銃弾を撃ち込まれたミリオは、“個性”を失った。それでもミリオは、壊理を守るためにオーバーホールたちとたったひとりで戦う。そこに、間一髪のところで、デクやナイトアイたちが駆け付けた！形勢逆転かと思われたが、オーバーホールは壊理を渡すまいと、部下の音本を分解し自らと融合させて、4本の腕を持つ恐ろしい姿に変貌する。懸命に立ち向かうナイトアイだが、“個性”を発動しても対処しきれず、さらに絶望的な未来を「予知」してしまう。そして、「おまえのせいで人が死んでいく」そうオーバーホールに言われ、壊理がとった行動とは…？

「君を救ける!!」デクが壊理に叫んだその時、八斎會を裏切った敵連合の誘導により、巨大なドラゴンの姿となったリューキュウが天井をぶち抜き現れた。その穴から壊理を連れ逃げようとするオーバーホールだったが、ミリオやデクの思いを受けた壊理の“個性”が突如発動、音本と融合した姿から元の姿に戻され、壊理を手放してしまう。しっかりと壊理を抱きとめたデクは、誰にも心配させることのないくらい、必ず勝って必ず助けるヒーローになるという信念の下、再び巨大な姿へと変貌したオーバーホールを前に、壊理を背負い立ち向かう！

デクはジェントルを倒し、急いで文化祭ステージの会場に向かう。ヒーロー科1年A組を緊張が包む。そして、いよいよ文化祭ステージがスタート！果たしてデクたちは雄英生徒全員を、エリを笑顔にできるのか！？

新型の脳無・ハイエンドが急襲し、エンデヴァーとホークスが立ち向かう。しかしハイエンドの実力は恐るべきものだった…！果たしてエンデヴァーとホークスは勝利を掴み、人々を救けることができるのか!?

A組vsB組の対抗戦第２セット、職場体験を共に過ごした八百万と拳藤、そして同じ「闇」を駆使する“個性”を持つ同士の常闇と黒色。ライバル同士の負けられない戦いが始まる！

第4試合、爆豪率いるA組チームと、推薦入学者の取蔭を中心とするB組チームの対戦。爆豪が先行するA組に対し、取蔭による戦略で迎え撃つB組は、爆豪の独断先行を利用しようと…。

雄英1年生として3学期を迎えたデクは、更なる成長を続ける。超常解放戦線の頂点に立った死柄木は、更なる破壊の力を求める。ヒーローと敵ヴィランの戦いは、新たなステージへ。

ホークスの内偵により、死柄木率いる敵（ヴィラン）勢力“超常解放戦線線”の決起の情報を得たプロヒーローと警察は、敵（ヴィラン）一斉確保のために集結、最大規模の作戦に臨む。そこには、デクたち雄英高校ヒーロー科の生徒たちの姿もあった。そしていよいよヒーローたちが“超常解放戦線”のアジトである群訝山荘と、ドクターこと殻木球大のいる蛇腔病院に突入！エンデヴァーたちは早速ドクターを補足するが、そこに大量の脳無が出現！一気に戦いへとなだれ込んでいく。いよいよ、ヒーローと敵（ヴィラン）の全面戦争へ―！

ドクターを確保すべく蛇腔病院に突入したエンデヴァーたちは大量の脳無と交戦。No.5ヒーローのミルコは先行してドクターを追うが、ドクターは最強の脳無“ハイエンド”を目覚めさせる。圧倒的な力を持つハイエンドに、ミルコはひとり立ち向かうが…!? 一方の群訝山荘を目指すヒーローたちの中には、遠距離・広域攻撃が可能な常闇と上鳴の姿も。クラスメイトたちはサポート役の後衛にもかかわらず前衛を任された上鳴は不安に駆られる。その時ミッドナイトが声をかけて…。すると、超常解放戦線の強力な“個性”を持つ敵（ヴィラン）が現れる！

群訝山荘でのヒーローと敵（ヴィラン）の戦い。トゥワイスを殺したホークスを、荼毘が不気味な笑みを浮かべながら“個性”の蒼炎で追い詰める。素性など一切が謎に満ちた荼毘にホークスが問い掛ける。「誰だ お前は―!?」 一方、蛇腔病院ではエンデヴァーや相澤たちがドクターを追い、ハイエンド脳無と戦っていた。先行し、カプセルに入った死柄木を目撃したミルコに戦慄が走る。「これは出しちゃいけねェ!! 何を差し置いても!!」死柄木の覚醒を食い止めるべく、プレゼント・マイクが叫ぶ。そして、眠っている死柄木の脳裏に去来するものとは…!?

死柄木と脳無“ニア・ハイエンド”たちがデクたちの前に現れた。デクから「ワン・フォー・オール」を奪おうとする死柄木だったが、相澤の「抹消」により“個性”が発動できない。しかし、死柄木はドクターによる手術によって“個性”を使わずともオールマイト並みの身体能力を発揮できるようになっていた。脚を負傷している相澤を守るべく、デクと爆豪、エンデヴァーらが死柄木に立ち向かう！一方、死柄木の命令によりギガントマキアが木々をなぎ倒しながら前進。ミッドナイトやMt.レディらプロヒーローがその前進を食い止めようとするが―!?

荼毘の正体は、轟家の長男で、事故で死んだと思われていた燈矢だった。No.1ヒーローの息子が敵ヴィラン、その事実は日本国民の心を揺るがせる。燈矢がエンデヴァーに向かって炎を放とうとしたその時、死んだはずのベストジーニストが現れ、“個性”でギガントマキアに立ち向かう。しかし、燈矢の炎によって轟やねじれが焼かれ、ギガントマキアのパワーでジーニストが苦戦。その時、復活した雄英ナンバーワン、BIG3のルミリオンが駆けつける！さらに負傷した爆豪も自らのヒーロー名と共に飛び出し―! 全面戦争の決着が迫る!

“ダツゴク”としてデクを狙うレディ・ナガン。「ライフル」とオール・フォー・ワンから与えられた空中歩行ができる「エアウォーク」という2つの“個性”でデクを追い詰めていく。かつてトップクラスのプロヒーローだったナガンは、裏では公安として、世には出せない、ヒーロー社会の闇を隠すような極秘任務を遂行していた。その中で「作られた正義」に絶望し、公安委員長を殺害するという事件を起こしていたのだ。闇深き彼女に対し、デクはワン・フォー・オール3代目の“個性”である「発勁」を初めて発動させる！デクは、彼女の心を救えるのか…!?

死柄木とオール・フォー・ワンを追うため、たったひとりで戦うデク。血と汗に汚れ、疲弊していくデクを“ダツゴク”ディクテイターが襲う！その危機を救ったのは、爆豪たち1-Aのクラスメイト19人だった。爆豪たちはデクの身を案じ、そしてデクを独りにはせず共に戦うことを誓い、彼を雄英高校に戻そうとする。しかし、デクは彼らが傷つけられることを恐れ、離れようとする。1-Aメンバーたちはデクに必死に呼びかける。「戻ってこい！」そんな中、かつてデクに救われた飯田が手を伸ばし、そして爆豪がこれまで言えなかった言葉を口にする…。