เกิดการโจมตีขึ้นเมื่อยูกินะ เด็กนักเรียนมัธยมโรงเรียนทาเทยามาไปที่ห้องปฏิบัติการคุโรเบะ และเธอได้สัมผัสลูกบาศก์ลึกลับขณะที่หลบหนี

เคนโนะสุเกะ โทคิซาดะ โอมะ ปรากฏตัวขึ้นจากลูกบาศก์นั้น เขาพยายามช่วยชีวิตของยูกินะแต่หมดสติไป หุ่นยนต์ยักษ์ตัวใหม่โผล่ขึ้นจากอ่าวโทยามะ

เคนโนะสุเกะพร้อมกับยูกินะที่ร่วมเดินทางมาด้วยได้รับชัยชนะ แต่หุ่นยนต์ยักษ์ศัตรูตัวฉกาจได้หลบหนีไป เขาถูกจับอีกครั้งแต่หลบหนีไปได้และพบกับโคฮารุ

หลังจากที่ได้รับรู้เรื่องราวนิทราอันยาวนานของเขา ลุงของยูกินะได้เชิญให้เคนโนะสุเกะไปอาศัยอยู่กับครอบครัวของพวกเขาด้วย โลกยุคใหม่ยังคงทำให้เขาสับสนงงงวยต่อไป

ยูกินะกลับไปเรียนตามปกติโดยเธอหวังว่าทุกอย่างจะกลับมาเป็นปกติอีกครั้ง แต่ก็ต้องตกใจเมื่อได้เห็นนักเรียนที่เพิ่งย้ายเข้ามาใหม่

เคนและยูกินะเริ่มต้นการต่อสู้กับหุ่นยนต์ปูยักษ์ตัวเหลือง อาคากิและคายาฮาระเพื่อนร่วมห้องไม่เชื่อฟังคำแนะนำของหน่วยงานต่างๆ และมุ่งหน้าเข้าไปใกล้กับเขตการสู้รบ

หลังจากนักบินที่ขับหุ่นยนต์ปูยักษ์ตัวเหลืองได้พลีชีพ ยูกินะก็สูญเสียกำลังใจที่จะต่อสู้ ที่โรงเรียนเธอได้ยินข่าวเกี่ยวกับการหายตัวไปของอาคากิและคายาฮาระ

เมื่อข้อเรียกร้องของผู้บุกรุกสร้างความบีบคั้น ยูกินะออกจากบ้านเพื่อหลีกเลี่ยงการสู้รบ เคนโนสุเกะออกตามหาเธอและเขาก็ตระหนักว่าเขาไม่รู้อะไรเกี่ยวกับตัวเธอเลย

หุ่นยนต์ยักษ์ตัวฉกาจปรากฏตัวขึ้น แต่เนื่องจากยูกินะหายตัวไป ศูนย์วิจัยจึงมีพลังไม่เพียงพอที่จะสู้รบได้ เคน อาคากิ และคายาฮาระยังคงออกตามหาตัวเธอต่อไป

นักบินถูกจับตัวมาไว้ที่ศูนย์วิจัยและถูกสอบสวน เขาบอกว่าเขามาเพื่อตามหาสิ่งของบางอย่าง ดูเหมือนว่าเคนจะจำเขาได้

นักบินของศัตรูหลบหนีไปได้อย่างไม่น่าเชื่อและสามารถทำให้หุ่นยนต์ยักษ์ของเขากลับมาเป็นปกติดังเดิม ยูกินะได้รับคำสั่งให้วางกำลังรักษาในคุโรมุคุโระ แต่ได้มาเจอเขาโดยบังเอิญ

ช่วงปิดเทอมภาคฤดูร้อนมาถึงและนั่นหมายถึงการฝึกฝนที่เข้มข้นขึ้นของเคนและยูกินะซึ่งเธอได้พัฒนาฝีมือขึ้นมากกว่าที่คาดคิดไว้ อาคากิหวังอยากที่จะเป็นนักบินบ้าง　

