人类的脑机能发生变异，从而能够认识到幽灵和怪物的存在并称之为“怪灵”，为了对抗这样的怪灵，霍塞亚学院设置了“脑机能异常对策室”，所属其中E队的一条晴彦和川神舞的捉灵成绩最差。眼看报酬又泡汤了，一条晴彦和川神舞找到了新的队员，名为和泉玲奈的怪灵吞噬者。

封印了电线杆怪灵之后，玲奈正式加入晴彦和舞的小队。老师向他们提出新的任务，要他们去援助水无濑小糸，对付警卫机器人。小糸实力强劲，一直都是单独行动，对其他人也总是不理不睬。没想到警卫机器人竟然能对抗小糸的声波攻击，于是就轮到晴彦等人出场了，小糸也认可了他们的实力。

休息日，晴彦等人在姬野爱丽丝老师的吩咐下来到某地的大桥，收服拦路鬼姐妹。没想到拦路鬼姐妹是专门冲着舞学姐来的，舞学姐欣然应战，但面对以一敌二的局面还是败下阵来。为了打败拦路鬼姐妹，晴彦提出要复制舞学姐所有的格斗技巧。拦路鬼姐妹与舞学姐究竟有什么深仇大恨呢？

和泉玲奈一如往常的拿着惩治怪灵得到的自助餐券去吃烤肉，饱餐一顿之后她非常的满足。自从加入了脑机能异常对策室之后，玲奈的学园生活变的丰富多彩，但越是这样，她在回家的路上就越感到孤单寂寞。在车站等车的时候，玲奈面前停下了一辆有些奇怪的巴士，她不由自主的上了车。

高冷美少女水无濑小糸独自消灭怪灵时，由于晴彦的出现而乱了阵脚，无法使用特异能力，在场的双马尾萝莉熊枕久瑠美指挥布偶熊赶跑了怪灵。舞前辈想帮小糸完成任务，但小糸并不领情，双方展开收服怪灵的比拼。晴彦决定与小糸一同作战，小糸对这只怪灵如此执着的原因是？

久瑠美很担心自己不能帮到学姐的忙，于是她逃进了内心世界，晴彦和露露也被卷入其中。在这里，久瑠美成了公主，还要被迫嫁给熊王子。阿尔布莱特成了保护公主的熊骑士，坏王子对久瑠美穷追不舍，阿尔布莱特身受重伤，眼看大家就要被抓住了，久瑠美终于鼓起勇气，放大招打败了坏王子。

霍塞亚学院的所有人卷入了不得了的状况，大家的行为举止变得和猫一样，不仅爱打盹还疯狂爱上了鱼料理。就在所有人猫化的时候，久瑠美找到了晴彦他们，拜托他们帮忙寻找同学失踪的猫咪。全员猫化事件与学校中的猫舍有关，而这只小猫咪就是引起猫舍怪灵化的原因……

学校中惊现猴子温泉，这样下去大家都要补考了，于是猴子老大就成了全校学生的公敌。除灵小队想尽各种办法，但还是拿这只好色猴子没办法。最后晴彦小队决定使用美人计，让舞前辈牺牲色相把猴子老大骗上岸。色诱计划大成功，看着新娘落跑的猴子老大，晴彦被迫穿女装嫁给了猴子老大。

演剧部的部长北岛学姐拜托晴彦小队参演她的话剧《幕末妖怪物语》，争夺话剧比赛的金奖。然而演剧部只有北岛学姐一个人，就连露露和久瑠美也被拉来凑数。为了圆演剧部十五年的得奖梦，大家全力配合北岛学姐，而小糸在表演期间发现了怪灵的气息。话剧比赛的日子终于来了，晴彦等人登场，一直潜伏着的怪灵也终于现身了……

露露一直因为自己过于娇小的身体感到郁闷，她最想做的事就是一口气喝掉一整瓶柠檬汽水。就在她一个人发牢骚的时候，魔女怪灵突然出现，并称能帮露露实现愿望。于是在魔女的帮助下，露露真的变成了人类的女孩子，她隐瞒身份，顺利转入晴彦的班级，还和大家一起去看烟花大会。然而在烟花大会上，意外却发生了……

上次是露露变大人，这次轮到晴彦变小孩子了，小晴彦根本不记得长大后发生的事情，还跑到小学去上课。面对突如其来的状况，捉灵小队蒙了，最后舞学姐决定暂时负责小晴彦的衣食住行。没想到晴彦小小年纪就拽气十足，舞学姐也拿他没办法。大家都在找让晴彦恢复原状的办法，只有舞学姐注意到了小晴彦眼中的落寞……

曾经的吊车尾晴彦小队如今成了NO.1，还俘获了大批粉丝，于是大家商量着暑假去海边集训。就在此时，被称为“英格玛”的怪灵突然现身，而被她袭击的特异者都被夺走了能力。晴彦小队偶遇英格玛，双方大战一场后英格玛不知去向。没多久，曾经抛弃晴彦的妈妈出现，晴彦的选择是……

晴彦的能力被艾妮格玛夺走。艾妮格玛抛弃了晴彦母亲的身体逃走了。沉睡不醒的母亲。母亲的再婚对象。样子变得奇怪的露露……。小糸追寻着艾妮格玛的痕迹，但却无法找到艾妮格玛的所在地。此时，在阿赖耶识社捡到的神秘装置终于修理完毕了。隐藏在这装置当中的是……。