期末試験が終わり、夏の林間合宿が近づいてきた。出久たちは合宿に向けてショッピングモールに買い物に出かける。その中で出久に迫る一人の影…死柄木弔。出久の首に手をかけ、死柄木は言葉を投げる。「俺とヒーロー殺し、何が違うんだ？」出久は答える。「僕もヒーロー殺しも始まりはオールマイトだった」。それを聞いた死柄木に≪信念≫が宿る。「オールマイトを殺し、オールマイトのいない世界を創り、正義が脆弱であることを暴いてやる」。出久と死柄木…「全部、オールマイトだ」。ヒーローと敵＜ヴィラン＞の戦いは、これから―！！

雄英の林間合宿地に現れた敵＜ヴィラン＞連合・開闢行動隊。そのひとり“血狂い”マスキュラーの魔の手が洸汰に迫る。マスキュラーは、洸汰の両親を殺害した犯人だった。そんな危機一髪の状況に現れたのは、出久！洸汰を守るため、“個性”「ワン・フォー・オール」で立ち向かう。しかし強力な「筋肉増強」の“個性”を持つマスキュラーに追い詰められていく。自損覚悟の100％SMASHですらたいしてダメージを与えられない。本気で襲い掛かるマスキュラーに対し、出久は洸汰を守るために、己の限界を超えていく！！

士傑高校・肉倉精児の“個性”で切島が肉塊に変えられ、爆豪も反撃する中で隙をつかれ、肉塊にされてしまう。残された上鳴だったが、爆豪と切島をけなす肉倉に対し新コスチュームでの必殺技を繰り出す！肉倉の“個性”がダメージで解除され、爆豪と切島が復活。3人は一次選考を突破した。一方、出久は機転を利かせお茶子と瀬呂と共にクリア！合格枠も残りわずか、A組はまだ9人が突破しておらず、しかも散り散りになっていた。そんな中、青山は自ら犠牲になろうとレーザーを放ち、飯田を救おうとする。そこにA組のメンバーが集結した！

「戦えや。ここで今」かつて爆豪を破ったグラウンド・βで、出久は再び爆豪と対峙する。本気で攻めてくる爆豪に対し、出久はとまどいを隠せない。しかし出久は、爆豪が、自分が攫われた事が原因でオールマイトが力を失ってしまったという責任に苦しんでいることに気が付き、全力で受けて立つことを決意する。以前より強さに磨きがかかった爆豪に対し、フルカウル・シュートスタイルで戦う出久。加速する戦いの中で、初めて互いに本音を明かし合いながら、感情が昂ぶった出久は、全体常時身体許容上限8％のワン・フォー・オール フルカウルを発動する！

プロヒーローの仮免を取得し、次なるステージに向けて今日も授業に励む雄英高校ヒーロー科1年A組。そんなデクたちが住む寮に、取材で特田種男という新聞記者がやってきた。1-A生徒の寮生活を取材する、というのは表向きな理由で、実は特田は、オールマイトがオール・フォー・ワンを倒した直後の「次は、君だ」という言葉に着目し、彼の後継者が雄英高校にいるのでは？という疑念から特ダネを狙って来たのだった。生徒たちに次々とカメラを向ける特田は、オールマイトと話すデクの姿から、デクが後継者なのでは…と考え―！？

デクと同じく、お茶子と梅雨ちゃんは雄英ビッグ3の波動ねじれの紹介でリューキュウの事務所で、切島は天喰環の紹介でファットガムの事務所で、それぞれインターン活動を始めていた。そんな中、チンピラのいざこざに遭遇する切島たち。ファットガムと天喰が見事な動きでチンピラを捕獲するが、天喰が撃たれ、無事ではあるものの“個性”が使えなくなってしまう！切島は銃撃犯を追うが、銃撃犯は“個性”をブーストさせる薬物でパワーアップする。大ピンチに陥った切島は、街の人々を守るため、“個性”強化訓練で編み出した新必殺技を繰り出す！

壊理を救出するため、プロヒーローと警察が捜査を進める一方、デクたちインターン組は何もできず待つことしかできなかった。ギリギリの精神状態の中、飯田や轟からの友達としての言葉に涙をこらえるデク。そんな中、ナイトアイが死穢八斎會の人間と接触、ついに壊理が八斎會の本拠地にいることを突き止めた。デクたちやビッグ3を含むヒーローチームが結成され、壊理救出作戦が始まる！しかし、そんなヒーローたちの動きをオーバーホールは見抜いており、ヒーローたちに対する刺客として、鉄砲玉 八斎衆を差し向ける。

