不死の怪物・カバネに襲われ、逃げ惑う顕金駅の人々。蒸気鍛冶の少年・生駒は密かに開発した武器・ツラヌキ筒を手に、ひとりカバネに挑もうと試みる。

カバネに襲われるも、なんとか生き残った生駒。一方、カバネの群れに取り囲まれた菖蒲の前に現れた少女・無名は、圧倒的な戦闘力で脱出路を切り開く。

顕金駅を脱出し、幕府の要害・金剛郭を目指すことになった甲鉄城。リーダーの座に就いた菖蒲に対して、人々は生駒たちを追い出すように要求する。

生駒と無名が最後尾に閉じ込められ、戦力が低下した甲鉄城を再びカバネの群れが襲う。しかも群れの中には、戦いを経て成長したワザトリの姿があった。

カバネに滅ぼされた八代駅の生存者の中に、無名のことを昔から知る榎久がいた。榎久は甲鉄城になじみ始めた無名を見て、彼女は弱くなったと指摘する。

巨大なカバネの塊を前に立ち往生する甲鉄城。一方、廃駅の底に落ちた生駒と無名は周囲をカバネに囲まれ、援護も望めないまま、絶体絶命の窮地に陥る。

顕金駅を出て初めて、甲鉄城は人間が暮らす倭文駅に到着。生駒たちが久しぶりの平穏を楽しむ一方で、菖蒲は食料を分けてもらうための交渉に向かう。

一行の前にカバネを狩る特殊部隊"狩方衆"を率いる美馬が現れた。美馬のことを"兄様"と慕う無名だが、生駒は彼を信用することができずにいた。

金剛郭に至る最後の要所・磐戸駅にたどり着いた甲鉄城。美馬を警戒し、金剛郭への道を閉鎖しようとする幕府に対し、美馬は駅の領主に面会を求める。

ついに倒幕の意思を明らかにした美馬によって、狩方衆の厳しい管理下に置かれる逞生たち。絶望的な雰囲気が支配する中、生駒は美馬への反攻を企てる。

甲鉄城の外に落下するもなんとか一命を取り留めた生駒は、すっかり自信と気力を失っていた。一方の美馬は、父親である現将軍・興匡のもとに乗り込む。

ヌエとなった無名となだれ込むカバネの群れにより崩壊の危機を迎える金剛郭。無名を救うため、体を再び改造した生駒は、敵のただ中に足を踏み入れる。