คุโรมุคุโระของเคนร่วมกับหุ่นยนต์จีเอยูเอสขับไล่หุ่นยนต์ยักษ์ ขณะที่แผนการจัดงานวัฒนธรรมของคายาฮาระสร้างความตื่นเต้นให้กับทุกคน

เคนโนะสุเกะได้เจอกับหญิงคนหนึ่งที่มีหน้าตาเหมือนเจ้าหญิงของเขา และก่อนที่เธอจะสามารถจัดการกับเขาได้ บุคคลลึกลับก็ได้เข้ามาช่วยเขาไว้ทัน

เริ่มมีการอพยพประชาชนไปยังที่ปลอดภัยและได้เคลื่อนย้ายนักเรียนของโรงเรียนไปยังที่อื่น คาร์ลอสไม่รู้ว่าจะอธิบายเกี่ยวกับสถานการณ์ของเขาอย่างไรดี

โซฟีแสดงให้เห็นผลลัพธ์ที่ยอดเยี่ยมในหุ่นยนต์จีเอยูเอสที่มีนักบินเพียงคนเดียวซึ่งทำให้เคนพึงพอใจมาก ในไม่ช้าเขารู้ว่าพ่อแม่ของเธออยากให้เธอไปจากญี่ปุ่น

เกรแฮมสั่งการให้ค้นหาสองนักบินของศัตรูที่สูญหาย ขณะที่ยานแม่ของอิฟิโดรุกุได้ส่งหุ่นยนต์อีกตัวหนึ่งไป

ยูกินะและเคนได้รับเงินเดือนของพวกเขาและตัดสินใจไปที่น้ำพุร้อนด้วยกัน ข่าวลือนี้แพร่สะพัดไปทั่วโรงเรียน

ทางสถาบันวิจัยตกใจกับการหายตัวไปของยูกินะ ดร.เฮาส์เซนได้ทำการค้นพบสิ่งที่สำคัญอย่างน่าประหลาดใจ ในขณะที่โซฟีได้รับข้อความลึกลับ

เคนกำลังเดินทางมาช่วย แต่ยูกินะมีแผนหลบหนีของเธอแล้ว เธอเผชิญหน้ากับมิราสะ ขณะที่โซฟีรู้ข้อมูลของศัตรูมากขึ้น

เคนและยูกินะกลับบ้านอย่างปลอดภัยแต่ไม่มีเวลาที่จะฉลองหลังจากศูนย์วิจัยได้ทราบว่ายานแม่ของศัตรูจะลงจอดบนโลกในไม่ช้า

สถาบันวิจัยถูกศัตรูปิดล้อม ที่บ้านของยูกินะ เธอและคนอื่นๆ ได้รู้ข้อมูลเกี่ยวกับเอลฟี่ดอร์กและข่าวคราวของทาเคฮิโตะ พ่อของยูกินะที่หายสาบสูญ

เคนและยูกินะพามูเอทตาไปโรงเรียนซึ่งปลุกความรู้สึกแก่นักเรียนที่เหลือไม่กี่คน คาร์ลอสประกาศถึงฉากหนังที่เสร็จสมบูรณ์ของเขา

การสืบหาความจริงทำให้มูเอ็ตต้าต้องต่อสู้กับสหายเก่าของเธอ การต่อสู้เพื่อชี้ขาดกำลังใกล้จะมาถึง ทุกคนเตรียมตัวให้พร้อมสำหรับการต่อสู้ครั้งสำคัญนี้

เคนและเซลล์ตกใจในการเรียนรู้พลังที่จะใช้สู้กับศัตรู ทุกคนที่โรงเรียนรู้สึกเหนื่อยล้ากับการรอคอยการกลับมาของยูกินะและคนอื่นๆ

จากการต่อสู้กับเอลฟี่ดอร์กทุกคนต่างเข้าใกล้เป้าหมายของพวกเขา เคนโนะสุเกะค้นพบเส้นทางที่เขาต้องเดิน