅・佩尔，乘着吉姆改陆战型潜入与毕安卡操纵的敢达·HEAD联手击坠了老虎。在密林和高空中展开，三方的激战仍然在进行。