亜人――それは、決して死なない存在。17年前のアフリカで発見され、以降、全世界で46体、日本国内では2体が確認されている。

永井圭は、医学部受験を控えた高校生だ。彼がめざしているのは、立派な人間。そのために、規律正しい生活と周囲から浮かない程度にまじめな授業態度、クラスメイトとの適度な交友を心がけている。学校で、“亜人”に関する授業が行われたその日、圭は友人たちが携帯電話で見ていた亜人の実験映像に興味を持つ。そこには、自分が幼少期に見た、黒い霧のような物体が映っていた……。

夜の闇に紛れ、逃げ続ける圭。山合の車道にはほとんど車も通らず、彼らは順調に逃げ続ける。圭の脳裏には、携帯電話で見た映像――どこかの研究所で亜人らしき人物が拷問を受け、殺される光景が甦っていた。「もし捕まったら、きっと本当に不死身かどうか確かめられる。何度も何度も殺される。それだけは嫌だ！」圭の家の前では警察が立ち入り禁止線を張り、捜査本部を立ち上げていた。そこへ一台の車が止まり、中から一組の男女が降りてくる。男の名は戸崎。厚生労働省から派遣された、亜人関連部門の実質的トップだった。

圭が亜人であったという情報は、テレビやインターネットを通じ、世界中に広まっていた。圭が身元不明の協力者と逃げ続けていること、亜人を捕まえれば大金をもらえるらしいことも、同時に報道されていた。圭の自宅には、亜人管理委員会のトップである戸崎が秘書の泉を伴って訪れていた。訪問の目的は、圭を捕らえるためのヒントを得ることだったが……。そのころ、圭はまだ山道を逃げ続けていた。だが、次第に空が白み始め、このままバイクで逃げ続けるには限界が近付いていた……！

永井慧理子の病室に侵入した黒い幽霊は、部屋にいた人々を切り裂いた。その様を見た慧理子はショックのあまり気を失い、ベッドに倒れ込む。病院の中庭では、田中が高笑いしていた。病室に黒い幽霊を送り込んだのは田中だった。彼は佐藤からある指示を受けていた……。一方、圭もまた、黒い幽霊と向き合っていた。彼はそれが黒い幽霊、もしくは別種の力と呼ばれている物だとは知らなかったが、幻覚などではないことは分かっていた。だが、今の彼にはそれよりももっと重要な、解決するべき差し迫った問題があった……。

県警本部の荒木は携帯の発信源を元に、圭が潜伏していると思われる場所を特定。多数の警官隊を率い、現場に駆けつける。彼らの手には戸崎の指示で支給された、対亜人用の武器があった。警官たちは使い慣れぬその武器を構えながら、圭に気づかれぬよう現場を包囲する……。数時間後、撃たれた圭はようやく目を覚ます。その視界に映ったものとは……。佐藤に“不合格”と言われた圭。彼が口にした“教育”という言葉の意味が明かされる。

迎えに来た佐藤に、圭は泣きながら礼を述べた。周囲には無数の死体が転がっていたが、圭は特に動揺することなく無表情に佐藤の後を付いていく。佐藤は圭に、遺体が「気になるかい？」と問うが、彼の答えは「別に」というそっけないものだった。「ここを守るのがこの人たちの仕事でしょうし。もう死んじゃってますしね」その答えを聞いた佐藤は、圭の様子をもう少し観察してみようと思い直す。そのころ、別室ではオグラ・イクヤ博士が亜人に関する独自の見解を披露していた。

失態を犯した戸崎を、厚生労働大臣は叱責する。このままでは降格か、それ以上の処分が下されるかもしれない。そう宣告された戸崎は身の危険を感じる。もともと合法すれすれの組織である亜人管理委員会だ。戸崎を存在ごと消すなど造作もないことだろう。今まで淡々と事に当たってきた戸崎に、初めて焦りの表情が浮かぶ。「ふざけるな……何のためにここまでやってきたと思ってる……！」同時刻、佐藤は田中との合流ポイントに向かっていた。その傍らには、この場にはそぐわない、ある物があった……。

