อัตสึชิ นาคาจิมะเหลืออดเมื่อเห็นความพยายามฆ่าตัวตายครั้งล่าสุดของโอซามุ ดาไซ หลังจากนั้นดาไซแนะนำให้เขารู้จักองค์กรนักสืบพิเศษ

อัตสึชิเข้าทำงานในสำนักงานนักสืบกับดาไซ แต่เขาขาดความมั่นใจจึงนึกจะลาออก จนกระทั่งเกิดเหตุฉุกเฉินขึ้น

อัตสึชิทำคดีแรกร่วมกับจูนิชีโระ ทานิซากิและน้องสาวชื่อนาโอมิ ถึงจะเป็นงานง่ายๆ ในโยโกฮาม่า แต่นั่นคืออาณาเขตของพอร์ตมาเฟีย

ความเจ็บปวดจากอาคุตากาว่าและฮิงุจิทำให้อัตสึชิโทษตัวเองถึงเรื่องที่เกิดขึ้นในโยโกฮาม่า ขณะเดียวกันพวกกิ้งก่าดำก็กำลังเคลื่อนไหว

อัตสึชิติดตามเรนโปะ เอโดกาวะที่อ้างตัวเป็นยอดนักสืบของญี่ปุ่นไปสืบคดีฆาตกรรม ถึงเขาจะไม่ค่อยมั่นใจในฝีมือของเรนโปะเท่าไรก็เถอะ

คุนิคิดะกับดาไซสืบคดีเกี่ยวกับคนหลายคนที่หายตัวในไปในโยโกฮาม่า แฮ็กเกอร์อย่างทากูชิเชื่อว่าต้องมีความเชื่อมโยงกับบุคคลลึกลับที่เรียกกันว่า "ผู้ส่งสาสน์อะซัวร์"

องค์กรนักสืบพิเศษสืบเรื่องคำขู่วางระเบิดของผู้ส่งสารอะซัวร์อย่างยากลำบาก ดาไซสอบปากคำซาซากิ ผู้รอดชีวิตคนเดียวจากเหตุโจมตีโรงพยาบาล

ถึงจะเป็นห่วงดาไซ อัตสึชิก็ยังไปช้อปปิ้งเป็นเพื่อนอากิโกะ แต่พวกเขากลับเจอเหตุนองเลือดในระหว่างการเที่ยวเลยเมื่อพอร์ท มาเฟียบุกโจมตีรถไฟ

อัตสึชิกับคุนิคิดะพยายามคิดว่าความสามารถของเคียวกะคืออะไร แล้วเธอมีประวัติเกี่ยวข้องอย่างไรกับพอร์ท มาเฟีย คุนิคิดะอยากส่งเธอให้ทางการ แต่อัตสึชิทนทำแบบนั้นไม่ได้

ดาไซประจันหน้ากับนากาฮาระ ชูยะ คู่หูเก่าที่มาถามหาเหตุผลที่ดาไซปล่อยให้ตนถูกจับตัวไป ระหว่างนั้น อัตสึชิก็ต้องเผชิญหน้ากับอาคุตากาว่าอีกครั้ง

เคียวกะขออนุญาตยูกิชิ ฟูกุซาว่าให้เธอได้เข้าร่วมองค์กร ฮิงุจิต้องรับมือกับสถานะของตัวเองในพอร์ท มาเฟียเมื่อตอนนี้อาคุตากาว่ากำลังอยู่ในภาวะโคม่า

ในที่สุดฟรานซิสกับกิลด์ก็เผยโฉม ฟูกุซาว่าปฏิเสธข้อเสนอของพวกเขาที่จะซื้อองค์กร แต่ก็ห้ามฟรานซิสไม่ได้อยู่ดี

อดีตของดาไซในฐานะสมาชิกแก๊งพอร์ท มาเฟียถูกเปิดเผย รวมทั้งความสัมพันธ์ระหว่างเขากับเพื่อนสมาชิกอย่างอังโกะและสมุนระดับล่างอย่างโอดะ ซาคุโนะสุเกะ

ดาไซวางกลยุทธ์เพื่อรับมือกับมิมิกซึ่งเป็นองค์กรกองโจรทรงอิทธิพลที่หลบหนีเข้ามาในญี่ปุ่นหลังก่อเหตุเลวร้าย

