昭和12年秋、陸軍内部の強い反対の中、結城中佐によってスパイ養成を目的とするＤ機関が秘密裏に設立された。参謀本部から監視の密命を受け、Ｄ機関に赴いた佐久間中尉が目にしたのは超人的な選抜試験を平然とくぐり抜けた若者たちだった。ある日、参謀本部の武藤大佐よりD機関に対し、親日家で通るアメリカ人ジョン・ゴードンへのスパイ容疑を調査せよとの命が下る。佐久間とＤ機関員たちは憲兵隊に扮しゴードン邸の捜査を開始するが…。