Вайолет, Клаус и Солнышко Бодлер — смышленые, обаятельные, находчивые, но на редкость невезучие дети. Одним чудесным пасмурным днем они отправились на пляж и выяснили, что их родители почили в страшном пожаре. «Почили» значит «умерли». Вследствие недоразумения, вызванного обманом, опекуном детей становится ближайший родственник, но ближайший географически — злобный, алчный, крайне неопрятный и самолюбивый граф Олаф, которому дети нужны лишь для того, чтобы заграбастать их наследство.

Оказывается, прибрать к рукам наследство несчастных сирот Бодлер не так просто: деньгами нельзя распоряжаться прежде, чем Вайолет, старшая из детей, достигнет совершеннолетия. Однако у графа Олафа уже созрел коварный план, включающий в себя постановку пьесы легендарного драматурга Аль Фонкута, настоящую судью, а также угрозу падения с большой высоты. Все взрослые радуются, что граф Олаф привлекает детей к участию в его новой постановке, однако сами дети убеждены, что здесь что-то нечисто.

О злодейской натуре графа Олафа стало известно всем, и его вовсю разыскивает полиция, а Вайолет, Клаус и Солнышко отправляются к тому опекуну, к которому и хотели отдать их родители: родному дяде, а также всемирно известному ученому-герпетологу доктору Монтгомери Монтгомери. Правда, сирот несколько смущает то, что родители никогда не упоминали дядю и не приглашали его в гости, и, наученные горьким опытом жизни у графа Олафа, дети ожидают худшего. Впрочем, дядя Монти производит впечатление приятного и заботливого человека, пусть и несколько помешанного на рептилиях. Однако новые неприятности не заставляют долго себя ждать: на пороге дома доктора появляется невесть откуда взявшийся ассистент с сомнительным акцентом и знакомой гримасой.

Наутро Вайолет, Клаус и Солнышко находят дядю Монти в Змеином зале мертвым: как утверждает его невероятно неквалифицированный ассистент, дядя пал жертвой одной из своих змей. И, хотя сиротам всё совершенно ясно, их никто не спрашивает. Однако на редкость счастливая автомобильная авария в буквальном смысле сталкивает сирот с мистером По, который намерен тщательнейшим образом расследовать смерть доктора Монтгомери. А детям за это время нужно убедить наивного мистера По, что ассистент доктора Стефано — вовсе не Стефано, а граф Олаф, и что во всем виноват он.

Следующая в списке опекунов для сирот Бодлеров — тетя Жозефина, которая проживает на берегу озера Лакримозе, в чьих водах обитают хищные пиявки, а по берегам — увлекающиеся книгами Германа Мелвилла таксисты и торговцы лаймами. Как утверждают все, кто с ней знаком, тетя Жозефина — сильная и отважная женщина, которая сможет защитить детей и воспитать их. А еще она увлекается грамматикой, холодной кухней, яичными гренками и, если повезет, статными морскими капитанами.

Не успели дети отойти от шока вследствие внезапной кончины тети и огромного количества орфографических ошибок в ее предсмертной записке, как их вновь шокирует мистер По, заявив, что, согласно последней воле покойной, которую она выразила много лет назад в личной беседе с капитаном Шемом (несмотря на то, что впервые встретила его только вчера), именно он станет новым опекуном сирот. Окончательно убедившись в том, что умственные способности отдельных представителей банковской системы ниже, чем у озерных пиявок, дети решают заняться своим спасением сами.

Оставив растерянного мистера По на пирсе заедать свою растерянность дегустационными порциями вкуснейшей ухи, Вайолет, Клаус и Солнышко отправляются на лесопилку «Счастливые запахи», надеясь хотя бы там узнать что-то о судьбе своих родителей. Однако, поскольку дети проникли на лесопилку без разрешения, их тут же хватает суровый владелец предприятия по имени Сэр и его добродушный партнер, мастерски готовящий омлеты. Теперь сиротам придется отрабатывать свое нарушение, а в перерывах искать ответы на волнующие вопросы. Что тяжело, поскольку перерыв на фабрике всего один, и длится он пять минут.