ขณะที่ความขัดแย้งกับมิมิกรุนแรงขึ้น ผู้นำสูงสุดของพอร์ท มาเฟียจึงสั่งให้สมาชิกในระดับต่างๆ เตรียมตัวเปิดฉากทำสงครามแบบสุดตัว

ดาไซพยายามโน้มน้าวโอดะที่คิดฆ่าตัวตายไม่ให้ต่อสู้ ขณะเดียวกันเจตนาที่แท้จริงของฝ่ายต่างๆ ที่มีส่วนเกี่ยวข้องได้ถูกเปิดเผย

ขณะปฏิบัติภารกิจแรกร่วมกับองค์กรนักสืบพิเศษ เคียวกะได้ถูกแก๊งพอร์ท มาเฟียและกิลด์โจมตีจนนำไปสู่สงครามสามฝ่าย

โอวไก โมริ ผู้นำของพอร์ท มาเฟียได้ส่งจดหมายถึงกิลด์ โดยข่มขู่ว่าจะทำลายเรือลำสำคัญและสมาชิกที่อยู่บนเรือ

สไตน์เบคและเลิฟคราฟต์จากฝ่ายกิลด์พยายามลักพาตัวฮารุโนะและนาโอมิสมาชิกขององค์กรนักสืบพิเศษ ขณะเดียวกันดาไซได้รับข้อเสนอน่าสงสัยจากพอร์ท มาเฟีย

หลังจากสมาชิกหลายคนของกิลด์ได้รับบาดเจ็บสาหัส ผู้นำอย่างฟิตซ์เจอรัลด์จึงต้องวางแผนการฉุกเฉินเพื่อปกป้องลูกน้องทุกคน

ขณะที่กิลด์กลายเป็นภัยคุกคามที่น่ากลัวมากขึ้นเรื่อยๆ ผู้นำของพอร์ท มาเฟียและองค์กรนักสืบพิเศษจึงตัดสินใจมาพบกันเพื่อเจรจาเรื่องการร่วมมือเป็นพันธมิตร

เอ็ดการ์ อัลเลน โพจากกิลด์ท้าเรนโปะ เอโดกาวะให้มาเล่นเกมนักสืบ โดยเสนอรางวัลที่จะเป็นประโยชน์ต่อเป้าหมายขององค์กรนักสืบพิเศษ

ขณะที่เรือเหาะลำใหญ่ของกิลด์มุ่งหน้าไปยังโยโกฮาม่าเพื่อพุ่งถล่มเมือง องค์กรนักสืบพิเศษได้มอบหมายให้อัตสึชิแทรกซึมตัวเข้าไปเพื่อควบคุมสถานการณ์

เมื่อมีชะตากรรมของโยโกฮาม่าเป็นเดิมพัน อัตสึชิและอาคุตากาว่าจึงเผชิญหน้ากับฟิตซ์เจอรัลด์ผู้แข็งแกร่งที่บริเวณดาดฟ้าของโมบีดิกซึ่งกำลังเสียการควบคุม

Port Mafia leader Mori Ougai orders a fifteen-year-old Dazai Osamu to investigate the appearance of a certain individual in the Yokohama Settlement area.

Dazai Osamu and Nakahara Chuuya are attacked by GSS soldiers in the middle of investigating an explosion caused years ago by Arahabaki.

Nakahara Chuuya and Dazai Osamu reveal the truth behind Arahabaki, Randou, the former Port Mafia boss and Chuuya himself.

Port Mafia executive Ace captures Fyodor, who was behind the destruction of the Moby Dick. Keeping him captured may prove to be more difficult.

The café that the Detective Agency members frequent is attacked by The Park, who are after the Guild’s property.

The Agency is tasked with finding and delivering an important document. A man is hit and killed by a truck. His identity shocks Atsushi.

Louisa reunites with Fitzgerald, but he’s not quite the man he used to be.

The leaders of the Port Mafia and the Detective Agency are attacked by an assassin in a mask, leaving both of them ill.

Tensions between the Detective Agency and the Port Mafia run high as they both scramble to save their own leaders while avoiding an all-out war.

