強化装甲＜ウィルウェア＞を使用した金塊強奪事案が発生。

警察庁警備局第五特別公安課第三機動強襲室第八係──通称＜ダイハチ＞に出動要請が下った。室長・山吹凛の指揮のもと、ウィルウェアを装着して出動する瀬名と黒騎。目まぐるしく変化する状況の中、新たに配属された若き警部補・花咲里あさみが見た＜ダイハチ＞の実態とは!?

ダイハチの内偵を続けるあさみ。事案の後処理に奔走する凛。

そんな中、凛の妹が通う光貴教育学園に暴走ウィルウェアが侵入、破壊行為を行なっているという情報が入る。あさみが出動するも、装着した最新型ウィルウェアは、未調整のままだった！

何者かにより、飛行中の206便主脚格納室に爆発物を仕掛たとの犯行声明が届く。

指定旋回空域を離れても、高度が一定以下に下がっても爆発するという。

急遽出動した瀬名を、予想外のアクシデントが次々と襲う！

小野寺というポーカーの名手に勝たないと、都心にミサイルが発射される。

稲城の依頼でダイハチはポーカー勝負に挑むこととなったが、対戦相手・小野寺にはまったく歯が立たない。

そこに現れたのは……!？。

ウィルウェアの台頭によって過去の遺物と化した巨大人型重機・猛銃號が強奪された。かつてロボット少年だった舩坂は、もうひとつの巨大人型重機・怒龍號を甦らせるため、いまは介護老人となったかつての設計者・霞ヶ関博士に協力を仰ぐ。

都知事粛清と称し、電磁ドームを展開して都庁を目指すウィルウェアの男・小針。出勤した黒騎たちだったが、都の認可が下りず動くことができない。はるかの提案で都の管轄外である鉄道敷地内を利用した迎撃作戦が始まった！

都内で頻発する事件、そこへ現れる謎のウィルウェア・アルティメイド。

ダイハチのウェアをしのぐ性能と活躍に、全国規模で人気が沸騰する。ダイハチ不要論もでてくる中、黒騎は瀬名を飲み会へ誘う。そこに現れた人物は……!？

改造ウィルウェアで銀行などが襲撃される事件が連続し、黒騎たちが捜査を開始する。

犯人はロゴスのドック。ロゴスの主旨に反する身勝手な行動に、ミュトスはドックの粛清を決める。

ここしばらく、改造ウィルウェアによる犯罪は起きていない。

警察庁はロゴスが瓦解したと判断するが、黒騎や瀬名たちは、まだ見ぬ主犯格たちが他にいると考え、捜査を続行する。

オロチ＝国家公共統合情報基盤の半分を手中にしたミュトスにより、首都圏の交通・通信網はすべて止められてしまった。黒騎たちダイハチは、この非常事態解決のために動き出す。

オロチがミュトスに完全に掌握されてしまった。ミュトスを追うダイハチに、最強のウィルウェアが襲いかかる！