警察から3時間逃げ切れば大金が貰える……！？

女子高生が、自爆テロ用ウィルウェアを着て都内を暴走する事件が発生！停止させるにはピンポイントで目標点を撃ち抜く腕が必要だ。凛は事件解決のため、あの男を呼び寄せる！

ウィルウェア強化パーツ・ケンタウロスユニットを使い、何者かがパトカーを襲撃した。そのユニットは、エミリアが所属していたポ-ランド警察が開発したものだった。一方、現場に遺されたマークから、十年前の兵器密造事件の際に辞職した元警察官が捜査線上に浮かび上がる。

ダイハチに緊急事態発生！　出動不可能！　そのタイミングでウィルウェアと爆弾を使った立て籠り事件が発生する。機動強襲室第九係（ダイク）係長・花咲里あさみ！　優秀な私と部下たちが、ダイハチと東京を救いますっ！

ロゴス事件の後も、警察庁の施設に極秘に収監され続けるミュトス。黒騎は彼のことを気にかけ、時間を作っては訪ねていた。そんな中、都内でバイク型ウィルウェアによる暴走事件が発生する。

都内各地で、ウィルウェアによる同時多発事件が発生。しかしダイハチの到着前に全員が逃げ出し、１人も捕えることができない。その頃、陽は元同級生・壬生知衣子のライブに出かけていたが…。

新宿に突如現れた巨大怪獣ルドラが、解体中の旧都庁に襲いかかる。何者かが３Ｄプロジェクターの映像と連動させ、旧都庁を爆破したのだ。これを知った瀬名は、自ら捜査に乗り出す。

都心で突然事故や器物破損が起きる、見えない通り魔事件が頻発。現場に残された手掛かりを頼りに泥濘地区へやって来た瀬名は、難民らしき外国人アティンと知り合う。

吸着装置で壁面を自在に移動するウィルウェアが産業スパイを働く、スパイダー事件が発生。黒騎は円たちの協力を得て、スパイダーウィルウェアを罠に嵌めようとする。

「彼はバードと手を組んでいる」　ミュトスに指摘された黒騎は、疑念を晴らすため、ダイハチのメンバーと共に調査を開始する。

衛星と地上を繋ぐ宇宙エレベーターの連結式と、新東京サミット開幕が迫る中、懸命に捜査を続ける黒騎たち。一方、大スクープの証拠を手に入れた小湊は、何者かに命を狙われる。

首都圏壊滅の危機を前に、ダイハチとダイク、そして統合自衛隊が総力を結集する。みんなの思いを胸に、黒騎が宇宙へ向かう！