The Detective Agency president is in safe hands for now, but unless he or the Port Mafia boss dies, a full-scale war between the two organizations is inevitable.

Mori Ougai and Fukuzawa Yukichi fight to the death in a desperate bid to save the organizations they lead from falling into a devastating war.

The gifted responsible for the virus is on the run as Nakagawa Atsushi and Akutagawa Ryunosuke chase after him. Meanwhile, the Detective Agency has the Rats’ hideout surrounded to try to capture Fyodor Dostoevsky.

Security police officer Fukuzawa Yukichi arrives at work to discover that his client had been assassinated. The assassin is already apprehended by the time he arrives, but something doesn’t quite seem right.

Fukuzawa gives Rampo a pair of glasses, claiming that wearing them would activate his ability to instantly determine the truth of any situation, and taking them off would give him the ability to tolerate the stupidity of the ordinary person.

Rampo gets a ride to the police station, but the officer doesn’t seem to be who he says he is.

Kunikida is being held for a murder that Rampo is certain he didn't commit. Meanwhile, Poe is determined to solve a murder mystery that has had the police stumped. Rampo has some thoughts on that situation, too.

The last page of the manuscript received by Poe appears to have been a photocopy. Rampo seems to know why, but there are still more mysteries surrounding the death of the author.

The Detective Agency receives an urgent request from the government to investigate a series murders perpetrated by the same culprit.

The Detective Agency is framed for the brutal murder of several government officials. Its members are on the run from the Military Police.

The president of the Detective Agency is arrested, and Kunikida is missing after having blown himself up with a grenade. Meanwhile, Atsushi and Kyouka are on the run, looking for a way to defeat the true mastermind: Fyodor.

Port Mafia boss Mori wants Yosano to join them in exchange for assisting the Detective Agency through their crisis. Yosano reveals why she would rather not.

Tanizaki, Miyazawa and Yosano head to the site where Yosano is scheduled to be handed off to the Port Mafia.

Atsushi and Kyoka help Mushitaro escape. However, they get surrounded by the Bureau, led by Ango Sakaguchi.

Suspecting that Lucy is cooperating with the terrorist organization known as the Armed Detective Agency, Jouno and Tetchou pay a visit to the cafe at where she works, in hopes of tracking down Atsushi and Kyouka.

Teruko goes head-to-head with Sigma. Tachihara rethinks the Agency’s innocence after re-infiltrating the Port Mafia.

As Fukuchi allies with plans to create an international anti-terrorist organization targeting Gifted, Atsushi and Rampo appeal to him for help. Rampo turns his immense detective abilities to the question of Kamui's identity, and the truth will change everything.

Atsushi and Akutagawa find themselves cornered, with no choice but to fight Fukuchi and his seemingly insurmountable powers. Combining forces and trusting in one another, do they have what it takes to defeat the mightiest Hunting Dog?

The last member of Decay of the Angel is revealed. Kamui continues to spread chaos. Tachihara entrusts Fukuchi with the information device containing evidence obtained at the Sky Casino, only to face devastating consequences.

The Detective Agency races to stop Fukuchi from receiving the One Order, a devastating mind control weapon that will make his plans for world domination unstoppable.

Fukuchi's plans and the Agency's attempts to thwart him escalate, and Aya comes face to face with Count Bram. Meanwhile, Nikolai and Sigma move to rescue Dazai and Fyodor from prison, but Nikolai has more than rescue on his mind...

As Atsushi races to find Teruko, Kenji arrives to help Aya and Bram escape the airport.

Kenji fights to help Atsushi, demonstrating why he is one of the most dangerous Agency members. Meanwhile, Dazai's machinations within the prison become clearer.

Fukuzawa and Fukuchi confront their shared past as time runs out for the Detective Agency.

Dazai and Sigma are trapped in a flooding room. Atsushi is attacked by Akutagawa when he attempts to help Aya. During their fight Aya desperately tries to remove the holy sword from Bram.

The final pieces of Fukuchi's plot snap into place, trapping Fukuzawa in a way not even Rampo could anticipate. At the same time, Fyodor and Dazai's deadly game draws to a close.