亜人研究所から逃走した圭は、とある海岸に流れ着いていた。痛みには慣れてきた圭だったが、溺れる苦しさは痛みとはまた別物だった。改めて、人助けなどという自分には似合わない行為をしたことを、圭は後悔する。一方、仲間を集めることに成功した佐藤は、うち捨てられた巨大な廃倉庫の上階へと彼らを誘導する。佐藤と対面した亜人らは、自分たちはまだ佐藤の仲間になったわけではないと言い、「亜人の権利をどう訴えていくのか、そのプランを説明していただきたい」と質問する。それを聞いた佐藤は……。

佐藤の犯行予告を受け、マスコミ各社は連日、亜人関連の情報を流し続けていた。それによると、テロが決行されるのは10日後の水曜、午後3時。目標は、グラント製薬本社ビル。「衝戟に備えろ」という佐藤のセリフは、各種媒体で何度も再生された。警視庁と亜人管理委員会は、テロを未然に防ぐため総力を挙げて対策に乗り出していたが、佐藤の手がかりどころか、アップロードされた動画の発信元すら特定できずにいた。一方、追っ手を撒いた攻は、電車内から見えたある物を捜して、駅に来ていた……。

佐藤たち亜人は、製薬会社襲撃の準備を着々と進めていた。彼らが新たに拠点に選んだのは、閉鎖され、放置された町工場だった。その埃っぽい室内で、佐藤はある場所の地図を見せ、「我々の手で地図を書き換えようじゃないか」と宣言する。同じころ、監禁状態にあったオグラ博士は、念願のＦＫを手に入れ、至福の時を過ごしていた。満足そうな表情を浮かべ、煙を吐き出すオグラに、戸崎は亜人に関するデータをすべて提供するよう求める。彼はオグラの話を元に、今回のテロ対策を立てようと考えていたが……。

佐藤の出した犯行予告の日まで、あと2日。圭はいつものように山中さんと食卓を囲んでいた。テレビには、グラント製薬ビルの襲撃予告に対する警備の様子が映し出されていた。それを見た圭は、山中さんにあることを「お願い」する。一方、佐藤たちは2台の車に分かれ、とある場所へと来ていた。奥山ら3人が乗った車は目的地の地下へ、佐藤と田中は道路脇のパーキングに停車する。車から降りた奥山は高橋とゲンに荷物を降ろさせると、佐藤に連絡を取り……。

倒壊した建物の粉塵が舞う中で、両者は静かに対峙していた。片方は、ハンチング帽をかぶった中年の男。もう片方は、警視庁特殊急襲部隊――通称・ＳＡＴの隊員、約50名。日本で唯一、実動経験を持つ、事実上の最強部隊だった。彼らは何班かに分かれて隊列を組み、瓦礫の陰から佐藤に狙いを付けていた。その装備は特殊繊維のボディアーマーにヘルメットという大げさなもので、軽装の佐藤とは対照的だった。それを見た佐藤は、少し困ったような表情になるが……？

佐藤対ＳＡＴの戦いは、テレビ中継や、佐藤の身につけたウェブカメラを通じ、全世界に発信された。凄惨な現場を目撃した国民の非難は、亜人と共に、テロ対策を怠ったグラント製薬にも向けられた。マスコミは、警察が近く亜人の捕獲に1億円の懸賞金を出すのではないかと騒ぎ立てた。情報の提供を求めている亜人の中には、永井圭の名前もあった。そのニュースは山奥のひなびた農村にも届き……？一方、戸崎たち亜人管理委員は、逃げたテロリストの情報が一切つかめず、あせっていた……。

日本で最初に亜人認定された「中村慎也」が主人公。

本編から離れた非戦闘時における登場人物の行状を若干コミカルに描く。

佐藤の凶行を許し、永井圭と中野攻にも逃げられた戸崎。亜人管理委員会から呼び出された彼は、後輩である曽我部に迎えられる。泉と共にヘリコプターから降り立った戸崎に、曽我部は「先輩は亜人管理委員会から除名されます」と告げる。だが、その指令は直前で撤回されていた。佐藤の新たなテロ計画・第2ウェーブの予告が出されたためだった。第2ウェーブのテーマは『浄化』。田中が拘束中に見聞きした、15名の亜人管理委員会及びその運営に関わった利権を持つ者たちを殺害する。戸崎は管理委員会からその阻止を命じられるが……。

