亚人——不会死亡的存在，17年前发现，至今全世界共有46人，日本国内确认2人。永井圭，立志报考医学院的高中生。他的目标是成为出色的人，因此严格自律并与选择性地与同班同学交友。在学校中，讲述“亚人”相关知识的课堂上，永井圭的同学用手机播放了用亚人做实验的视频。视频中，圭意外发现了自己在幼年就看到过的黑雾状物体。

在夜晚的黑暗中，逃跑着的圭， 山岭车道上几乎没有什么车辆，他和海顺利逃走。圭的脑海里回忆着手机上看到的画面——某研究所的亚人遭受拷问以及被杀死后复活的情景。“如果被抓住了一定会确认是不死之身吗？我讨厌被不停地杀死！”而在圭的家门前，一辆车停在了警察拉起的封锁线外，由厚生劳动省派来的名叫户崎的男人和他的秘书下车了。

圭是亚人的消息，通过电视和互联网开始向世界传播。而不明身份者协助圭逃跑、抓住圭就能获得大笔赏金，也同时被报道着。圭的家中，亚人管理委员会的户崎和他的秘书泉来拜访。与此同时，圭还在山路上逃亡，一辆摩托车却接近了他们。

永井慧理子的病房被黑色幽灵入侵了，警卫人员被害。看到这一幕的慧理子被吓晕过去，昏倒在床上。此时坐在医院外的田中放声大笑，因为黑色幽灵就是他受到佐藤指使而放出的。另一方面，圭也见到了自己的黑色幽灵。他的黑色幽灵，或者被称为别种之力的存在，似乎有着自我意识。圭在震惊之余，也意识到眼下有更为要紧的事情需要解决。

县警察总部的荒木在锁定手机的信号源后找到被认为是圭藏身的地方，立刻率领众多警察赶赴现场。他们均手持着户崎配发的对亚人专用武器。警察们一边习惯着使用该武器，一边包围了所谓的现场。数小时后，被捕获的圭醒来，映入眼中的却是研究人员。佐藤宣称圭是不合格的，他要教育下圭。

佐藤攻下研究所营救圭，圭一边流泪一边向他致谢。在周围有无数尸体的场景下，圭也没有显示出动摇，甚至面无表情的跟在佐藤后面。佐藤问圭对尸体是否在意，但圭只是冷冷的回答道不在意。“守住这里是这个人的本职工作吧，毕竟已经死了。”另一面，小仓郁也博士发正演说着他对亚人的独特见解。

出洋相的户崎，受到厚生劳动大臣的斥责。再这样下去，就不仅仅是降级这样的简单处分了，户崎因此感受到自己的危险处境。本来合法存在的擦边球组织——亚人管理委员会，户崎觉得也许将不复存在了。一直淡定处事的户崎，脸上也终于露出了焦躁的表情。“开什么玩笑，我明明都走到这一步了……”同一时间，佐藤也与田中汇合了。

从亚人研究所逃走的圭，漂流到了某个海岸上。已经习惯了疼痛的圭，却还是感受了来自溺水的别样苦楚。再一次的，圭对自己帮助他人的不合理行为感到后悔。另一方面，成功聚集了亚人的佐藤，引导他们在废弃的巨大仓库中见面，并让他们自己选择是否成为同伴。“关于亚人权利的问题，不妨听听我的计划吧。”佐藤说道。

佐藤的犯罪预告播出后，各大媒体连日报道着亚人相关的信息。根据视频，恐怖活动将在10天后的下午3点发生，目标是格兰特制药公司大楼。佐藤“准备好兵戎相见”的台词，被各大媒体多次报道。警视厅与亚人管理委员会，为了防止恐怖活动的发生而齐心协力。但是不仅佐藤的线索，就连视频的上传源头都未能找到。

佐藤等亚人，稳步而顺利地准备着袭击制药大楼。同时他们更换了新的据点，是某个废弃的城镇工厂。在满是灰尘的密室里，佐藤拿出地图并说道：“用我们的手来改变地图吧。”此时，被监禁了的小仓郁也博士，如愿以偿地拿到了FK香烟。吐着袅袅的烟圈，一脸满足的他将户崎想知道的情报和盘托出。

