昭和12年秋、陸軍内部の強い反対の中、結城中佐によってスパイ養成を目的とするＤ機関が秘密裏に設立された。参謀本部から監視の密命を受け、Ｄ機関に赴いた佐久間中尉が目にしたのは超人的な選抜試験を平然とくぐり抜けた若者たちだった。ある日、参謀本部の武藤大佐よりD機関に対し、親日家で通るアメリカ人ジョン・ゴードンへのスパイ容疑を調査せよとの命が下る。佐久間とＤ機関員たちは憲兵隊に扮しゴードン邸の捜査を開始するが…。

ゴードン邸を捜索する佐久間たちだが、スパイ行為の証拠をどうしても見つけることができない。そんな中、捜索は二度目だとゴードンが口走ったことで、佐久間はこの任務が武藤によって仕組まれたものだと知る。武藤は本物の憲兵隊が失敗した捜索をＤ機関に再度命令することで責任を押し付け、あわよくばＤ機関を解体させようと画策していた。窮地に陥った佐久間は、ふと結城中佐や三好ら機関員の言葉を思い出す。そして、佐久間はあることに気付く…！

何も思い出せない…。目覚めると、すべての記憶を失っていた。所持しているパスポートには“島野亮祐”の名前。入国地はマルセイユ。かたわらにいた謎の男アランたちによって、現在のフランスがドイツ軍に占領されていることを知る。アランたちと会話を交わすうちに、“島野”は意識の奥底に警戒を呼びかけてくるもう一人の自分がいることに気付く。いったい自分は何者なのか、なぜここにいるのか…。突如、隠れていた家にドイツ兵が押し寄せてくる。絶体絶命の状況の中、“島野”は思いも寄らぬ行動に出る。彼の正体は、Ｄ機関員波多野だった…。

上海派遣憲兵隊に配属された本間英司軍曹は、着任早々、及川政幸大尉に呼び出される。及川から、憲兵隊内部に潜む敵の内通者を捜査せよという命令を受けているそのさなか、爆発音が響き渡る。爆破された及川の自宅を捜査する本間の元に、かつて日本で取調べを行った記者・塩塚朔が現れる。塩塚は、今回のテロ行為に草薙行仁という活動家が関与しているとの情報を本間に伝える…。

ロンドンで写真店を営んでいた伊沢和男は、ある日突然スパイ容疑で拘束されてしまう。執拗な尋問に耐える伊沢の前に現れたのは、英国諜報機関のスパイ・マスターであるハワード・マークス中佐だった。敵の罠に落ちた外交官によってD機関の一員であることが暴かれ、自分が結城中佐に売られたことを悟った伊沢は、マークスに二重スパイとなる意思を示すが…。

〝協力者〟モロゾフから機密情報を手渡したいという緊急連絡を受け、Ｄ機関員である瀬戸礼二は満鉄の超特急あじあに乗車していた。情報の受け渡しをしようと接触をはかるも、モロゾフはすでに殺されおり、死体のそばには〝吊るされた男〟のタロットカードが残されていた。暗殺者がソ連の秘密防諜機関スメルシュであることを知った瀬戸は、機密情報が記された新聞を奪い返すべく、姿の見えぬ敵を追い始めるが…。

サンフランシスコからハワイ諸島を経由し日本へと向かう豪華客船朱鷺丸ときまる。そのデッキ上でクロスワードパズルに興じていた内海脩のもとに、ジェフリー・モーガンと名乗る男が現れる。言葉巧みに情報を引き出した内海は、モーガンが英国秘密諜報機関に雇われた暗号専門家ルイス・マクラウドであることを見抜き拘束する。しかしその時、一発の砲声が響き渡る。突如現れた英国の軍艦によって形勢は逆転。勝ち誇るマクラウドだが、グラスを口にした途端、彼はその場に倒れ〝ケルベロス〟という謎のワードを遺し、絶命する…。

元外交官の白幡樹一郎に、陸軍の機密である〝統帥綱領とうすいこうりょう〟を盗読したとの容疑がかけられる。蒲生次郎は白幡と旧知の間柄である英国領事アーネスト・グラハムに接触し事の真相を探るが、グラハムがスパイ行為を行っているという確たる証拠はまったく見あたらない。意を決した蒲生は、寝静まったグラハム邸に忍び込むが…。

風戸中佐率いる生粋の陸軍軍人によって組織された〝風機関〟が、D機関の追い落としを謀り、スパイ容疑のかかる白幅樹一郎を追っていた。そしてとうとう、白幡邸の書生森島邦雄を通じて〝統帥綱領とうすいこうりょう〟受け渡しの日時が知らされる。部下とともに白幡邸に乗り込む風戸。しかし、なぜか屋敷には一切人の気配が感じられず…。

英国タイムズ紙極東派遣員のアーロン・プライスは、Ｄ機関の創設者と噂される結城中佐の正体を暴かんと調査を進めていた。手に入れた陸軍幼年学校の名簿を調べるプライスは、首席で合格しながらも素行不良で退学となったある生徒に目をとめる。その名は〝有崎ありさき 晃あきら〟。有崎家に仕えていたという里村老人を訪ねたアーロンは、晃の生い立ちを尋ねていくうちに、有崎 晃こそが結城中佐であることを確信する……。

ドイツ国防軍の諜報機関アプヴェアに所属するヘルマン・ヴォルフ大佐は、副官を務めるヨハン・バウアー中尉とともにベルリン郊外で起きた列車事故の調査に赴く。そして事故に関係するとみられた男の持ち物から、あるスパイ道具を見つけ出す。男は〝真木克彦〟という日本人の死体から盗んだと自供する。かつて、〝魔術師〟と呼ばれた謎の日本人スパイによって右目を奪われたヴォルフは、〝魔術師〟こそがＤ機関を設立した結城中佐であり、真木はその部下であると主張する。ヨハンは、それがヴォルフの妄想に過ぎないのではないかと疑念を抱くが……。

ベルリン・アルゲマイネ社の記者カール・シュナイダーにドイツとソ連の二重スパイの疑いがかけられる。スパイである証拠を探るD機関だが、突如シュナイダーは謎の死を遂げる。結城中佐の指令を受けた機関員たちは各自調査に乗りだす。シュナイダーを直前まで監視していた小田切に対し、結城中佐が与えた指令は第一発見者である野上百合子、安原ミヨ子に対する再調査であった。しかし、シュナイダーの動きを逐一追っていた小田切には、野上や安原が殺害したとは到底思われず……。