Вся судьба и карьера мистера По висит на волоске: из-за потери детей ему больше не светит повышение, а начальник даже приказывает ему снять значок «Лучший банкир». А где-то вдалеке от этих невероятно драматичных событий Вайолет, Клаус и Солнышко продолжают трудиться на лесопилке «Счастливые запахи», хотя их трудовая смена вот-вот может подойти к стремительному концу: новообразовавшаяся секретарша доктора Оруэлл по имени Ширли всегда мечтала растить прелестных деток, особенно если это трое сирот с огромным состоянием, и очень надеется, что Сэр поможет ей исполнить эту мечту. Тем более что дети всё равно не справляются с обязанностями и сломали раздатчик корообдирников — можно ли представить себе оплошность серьезней?

Жизнь забрасывает Бодлеров в весьма странное учебное заведение, где им приходится жить в жуткой хижине, посещать нелепые занятия и слушать концерты бездарного директора, возомнившего себя гениальным скрипачом. Однако троицу ждет неожиданная и приятная встреча с сиротами Квегмайрами, имеющими много общего с новенькими. Тем временем в школу прибывает незнакомец с тайным заданием, касающимся Вайолет, Клауса и Солнышка, а также граф со своей свитой, намеренный на этот раз во что бы то ни стало добраться до детей.

Невзирая на попытки Клауса и его сестер разоблачить самозванца, Олафу удается убедить окружающих, что он никакой не граф, а новый учитель гимнастики. Специально для Бодлеров он придумывает изнуряющие тренировки, из-за которых успеваемость троицы начинает падать, а шанс исключения из школы — стремительно возрастать. Между тем на помощь Ларри приходит брат Лемони Сникета, Жак, а весьма важная книга, предназначавшаяся Бодлерам, попадает к другим сиротам, и то ненадолго.

Новыми опекунами сирот становятся Эсме и Джером Скволоры, личности экстравагантные и странные. Не успевают дети освоиться на новом месте, как граф вновь появляется в их жизни, на этот раз в образе аристократичного иностранца, который заводит тесное знакомство со Скволорами, желая похитить Бодлеров. Узнав от злодея, что Квегмайры спрятаны где-то в здании, троица ставит себе цель найти друзей. В то же время Жак находит добровольца для помощи в собственных поисках малолетних пленников.

Найти пленников оказывается не так сложно, как вызволить их из заключения. Когда Бодлеры обращаются за помощью к Эсме, им открывается ужасная правда об их опекунше и ее давних отношениях с ненавистным графом. Вскоре Клаус и сестры сами оказываются в западне. Кое-как выбравшись, они отправляются на помпезный аукцион, устраиваемый Олафом и его давней поклонницей. Задачей сирот становится выкуп запрятанных в одном из лотов Квегмайров, но удастся ли им осуществить свой план?..

Мистер По привозит Бодлеров в забытую Богом деревеньку, а все жители становятся их опекунами. Надежды сирот, что граф их не найдет, терпят крах — Олаф уже обосновался в поселении, как и его верная помощница Эсме. Дети селятся на краю деревни у пугливого работяги, в сарае которого припрятано немало чудес. Одно из них должно помочь им спасти союзника, поплатившегося за попытку схватить мошенника. Судьба Квегмайров же по-прежнему неизвестна. Но Бодлеры хотя бы начинают получать подсказки к их местонахождению.

Вслед за печальной новостью о смерти заключенного Бодлеры узнают еще более дурные вести: по словам детектива Дюпона, пленника убили именно они. Сирот помещают в тюрьму, и теперь лишь от их смекалки и находчивости зависит, смогут ли они спастись от очередной напасти. Вместе с тем Клаусу наконец удается расшифровать послания Квегмайров, но успеют ли они найти друзей до того, как их самих хватятся? Узнав о происшествии в Птице-Блюстительской Деревне, Ларри с Жаклин спешат на подмогу малолетним беглецам, пока все не стало совсем плохо.