佐藤放出犯罪预告的第二天，圭像平常一样呆在山中婆婆家并准备吃饭，山中婆婆也给他买来了想要的手机。另一方面，佐藤等亚人分乘两辆车，来到了某个地方。奥山等3人乘车到目的地，而佐藤和田中则在停车在路旁的停车场。从车上下来的奥山，一边指挥着高桥和现推着行李车，一边联络着佐藤。

在尘土飞扬的倒塌建筑中，两帮人正对峙着。一边是戴着帽子的中年男子，一边是警视厅特殊奇袭部队，通称SAT队员，大约50名。他们就是佐藤口中所说的全日本拥有实战经验的最强部队。他们分成小组，在瓦砾背后瞄准着佐藤。与装备着特殊纤维的护甲与头盔的SAT相比，佐藤则是轻装上阵。

佐藤全灭了SAT后扬长而去，户崎虽然没能如愿抓到佐藤却找到了圭的藏身之处。警察封锁了山村，圭察觉到异样后用山中婆婆做人质而逃脱。圭带着中野攻一起突围，却遇上户崎与下村泉，双方放出黑色幽灵进行厮杀。最终圭和攻顺利摆脱追捕，并准备一起阻止佐藤继续杀戮。

While running late to attend a party, Shinya Nakamura dies in a motorcycle accident, but revives and learned he is an Ajin.

Four humorous short stories from the points of view of Sato and Tanaka (2 stories), Izumi and Tosaki (1 story), and Ko and Kei (1 story).

面对佐藤行凶得逞、永井圭与中野攻又成功逃脱的户崎，他受到亚人管理委员会的传唤，并由后辈的曾我部迎接。曾我部宣称“前辈已经被亚人管理委员会开除了。”然而，这个指令却被紧急撤销了，因为佐藤放出了新的恐怖行动第2波的预告——净化。根据田中的见闻，佐藤们将会暗杀掉亚人管理委员会及运营相关的15名高层人员。户崎被管理委员会命令阻止这个阴谋。

“然后，这就是开始倒数的信号了。”若井被枪杀，排在佐藤暗杀名单首位的男人。若井死的同时，佐藤所言的第2波就开始了。并且，这之后持续着第3波——最终波也将开始。佐藤的下个目标是名为樱井和夫的男子。佐藤等人回到作为窝点的城镇工厂后，开始进行下一次作战的准备。

樱井乘坐的飞机紧急降落在静冈县海域。杀害樱井的佐藤，爆破了飞机的门，逃跑了。警视总监为警察的威信和自豪，表明将全力以赴逮捕佐藤，但是街上的混乱正在扩大。这时，圭怀着某个疑问访问了奥古拉博士。那个疑问是关于自己的IBM……。不知道圭的烦恼的户崎，找圭商量什么时候埋伏佐藤才是上策。下一个目标是岸祐二……。

“你的朋友在少年院”突然，圭被户崎告知。他一瞬间胆怯,不过，马上重新考虑。考虑到今后发生的事情，我认为那里是最安全的地方。那个少年院发生了奇怪的事件。名叫琴吹竹笋的17岁少年，逃出了医院。两天后，他自动回来了。但是，不明白那个逃跑路径，本人也只是主张「如果注意到了在外面」。苦于处理此事的院长将此事视为“不存在”，将他送回集体宿舍。那里是海斗的房间。

杀害名单上的×符号超过了三分之一。但是，日本政府依然拒绝与佐藤的交涉。圭他们假想实战，转移到实地训练。各队由3人组成。把圭作为阿尔法队的要分员，黑衣们固定第二个和尾巴这样的阵形。那时，户崎被亚人管理委员会叫出来了。以调查奥古拉·伊库亚博士的死亡状况为名，阿尔梅达和迈尔斯这两名国防总省职员被送进医院。户崎很好地交换2人的追求,不过……。

