Der 29-jährige Satoru Fujinuma ist im Jahr 2006 dabei, Pizza auszufahren, als er wieder ein Phänomen erlebt, das er „Rerun“ nennt. Leider muss er durch die Ereignisse ins Krankenhaus, wo ihn seine Kollegin Airi aufmuntert. Sogar seine Mutter Sachiko kommt aus Hokkaido nach Tokyo, um nach ihm zu sehen. Doch dann geschieht etwas Unvorhergesehenes, das mit Satorus Vergangenheit. zusammenhängt

Durch den Schock, den er durch den Vorfall mit seiner Mutter im Jahr 2006 erfahren hat, wird Satoru durch die Zeit zurück in seine Kindheit geschleudert – ins Jahr 1988. Er erkennt, dass dies ein „Rerun“ sein muss und er die Fälle um die Kindesentführungen in der Umgebung seiner Schule auf Hokkaido lösen kann. Er bemerkt, dass die unscheinbare Mitschülerin Kayo Hinazuki einen blauen Fleck auf dem Bein hat und fängt an, sich umzuhören.

Satoru will Kayo keinesfalls aus den Augen lassen, weshalb er ihn dazu einlädt, gemeinsam Geburtstag zu feiern. Außerdem versucht er, bei dem Lehrer Gaku Yashiro mehr über Kayo herauszufinden.

Satoru schafft es, den Tag, an dem Kayo einst spurlos verschwand, mit ihr gemeinsam im Naturkundemuseum zu verbringen. Erleichtert können die beiden ihren Geburtstag zusammen feiern. Doch dann kommt Kayo am nächsten Tag nicht zur Schule.

Als Satoru Airi aus ihrem brennenden Haus retten will, findet er eine Nachricht mit einem Kontakt, den seine Mutter kurz vor ihrem Tod angerufen hat. Es handelt sich bei der Person um einen Journalisten.

Satoru gelingt es, durch reine Willenskraft einen Rerun zu erzeugen, der ihn wieder ins Jahr 1988 wirft. Er möchte Jun ein Alibi verschaffen und parallel Kayo retten. Er beschließt, sie selbst zu „entführen“ und sich mit ihr zu verstecken.

Wer ist der unheimliche Unbekannte im Bus? Wer schaltet wann endlich die Polizei ein, damit Satorus Plan endlich aufgeht? Wie hängt Yashiro letzten Endes in der ganzen Sache mit drin? Und schafft es Satoru die Vergangenheit ausreichend zu verändern?

Kayo kehrt nach drei Tagen "nach Hause" zurück. Ihre Mutter, Akemi, sieht Satoru und Sachiko ein paar Schritte hinter ihr stehen. Wird Kayo endlich sicher sein?

Das erste Mal wurden drei Personen, darunter auch Hiromi, ermordet, aber diesmal wurden die Ziele aus den Augen des Killers entfernt. Satoru ist jedoch besorgt darüber, wen der Mörder als nächstes an die Stelle seiner beabsichtigten Opfer setzen wird.

Hat Satoru den "Unfall" im Auto überlebt? Kommt Yashiro doch noch ungeschoren davon? Langsam aber sicher kommt das Finale immer näher, und doch sind noch viele Fragen offen. Werden die Spinnenfäden noch alle durchschnitten, oder reichen sie am Ende doch noch in den Himmel...?

Schließlich gewinnt Satoru seine Erinnerungen zurück und stellt sich dem Schuldigen gegenüber!