Es otro día en el tribunal para Phoenix Wright cuando toma la defensa de su cliente más reciente, Maggey Byrde, quien está acusada de matar a su novio, Dustin Prince. Sin embargo, es agredido mientras se encuentra en el lobby de la defensa, lo que hace que el abogado pierda sus recuerdos. ¿Puede Phoenix encontrar la verdad del caso sin saber quién es?

Uno de los tesoros de la Aldea Kurain, la Urna Sagrada, ha sido robada y el culpable es identificado como el infame ladrón fantasma Mask☆DeMasque. Mientras Wright se encuentra defendiendo a Ron DeLite, quien había confesado haber robado la urna, otro misterio llega a la corte con el enigmático fiscal Godot.

El juicio de Ron DeLite comienza, y el principal testigo de la fiscalía no es otro que Luke Atmey, el detective que ha estado persiguiendo a Mask☆DeMasque. Un testigo inesperado acude en ayuda de la defensa con una coartada para Ron, pero ¿por qué sigue diciendo que es el ladrón?

Ron DeLite no es culpable de robar la Urna Sagrada, pero su coartada lo coloca en la escena de un asesinato. Wright ahora debe investigar la muerte de Kane Bullard, el ex jefe de Ron en KB Security, pero el robo de la Urna Sagrada todavía tiene algunos secretos que contar...

Ron DeLite regresa al tribunal, esta vez por asesinato. Al mismo tiempo, Luke Atmey está en un juicio por robar la Urna Sagrada. Sin embargo, Wright hace una acusación inesperada, y Atmey aparece como respuesta. ¿Puede Wright colocar de manera decisiva al verdadero culpable en la escena de la muerte de Kane Bullard?

Entre los casos judiciales, Wright recuerda un incidente en sus años de escuela secundaria cuando intentó comunicarse con Edgeworth a través de una solicitud de canción en la radio. Al mismo tiempo, Edgeworth reflexiona sobre su futuro después de tres años de vivir con los von Karma.

Wright defiende a Maggey Byrde de nuevo, ya que está acusada de matar a un cliente en su nuevo lugar de trabajo, el restaurante francés Trés Bien. Solo hay un problema: un impostor que afirma ser Wright la había defendido un mes atrás y terminó siendo declarada culpable. Wright no solo debe descubrir el misterio de la muerte de Glen Elg, sino también quién se hizo pasar por él en la corte.

Wright investiga más a fondo el asesinato del Trés Bien, que lo lleva al prestamista "El buen prestamista", y su dueño, Furio Tigre.

Wright regresa a la corte con un sospechoso en mente. Sin embargo, él necesita probar de manera decisiva que el testimonio en contra de su cliente fue una conspiración.

Wright y Maya son invitados al Silver Star, un tren expreso de lujo que recorre la costa por la noche. También entre los invitados están el juez y el detective Gumshoe. Sin embargo, un secuestrador se hace con el tren con una petición.

The details of Richman's original trial state that a secretary-general named Benjamin Cashanova was shot during a year-end ceremony, with Richman found with a pistol in the direction the gunshot came from.

Gumshoe reports about Gale's corpse and the "soul" he saw, which Phoenix reveals was a brief fire that he saw, as the train's cars were actually rearranged just before the takeover.

Five years ago, Phoenix is accused for the murder of Doug Swallow, who was electrocuted to death. Mia, who had previously been traumatized by her first trial a year ago, defends Phoenix in court, where Payne suggests Phoenix had bad blood with Swallow over his then girlfriend Dahlia Hawthorne and pushed him into a severed electrical cable.

After accidentally breaking a precious seashell that she received from Maya, Pearl asks Phoenix to help her search for an identical looking shell without Maya knowing.

One year prior to her first meeting with Phoenix, Mia takes on her first client; a death row convict named Terry Fawles who is accused of murdering policewoman Valerie Hawthorne, with the assistance of her senior, Diego Armando.

After Dahlia's attempt to feign ignorance only incriminates her further, Mia has Fawles testify about the incident from five years ago.

Phoenix, Maya, and Pearl go to Hazakura Temple for Maya's training, where they meet children's book author Elise Deauxnim and nuns Bikini and Iris, along with Larry, who is studying as Elise's apprentice.

While investigating the shrine, Edgeworth listens to Bikini's account of Elise's murder, learning that Pearl has gone missing, before meeting up with Larry, who appears to be hiding something he saw on the night.

During his testimony, Larry presents a sketch he drew of what he saw on the night of the murder, allegedly depicting Iris flying over the flaming bridge.

While Iris is brought in to work on the trick lock, Phoenix finds a charred letter instructing someone to channel someone, along with a talisman Elise was carrying.

As court resumes with Phoenix once again against Godot, Iris suddenly claims that she helped cover up Elise's murder after she was allegedly killed by Maya in self-defense. However, her testimony proves false with the reveal of real murder weapon and Elise's identity as Misty.

Dahlia reveals she had plotted with Morgan to murder Maya and make Pearl head of the Kurain family so she could get revenge against Mia.

Noticing that Maya was able to identify the true culprit in the dark, Phoenix deduces that the killer is Godot, whose red visor not only glows in the dark but also leaves him unable to see anything red, including the bloody message incriminating Maya.