デクやナイトアイ、相澤たちは、本拠地内の壁を変化させる入中の“個性”に苦戦し、なかなか前に進めない。そこに、なんと敵連合のトガヒミコとトゥワイスが現れ、ヒーローたちに襲い掛かってきた！連合と死穢八斎會が手を組んでいたことに驚きを隠せないデクたち。しかし、連合の仲間であるマグネを殺し、さらに高圧的な態度を取る八斎會を、トガたちは疎んでいた。そんな八斎會と手を組むことを決めたのは、死柄木。トガとトゥワイスは死柄木の真意を図りかねながらも、死柄木の言葉を受け、ある企みを実行に移す…。

「君を救ける!!」デクが壊理に叫んだその時、八斎會を裏切った敵連合の誘導により、巨大なドラゴンの姿となったリューキュウが天井をぶち抜き現れた。その穴から壊理を連れ逃げようとするオーバーホールだったが、ミリオやデクの思いを受けた壊理の“個性”が突如発動、音本と融合した姿から元の姿に戻され、壊理を手放してしまう。しっかりと壊理を抱きとめたデクは、誰にも心配させることのないくらい、必ず勝って必ず助けるヒーローになるという信念の下、再び巨大な姿へと変貌したオーバーホールを前に、壊理を背負い立ち向かう！

文化祭当日、雄英襲撃を目論むジェントル・クリミナルとラブラバを止めようとするデク。敵＜ヴィラン＞として名を轟かせたいジェントルと、ヒーローを志すデクの戦い、果たして勝つのはどっちだ！？

ある日の朝、A組のホームルームが始まろうとしたその瞬間、雄英高敷地内に敵ヴィランが侵入したとの警報が鳴り響く！A組全員が緊急出動、果たして立ちはだかる敵ヴィランとは！？

デクが不思議な夢を見た翌日の午後、１年A組の生徒は運動場γへ。そこで１年B組との合同戦闘訓練「対抗戦」が始まる！そしてそこには、普通科C組の心操人使の姿も…！"

A組vsB組の対抗戦第２セット、職場体験を共に過ごした八百万と拳藤、そして同じ「闇」を駆使する“個性”を持つ同士の常闇と黒色。ライバル同士の負けられない戦いが始まる！

対抗戦第3試合。轟の広範囲の氷結で先手を狙うA組、それに対してB組は正面突破の鉄哲、そして推薦入学の実力者・骨抜の“個性”で応戦。そこからそれぞれ1対1の怒涛の展開へ！

第4試合、爆豪率いるA組チームと、推薦入学者の取蔭を中心とするB組チームの対戦。爆豪が先行するA組に対し、取蔭による戦略で迎え撃つB組は、爆豪の独断先行を利用しようと…。

A組生徒たちは特別講師を招いてのメディア講習に臨む。そして敵（ヴィラン）の影を受け、プロヒーローインターン活動再開の動きが。そしてA組はクリスマスパーティーでメリる！

デクたちと同じく、お茶子と梅雨ちゃんもねじれと共にリューキュウ事務所にインターンへ！そこへ、以前梅雨ちゃんが職場体験でお世話になった海難ヒーロー・セルキーからチームアップの要請が…！

エンデヴァーの下でインターン活動中のデク、爆豪、轟は、必死にその背中を追いかけ、経験を積み上げていく。そんな中、パトロール後に3人がエンデヴァーに連れられたのは、なんと轟家だった！

轟家から帰る道中、“エンディング”を名乗る敵(ヴィラン)が急襲！そしてその傍らには、捕らえられた轟の兄・夏雄の姿が。エンデヴァー、そしてデク・爆豪・轟の3人は夏雄を救い出せるのか!?

リ・デストロとの戦いの中で、自分と家族に起きたこと、オール・フォー・ワンとの出会い、忘れていた過去をすべて思い出した死柄木。これまでにはない凄みをまとい、死柄木が覚醒する―！

超常解放戦線の幹部の“個性”による電撃を上鳴が無力化！勢いに乗るヒーローたちは群訝山荘へ到着、敵（ヴィラン）たちを倒していく。そしてその群訝山荘では、ホークスが要注意人物のトゥワイスを拘束。人の良い性格のトゥワイスに対し投降を促すホークスだったが、彼に騙され仲間を危機に陥らせてしまった自分と、騙したホークス、そしてヒーローに絶望するトゥワイス。そこに現れたのは、不敵な笑みを浮かべる荼毘だった。荼毘の蒼い炎によってホークスは窮地に陥り、荼毘に背中を押されたトゥワイスはトガら仲間を救うべく走り出す―！

荼毘に追い詰められていくホークスの窮地に、常闇が飛び込んできた！ホークスがトゥワイスを殺したことを嬉々として話し、ヒーローの汚さと現実を常闇に突きつける荼毘。常闇は、ホークスを救えるのか…!? そして、蛇腔病院では、ミルコとプレゼント・マイクの攻撃を受けながらも、死柄木がついに目覚めてしまった。死柄木の“個性”が伝播し、一気に崩壊していく蛇腔病院、そしてヒーローたち。その崩壊は、デクたちが市民の避難誘導に当たっていた市街地にまで及んでいく！いよいよ、死柄木が動き出す―。「今ここから 全てを壊す」