「そしてこれが――カウントダウン開始の合図だ」若井が射殺された。佐藤の暗殺リストトップに名前が挙がっていた男だ。若井の死と同時に、佐藤が言うところの第2ウェーブが開始された。そして、これは続く第3ウェーブ――最終ウェーブの始まりでもあった。佐藤の次のターゲットは桜井和夫という男だった。佐藤らはアジトとして使用している町工場へ戻ると、早くも次の作戦の準備を始める。薄暗い室内で、顔型の石膏に粘土を盛るゲン。同じ室内で、フォームラテックスの溶剤を混ぜる高橋。果たして彼らの次の計画とは……。

桜井の搭乗していた航空機が静岡県沖に不時着した。桜井を殺害した佐藤が、飛行機のドアを爆破し、逃走したためだった。警視総監は警察の威信と誇りをかけ、佐藤逮捕に全力を傾けると表明したが、街では混乱が広がっていた。そのころ、圭はある疑問を胸にオグラ博士を訪ねていた。その疑問とは自分のＩＢＭについてだったが……。圭の悩みを知らない戸崎は、どのタイミングで佐藤を待ち伏せするのが得策か、圭に相談を持ちかける。次のターゲットは岸祐二だったが……。

「お前の友人は少年院にいる」突然、戸崎に告げられた圭。彼は一瞬怯むが、すぐに考え直す。これから起こることを考えれば、そこが一番安全な場所だと思えたからだ。 その少年院では、奇妙な事件が起きていた。琴吹タケシという17歳の少年が、院を脱走。2日後、自発的に戻ってきたのだ。だが、その脱走経路はわからず、本人も「気づいたら外にいた」と主張するばかり。扱いに苦慮した院長はこの件を「存在しなかったこと」にし、彼を集団寮に戻す。そこは海斗のいる部屋だった。

殺害リストの×印が三分の一を越えた。だが、日本政府は依然、佐藤との交渉を拒否していた。圭たちは実戦を想定し、実地訓練に移る。各チームは3人編成。圭をアルファ隊のポイントマンに据え、セカンドとテールを黒服たちが固めるという陣形だった。そのころ、戸崎は亜人管理委員会に呼び出されていた。オグラ・イクヤ博士の死亡状況を調査するという名目で、アルメイダとマイヤーズという2名の国防総省職員が送り込まれてきたためだ。戸崎は2人の追求をうまくかわしつづけるが……。

厚生労働大臣の前のターゲットが殺害され、ついに佐藤捕獲計画を実行に移す時が来た。だが、肝心の戸崎がアルメイダによって連れ去られてしまう。拉致現場に遭遇した泉は、戸崎救出を試みるも、マイヤーズのＩＢＭに阻まれる。そのまま泉自身も倒れ……。泉の脳裏には、1年以上も前の情景が甦っていた。世界のすべてに裏切られ、憎しみに支配されていた時に出会った、ひとりの男。彼は泉に自分の置かれている状況と、家族について教えてくれた。それだけではなく、その後の彼女の生き方についても……。

戸崎を乗せ、走り去る車を見た泉は、単独でアルメイダらを追う。しかし、彼らを止めることはできず、アルメイダたちは米国大使館へと向かう。大使館に逃げ込まれたら戸崎の救出は絶望的になる。圭はＩＢＭを使い、彼らの車を追撃。ＩＢＭは建ち並ぶ住宅街を疾走し、アルメイダの車を捕捉する。圭はその動きを冷静に観察し……。そのころ、都内の高級レストランには、厚生労働大臣が姿を見せていた。絶対に漏れないはずの大臣のスケジュール。だが、佐藤たちは大臣の予定を正確に掴んでいた。

