総人口の約8割が何らかの超常能力“個性”を持ち、その“個性”によって社会を守る“ヒーロー”という存在が確立された世界。緑谷出久はヒーローになることを夢見て、多くのヒーローを輩出する名門・雄英高校ヒーロー科入学を目指していた。しかし、彼は何の“個性”も持たない“無個性”。現実の厳しさ、不平等さを痛感する日々を過ごしていた。そんなある日、出久は強盗をして逃亡中だった敵（ヴィラン）に襲われてしまう。そこに現れたのは、人気・実力共にNo.1のヒーローだった！

ヘドロヴィランから出久を救ったのは“平和の象徴”とも称されるNo.1ヒーローのオールマイトだった。出久が「個性がなくてもヒーローになれますか？」と彼に問いかけたその瞬間、目の前に現れたのは、過去の戦いにおける重傷で痩せ細ってしまったオールマイトの真の姿！「ヒーローはいつだって命がけ」その過酷さと自身の夢を叶える厳しさを憧れの人から告げられ、出久は絶望する。そんな中、オールマイトが捕まえたはずのヘドロヴィランが逃走し、下校中の爆豪が取り込まれてしまう！

「君はヒーローになれる。」ヴィランに取り込まれそうになる爆豪を救けようと、考えるより先に体が動いた出久にヒーローの資質を見たオールマイトは、彼に自身の“個性”である“ワン・フォー・オール”を授けることを提案する。その個性は、これまで幾人ものヒーローによって受け継がれてきた「力の結晶」だった。ヒーローになる夢を叶えるため、雄英高校に入学するため、オールマイトから課せられたトレーニングに挑む出久。しかしそのトレーニングは想像以上にハードなものだった！

オールマイトから個性“ワン・フォー・オール”を与えらえた出久は、いざ国内最難関と言われる雄英高校ヒーロー科の入試に臨む。広大な模擬市街地で、そこに多数配置された仮想ヴィランを相手に戦いポイントを競うこの試験。皆が“個性”を生かし次々と仮想ヴィランを撃退する一方、まだ“個性”の使い方を理解していない出久はポイントが稼げない。そんな中、予想できないほどの巨大な仮想ヴィランが出現！ビルが倒壊し、その瓦礫の下には…！出久は“考えるより先に”拳を振り上げ叫ぶ！

雄英高校での学校生活がスタートした。入学初日、1年A組の担任教師・相澤はいきなり生徒たちに「個性把握テスト」を課す。ソフトボール投げや50m走など一見普通の体力測定だが、それぞれがどのように“個性”を活かすかを見るテストだ。さらに相澤は「最下位の者は見込みなしとして除籍処分」というルールを突きつける！負傷を危惧して“個性”を使わない出久は平凡な記録しか出せない。このままでは初日で除籍になってしまう！意を決した出久は“個性”を使おうとするが…。

個性把握テストで“個性”を発動、最小限の負傷で最大限の力を発揮した出久は自らの可能性を示した。翌日、オールマイトによる授業「屋内対人戦闘訓練」が生徒たちに課せられる。2人1組で一方がヒーロー、もう一方がヴィランとして対峙し、制限時間内にヒーロー側が仮想の核兵器を回収もしくは相手を捕獲するという訓練だ。出久はお茶子とヒーロー側のコンビに、対するヴィラン側は飯田と、出久が“個性”を持っていたことに怒り心頭の爆豪。訓練開始と同時に、爆豪が出久に襲い掛かる！

「対人戦闘訓練」で対峙する出久&お茶子のヒーロー組と、爆豪&飯田のヴィラン組。爆豪は怒りにまかせて暴走し、出久に向かって一直線に襲い掛かる。対する出久は、これまでヒーローを目指すうえで蓄えてきた知識と機転の良さで対抗。コンビを組むお茶子と一緒にこの訓練に勝つための作戦を練る。“無個性”だったはずの、自分より下のはずの出久が“個性”を隠し持っていた…。「俺の方が上だ！」それを完全に証明するために、爆豪はコスチュームに隠された強力な攻撃を放つ！

戦闘訓練において、暴走し単独でぶつかってきた爆豪に、出久は“訓練に勝つ”ための作戦で、ボロボロになりながらお茶子と共に勝利を収めた。「出久に負けた」その事実に愕然とする爆豪。そして、轟や八百万をはじめ他の生徒たちも戦闘訓練に臨み、彼らはその“個性”と実力の片りんを見せる。放課後、リカバリーガールの治療を受けた出久は、ひとり家に帰ろうとする爆豪を呼び止め、あることを打ち明ける。それを聞いた爆豪が返した言葉とは…。その一方で、謎の影が雄英高校に迫っていた。

1年A組で学級委員長を決めることに。皆が立候補しての多数決の結果、なんと出久が委員長に決まった。自身も立候補していた飯田は悔しがりながらも、自身が尊敬する兄の話をしながら「自分が人を導くにはまだ早い」と出久を応援する。そんな中、オールマイト目当てのマスコミが校内になだれ込み、生徒たちはパニックに。そこで飯田はある行動に出る！後日、1年A組は校内の屋外施設「ウソの災害や事故ルーム（USJ）」での救助訓練へ。そこに突如謎のヴィランたちが現れる。

救助訓練に臨もうとした1年A組の生徒たちの前に現れた、死柄木弔率いる“敵（ヴィラン）連合”。肌で感じる悪意と「オールマイトを殺す」という言葉に出久は戦慄する。オールマイトが不在の中、相澤は単身ヴィランたちと戦う。しかし、避難しようとした生徒たちはヴィラン・黒霧の“個性”ワープによってUSJ内で散り散りにされてしまう。水難ゾーンに飛ばされた出久、梅雨、峰田にヴィランたちが襲い掛かる！3人は状況を打開すべく、それぞれの“個性”を活かしてヴィラン撃破に挑む！

見事な連携で水難ゾーンのヴィランを撃破した出久、梅雨、峰田は元いた場所に向かう。一方、爆豪や切島、轟たちもそれぞれ飛ばされたゾーンでヴィランたちと戦っていた。そんな中、生徒を守るために単身で戦っていた相澤が、“敵（ヴィラン）連合”の中心と見られる男・死柄木弔の謎の“個性”で負傷、さらに死柄木が連れる“改人”脳無の圧倒的なパワーで窮地に陥ってしまう。13号も倒され、駆け付けた出久たちにも最大の危機が近づいたその時、あの男が現れる！「私が来た！」

USJに駆け付けたオールマイトは、素早い動きで重傷を負い拘束されていた相澤を救出。そのまま脳無との戦闘に突入する。しかし脳無は「ショック吸収」「超回復」という複数の“個性”を持っており、さらに黒霧も加勢してきたことで苦戦。オールマイトの活動限界を唯一知る出久はおもわず飛び出す！すると、そこにヴィランを撃退した爆豪、轟、切島も駆けつけた！危機を脱するも、活動限界が近づくオールマイトはそれでもたちむかっていく。「私は平和の象徴なのだから！」

全発100%以上のラッシュを繰り出し脳無を倒したオールマイト。しかし、活動限界が近づき一歩も動くことができないところに死柄木たちが襲い掛かる。オールマイトの秘密を知る出久は彼を助けるために飛び込んでいく！そこへ駆けつけたのは雄英の教師であるプロヒーローたち！間一髪で出久とオールマイトは危機を免れ、死柄木は逃走。そんな死柄木の背後には、謎の男の影があるのだった…。身を挺し戦った出久たち。彼らの成長はまだまだこれから。最高のヒーローへ、Plus Ultra！