相澤にダメージを負わせた死柄木が“個性”を使ってヒーローたちに迫る。そこに轟も駆けつけ、デクたちが死柄木と対峙する中、死柄木の身体に綻びが見え始める。蛇腔病院へのヒーローたちの突入により、身体を完成させるのに必要な4ヵ月を待たずして目覚めたため、力が定着していなかったのだ。それでも今の死柄木の「崩壊」の“個性”は、その力を触れるものから伝播させる。その時、デクが新たな“個性”を発動！空に死柄木を留め、攻撃を仕掛ける！そのデクの捨て身の攻撃を見た爆豪は、エンデヴァーと轟と連携し、デクをサポートしようとするが…!?

荼毘の正体は、轟家の長男で、事故で死んだと思われていた燈矢だった。No.1ヒーローの息子が敵ヴィラン、その事実は日本国民の心を揺るがせる。燈矢がエンデヴァーに向かって炎を放とうとしたその時、死んだはずのベストジーニストが現れ、“個性”でギガントマキアに立ち向かう。しかし、燈矢の炎によって轟やねじれが焼かれ、ギガントマキアのパワーでジーニストが苦戦。その時、復活した雄英ナンバーワン、BIG3のルミリオンが駆けつける！さらに負傷した爆豪も自らのヒーロー名と共に飛び出し―! 全面戦争の決着が迫る!

大きなダメージを負ったヒーローたち。荼毘の蒼炎で重傷を負ったホークスは、ベストジーニストと共に行動。2人は、荒れる街で暴れる敵ヴィランを撃退しながら、ある場所へと向かう。そんな中、ホークスは、幼少期の自分、両親との過酷な生活を思い出していた。自分がヒーローの道に進むことになったきっかけ、そして自分の原点を…。一方、入院するエンデヴァーは、荼毘が自分の息子・燈矢であったこと、彼に焦凍が焼かれている時に動けなかったこと、そして過去にしてきたことから、病室でひとり涙を流す。そこに現れたのは…!?

“ダツゴク”としてデクを狙うレディ・ナガン。「ライフル」とオール・フォー・ワンから与えられた空中歩行ができる「エアウォーク」という2つの“個性”でデクを追い詰めていく。かつてトップクラスのプロヒーローだったナガンは、裏では公安として、世には出せない、ヒーロー社会の闇を隠すような極秘任務を遂行していた。その中で「作られた正義」に絶望し、公安委員長を殺害するという事件を起こしていたのだ。闇深き彼女に対し、デクはワン・フォー・オール3代目の“個性”である「発勁」を初めて発動させる！デクは、彼女の心を救えるのか…!?

死柄木とオール・フォー・ワンを追うため、たったひとりで戦うデク。血と汗に汚れ、疲弊していくデクを“ダツゴク”ディクテイターが襲う！その危機を救ったのは、爆豪たち1-Aのクラスメイト19人だった。爆豪たちはデクの身を案じ、そしてデクを独りにはせず共に戦うことを誓い、彼を雄英高校に戻そうとする。しかし、デクは彼らが傷つけられることを恐れ、離れようとする。1-Aメンバーたちはデクに必死に呼びかける。「戻ってこい！」そんな中、かつてデクに救われた飯田が手を伸ばし、そして爆豪がこれまで言えなかった言葉を口にする…。

デクが雄英に戻り、オール・フォー・ワン(AFO)、死柄木弔たちとの決戦に向けて決意を新たにする雄英1年A組とヒーローたち。そんな中、アメリカの誇るNo.1ヒーロー、スターアンドストライプが、自身が“師(マスター)”と呼ぶオールマイトの声を受けて、アメリカ政府に制止される間もなく相棒の空軍パイロットたちと共に独断で日本に向かう。そこに立ちふさがったのは、なんと死柄木弔＝AFO。狙いは、スターの“個性”を奪うこと。その“個性”新秩序(ニューオーダー)で、スターは死柄木に立ち向かう！

スターアンドストライプが散り際に新秩序(ニューオーダー)で与えた「“個性”は反発し合う」というルールにより、死柄木は多くの“個性”を失い、苦痛に苦しんでいた。それでも「ゴールに向かうルートをいくつも作っている」と言うオール・フォー・ワンは、デクからワン・フォー・オールを奪うため、次なる一手としてある人間にコンタクトをとる。そして雄英高校でデクや爆豪たち1年A組が鍛錬を続ける中、ひとりの生徒の姿が見えなくなり…。以前から囁かれていた「雄英内の内通者」、それは―。