日々ファントムと戦う高校生・一条晴彦は、先輩の川神舞とチームを組んでファントム退治を行っていた。だが乱暴な舞と、それに振り回される運動神経ゼロの晴彦に、チームの成績は芳しくなく、〝ダメチーム〟と揶揄されていた。 なんとかチームを強くしようと晴彦が人材を探していた時、晴彦はファントムイーター・和泉玲奈と出会う。強力な能力を持つ彼女をチームに勧誘しようとするが……。

次の依頼は、暴走する警備ロボットファントムの退治。 和泉玲奈をチームに加えて三人となった晴彦たちは、顧問の姫野アリスから依頼を受けて廃工場へと向かった。しかし先にそこで戦闘を行っていたのは、美しい歌声を響かせ戦う赤い髪の少女・水無瀬小糸だった……。

今度の退治依頼は……弁慶ファントム？ 逢魔が時に、橋を通せんぼするファントムを退治してくれと頼まれた晴彦たち。目的の橋に到着した時、川神舞はその場所に懐かしい既視感を憶えた。 現われた格闘を得意とするファントムに、舞が意気揚々と前に出る。しかしそのファントムの狙いは、初めから舞だった――。

いつものように、ファントム退治の報酬で食べ放題を満喫していた和泉玲奈。 『脳機能エラー対策室』に入って以前より充実した毎日を送っていたが、皆と別れた彼女の心に影を落とすのは、家族の事。厳しい両親に、家出した姉。 帰りのバスが到着し、顔を上げ乗り込む玲奈。しかしそれはいつもと違う見慣れないバスで……。

飼育小屋を襲い小動物の命を奪い去る凶悪なファントムが出現。依頼を受けた水無瀬小糸は独り、そのファントムを倒しに向かう。そこにいたのは、ウサギの世話をする小学生・熊枕久瑠美。そして二人の前に現れる、三つ首ファントム。 百戦錬磨である水無瀬小糸がそれを退治しようと立ち向かうも、ファントムの吐き出した毒霧を浴びてしまう……。

熊枕久瑠美。小学四年生。特異能力者。フロントツインテール。好きなもの――クマ。 クマを愛して止まない臆病な少女が雨の日に迷い込んだのは、ぬいぐるみの世界。 共に迷い込んだ晴彦、ルルと一緒に、三人は謎のクマのぬいぐるみ集団に襲われる。 万事休すかと思われたその時、久瑠美たちを守るように現れたのは……。

今度の依頼は、行方不明の猫の捜索。 晴れた良い日。あまりに気持ちの良い快晴に、誰もがだらけていた。だらけるどころか、あちこちで丸くなってゴロゴロ、ゴロゴロ……まるで猫みたい。 そこに舞い込んできた、迷い猫捜索依頼。だらけた気持ちをしゃんとさせ、何とか迷い猫を見つけようと動き出すが……。

今度の依頼は、エッチな大猿ファントム退治！ 暑い夏の日。あまりの暑さに晴彦たちが顔をしかめる中、教室にルルが飛び込んでくる。ルルに言われるがままに中庭を覗くと、なんとそこに温泉が湧いていた！？ しかも温泉には大勢の猿ファントムたちがいて、晴彦たちは何とか猿ファントムを退治して温泉化を止めようとするが、ファントムの魔の手は可愛い女子に……。

今度の依頼は、廃部寸前の演劇部の助っ人。 部員数一名。このままではコンクールに出ることができないホセア学院演劇部の助っ人を頼まれた晴彦たち。唯一の部員・北島亜弓が考えたシナリオを手に、新撰組の芝居の練習を始める。 だがその時、小糸が演劇部内にファントムの気配を感じ取る……。

妖精型ファントム・ルル。彼女の願いは、夏祭りでラムネを一本まるまる飲みきること。でも小さな身体ではそれも叶わない。そんな時出会った、魔女ファントム。彼女がファントムの願いを叶えて回っているという話を聞き、ルルは自分を大きくしてほしいと願った。 念願の人間と同じ大きさを手に入れたルルは、ホセア学院に転校生として入り込むことになるが……。

夜、阿頼耶識社で拾った謎のデバイスを修理していた晴彦。修理道具を探そうとクローゼットの中を漁っていると、小学生の頃に書いた作文が出てくる。こんなことを書いていたんだな……と過去を懐かしんだのち、晴彦は眠りについた。 翌朝、起きたらなんと体が小さくなっていた！？ 身体も記憶も小学生になった晴彦。小学生のままホセア学院に登校するが……。

今やホセア学院でも一目置かれる存在となった晴彦たち。昔のダメチームが嘘のように、輝かしい成果をあげていた。そんな中、街では晴彦たちと同じ特異能力者が次々と襲われる事件が発生する。しかも襲われた能力者は、その能力が失われるという。 安全を期しての集団下校中、晴彦たちにビーチエンジェルズの悲鳴が響いてくる。慌てて駆けつけた晴彦たちの目の前に現れたファントムは……。

エニグマに能力を奪われた晴彦。そのエニグマは母の身体を捨て、逃げてしまった。 眠って起きない母。母の再婚相手。様子のおかしくなってしまったルル……。 小糸がエニグマの痕跡を辿るも、エニグマの居場所を見つけ出すことができない。 そんな時、ようやく阿頼耶識社で拾った謎のデバイスの修理が完了する。そのデバイスの中に隠されていたものとは……。