「残るターゲットはひとり。武蔵重工の橋口会長だ。取締役会が開かれる3日後の19時、殺しに行くよ」佐藤が出した犯行日時指定の声明。メンツを潰された日本政府は、ついに最後のカードを切る。亜人制圧に特化した部隊――対亜人特選群の正式投入を決定したのだ。彼らは戦闘のプロフェッショナルであるだけでなく、武蔵重工が開発した特殊な武器を貸与されていた。瞬時に網膜を損傷させるレーザー。威力を上げたワイヤレス・テーザー・ガン。ＩＢＭ対策の小型インパルス放水銃など……。多彩な武器を手に、亜人の捕獲に向かうが……？

佐藤を本気にさせた圭。その代償は高く付いた。佐藤IBMによって倒れる泉、攻。 無残にも叩き潰される黒服たち。恐怖を感じた圭は、戦意を喪失し、崩れ落ちる。 佐藤ら亜人テロリストは、地下武器庫を経由し撤退する。 武蔵重工が開発した、ある兵器を手土産に……。かんぽの宿に戻ってきた戸崎は、「おまえがついていながらなんてザマだ!?」と圭を責める。 圭はこの敗北の原因がすべて自分にあると認め、部屋に引きこもる。 一方の戸崎も、亜人なんかと手を組んだ自分がバカだったと嗤うが……。

「ここからは――火と刃物だけの、原始的な戦いだ」武蔵重工に突っこんだトラック。その荷台にはＥＭＰ――爆薬発電機が積まれていた。すべての電子機器が使用不能となり、警戒に当たっていた機動隊員はパニックに陥る。すでに準備を整えていた対亜隊員たちは、最新装備を捨て、通常兵器で侵入した亜人たちと戦い始める。ビル内に潜伏していた圭たちも、暗闇の中で孤立する。だが、圭は「この状況は逆にチャンスです」と言い切り、ＩＢＭを発生させる。圭が目を付けたのは、エレベータシャフトだった……。

「1週間後の午後12時までに、日本を明け渡してほしい」佐藤の突拍子もない要求に、すでに緊急事態宣言を発令していた政府は、改めて「国家の危機である」との声明を発表する。 戸崎は亜人対策の専門家として佐藤を阻止しようと動くが、肝心の圭が戦う気力をなくしていた。陸上自衛隊も、人質と化学兵器を押さえられた状況ではヘタに手を出せず、ただ司令塔を包囲し、狙撃犯を待機させただけだった。 そのころ、圭の妹・慧理子は、入院先から母親に電話をかけていた。病院内にも不安が広がっていたが……。

佐藤が放ったミサイルは、首相官邸付近に着弾した。佐藤には日本政府と交渉する気など最初からなかった。そのことに気づいた奥山たちは佐藤から離れ、戸崎に連絡を取る。自衛隊駐屯地に潜入した米軍は、佐藤のトラップにかかりながらも、神経ガスを積んだミサイルの撤去に取りかかる。続いて、探索班が地下の配管施設で佐藤の逃走経路捜索に入る。彼らはそのまま佐藤追跡に移ろうとするが、ペンタゴンからの指令により断念する。米軍のさらなる計画を知ったコウマ陸佐は激怒するが、日本政府に拒否権はなかった。

「佐藤さん、みんな…、あんたの遊びに付き合うのには…もううんざりしてるんですよ！」起爆装置を押す圭。佐藤と田中の周囲や頭上で、爆発が起こる。大量の瓦礫に押しつぶされる2人。が、次の瞬間、佐藤も起爆装置を作動。圭たちの足元が崩れ、佐藤もろとも巨大な地下壕へと落とされる。次に目を覚ましたとき、佐藤と同じ空間にいたのは泉と戸崎だった。圭たちは、2人の救出に向かうが……。またしても作戦の裏をかかれた圭。計画の失敗が招くものとは……。米軍による神経ガス散布が迫るなか、圭たちは佐藤に最後の戦いを挑む……！

「フォックス」と呼ばれていた時代の佐藤が主人公。