厚生劳动大臣面前的目标被杀害，终于实行佐藤捕获计划的时刻到了。但是，重要的户崎被阿尔美达带走了。遭遇绑架现场的泉，尝试着救出户崎，却被迈尔斯的IBM阻碍。就这样泉自己也倒下了……。在泉的脑海中，1年多以前的情景复苏了。被世界的一切背叛，被憎恨支配的时候遇见了一个男人。他告诉了泉水里自己所处的状况和家人的情况。不仅如此，关于那之后她的生活方式……。

泉看到登上户崎，开车离去，独自追赶着阿尔梅达等人。但是，不能阻止他们，阿尔梅达一行人前往美国大使馆。如果被大使馆逃跑户崎的救出变得绝望性。圭用IBM追击他们的车。IBM在并列的住宅街疾驰，捕捉阿尔梅达的车。圭冷静地观察了那个动作……。那时，厚生劳动大臣出现在东京都内的高级餐厅里。绝对无法泄漏的大臣的日程。但是，佐藤他们正确地掌握了大臣的预定。

“剩下的目标只有一个。武藏重工的桥口会长。董事会将在3日后的19点杀了你”佐藤发出的犯罪时间指定的声明。面子被摧毁了的日本政府，终于切断最后的卡。亚人制压特化部队——决定正式投入对亚人特选群。他们不仅是战斗的专家，还被授予了武藏重工开发的特殊武器。瞬间损伤视网膜的激光。提高了威力的无线·taza·雁。IBM对策的小型脉冲喷水枪等……。拿着多彩的武器，去捕获亚人……？

圭使佐藤认真起来。那个代价很高。佐藤IBM倒下的泉、攻。被残酷击溃的黑衣们。感到恐怖的圭，丧失斗志，崩溃落下。佐藤等亚人恐怖分子，经由地下武器库撤退。武藏重工开发的某样兵器作为礼物……。回到简保旅馆的户崎责备圭：“你跟着我，怎么这么任性！？”圭承认这个败北的原因全部是自己，隐居在房间里。另一方面，户崎也嘲笑自己和亚人结手的自己是傻瓜……。

卡车冲向武藏重工：“从这里开始——只有火和刀，是原始的战斗”。那个货架上装着EMP——炸药发电机。所有的电子机器都无法使用，处于警戒状态的机动队员陷入了恐慌。已经准备完毕的对亚队员们，舍弃最新装备，开始与通常兵器入侵的亚人们战斗。潜伏在大楼里的圭他们也在黑暗中孤立起来。但是，圭断言「这个状况反过来是机会」，使之发生IBM。圭注意到的是电梯轴……。

“希望一周后的下午12点之前把日本交出来。”对于佐藤突然提出的要求，已经发表紧急事态宣言的政府再次发表声明，声明“这是国家的危机”。户崎作为亚人对策的专家打算阻止佐藤行动,不过，重要的圭丢失着战斗的气力。陆上自卫队，在人质和化学武器被压抑的情况下也不出手，只是把司令塔包围，让狙击犯待机。这时，圭的妹妹慧理子住院后给母亲打了电话。在医院内也蔓延着不安……。

佐藤发射的导弹在首相官邸附近着弹。佐藤从一开始就没有和日本政府进行交涉的意思。察觉到这件事的奥山他们离开佐藤，与户崎取得了联系。潜入了自卫队驻扎地的美军，一边关乎佐藤的圈套，一边也开始着手拆除装载了神经煤气的导弹。接着，探索班在地下的配管设施中搜索佐藤的逃跑路线。他们打算就那样转移到佐藤追踪,不过，根据来自五角大楼的指令死心。得知美军进一步计划的考马陆佐愤怒不已，但日本政府并无否决权。

“佐藤先生，大家……为了陪你玩儿……我已经厌烦了！”圭推起爆装置。在佐藤和田中的周围和头上，发生了爆炸。被大量的瓦砾压碎的2人。下一个瞬间，佐藤也启动了起爆装置。圭他们的脚下崩塌，佐藤一起被扔进巨大的地下战壕。接着醒来的时候，和佐藤在同一个空间里的是泉和户崎。圭他们，去2人的救出……。

又被画了作战的背面的圭。竟然招致计划的失败……。在美军散布神经气体的逼近之际，圭他们向佐藤挑战了最后的战斗……！

Taking place immediately after the prologue scene from Episode 1, Satou's background is explored.