Волей судьбы Бодлеры попадают в группу поющих волонтеров, благодаря которым узнают о всемирном хранилище документов, который находится в госпитале неподалеку. Подружившись с главой отдела, дети скрепя сердце идут на обман, чтобы получить информацию о Жаке Сникете и тайнах, которые тот хранил. Несмотря на то, что троица успевает добыть важные сведения, это знание обходится им очень дорого: Олафу и жаждущей найти украденную сахарницу Эсме наконец-то удается схватить одного из сирот.

Для поимки Клауса и Солнышка граф решает спрятать свою пленницу среди пациентов больницы. Клаус было придумывает способ обойти Олафа, однако недооценивает его хитрость и коварство. Ради спасения Вайолет мальчику приходится пожертвовать недавним трофеем. Однако, даже выбравшись из переделки, Бодлеры вновь вынуждены пойти на риск, чтобы выжить.

Давным-давно Лемони стал свидетелем злодейства Олафа, пожелавшего отомстить прямо на бал-маскараде. В настоящем спрятавшаяся в багажнике негодяев троица узнает о предсказательнице по имени мадам Лулу, способной дать ответ на любой вопрос. Бодлеры решают устроиться работать на карнавал, подобравшись ближе к гадалке и ее предсказаниям. Однако последняя оказывается не так-то проста, что дает детям надежду, а мошенника толкает на решительные действия.

Бодлеры узнают о значении карнавала для организации, а также о секретном штабе, расположенном высоко в горах. Вместе они решают отправиться туда для выяснения правды о выжившем в пожаре, однако и здесь графу удается помешать планам сирот. Организовав кровавое шоу с голодными львами, мошенники готовятся принести жертву на потеху публике. Неожиданная находка в шатре гадалки открывает Олафу глаза на истинную сущность некоторых цирковых уродцев.

Клаус и Вайолет путешествуют по горам, пока не вынуждены скрываться от снежных монстров. В укрытии они знакомятся с детьми, один из которых может дать подсказку. В это время Солнышко страдает под гнетом графа Олафа, но у нее возникает идея, как подать сигнал своим брату и сестре.

Вайолет и Клаус узнают личность своего нового знакомого, который начинает испытывать нежные чувства к девушке. Вместе с ней он забирается на опасную скалу, где их ждет младшая сестренка. В следующую встречу они разрабатывают план по спасению Солнышка.

Молодая капитан корабля с таинственными связями раскрывает свою миссию. К несчастью, Эсме Скволор также ищет загадочный предмет и вместе с Графом Олафом пускается в погоню. Бодлеры исследуют субмарину и помогают ее экипажу.

Судьба Солнышка висит на волоске, и Вайолет, Клаус и Фиона ищут антидот. Вместе команда детей выясняет местоположение последнего безопасного убежища. Бодлеры отправляются навстречу неизведанному и разгадке тайны их семьи.

Все действующие лица собираются в таинственном отеле. Бодлерам предстоит притворяться консьержами, чтобы разгадать загадку незнакомых инициалов и узнать планы их преследователей. Одновременно происходит несколько событий, которые якобы являются частью большого плана, и все они завершаются одним сигналом.

Большим секретам предстоит выйти на поверхность, когда в лобби гостиницы начинается суд над графом Олафом, чьи злодеяния бесчисленны и ужасны. Бодлеры первыми дают показания. Но восторжествует ли справедливость?

Последняя глава приводит сирот на пустынный остров, полный потерянных жизней, старых историй и новых начал. Местный вождь хорошо их принимает, а графа Олафа сажает в клетку. Однако, он оказывается опасным типом, и его поступок приводит к смертям на острове. Компанию сироток ждет пополнение.