Ο μικρός Κονγκ μεγαλώνει και γίνεται ένας ισχυρός πίθηκος. Ο Λούκας και ο επιστήμονας πατέρας του κάνουν ό,τι μπορούν για να τον προστατέψουν. Αλλά κάποιος παραμονεύει.

Ο Λούκας, ο Κονγκ και φίλοι σπεύδουν να σώσουν την ανιψιά της Ανίτα από ένα γιγάντιο ανακόντα, ενώ ο Ρίτσαρντ προσπαθεί να μετατρέψει το φίδι σε μαχητική μηχανή.

Όταν ο Κονγκ κλέβει διαμάντια σε ζωντανή μετάδοση, ο Λούκας ξέρει ότι κάτι ύποπτο συμβαίνει. Μπορεί να ανακαλύψει την αλήθεια και να σώσει τη φήμη του φίλου του;

Καθώς η ομάδα κατευθύνεται στο εργαστήριο του Ρίτσαρντ, για να σώσουν κλώνους λεοντοτίγρης, ο Τζόνσι βρίσκει τρόπο να κάνει τον Κονγκ αόρατο, αλλά μόνο για λίγο!

Ο Ρίτσαρντ συλλαμβάνει έναν και στήνει παγίδα για τους υπόλοιπους. Ο Κονγκ πρέπει να αντιμετωπίσει τον μεγαλύτερο φόβο του, για να σώσει τον Λούκας από καρχαρίες-ρομπότ.

Δημοσίως, ο Ρίτσαρντ παριστάνει τον ήρωα και θέτει σε δράση ένα σατανικό σχέδιο. Ο Ντάνι και η Πάντσι πάνε μεταμφιεσμένοι στο νησί για να μάθουν τι ετοιμάζει.

Ο Κονγκ και η ομάδα κρύβονται από την αστυνομία και έρχονται αντιμέτωποι με το τελευταίο δημιούργημα του Ρίτσαρντ: έναν τυραννόσαυρο-ρομπότ με το μυαλό της Μποτίλα.

Καθώς ο Ρίτσαρντ πουλάει βιονομπότ σε στρατούς σε όλο τον κόσμο, ο Τζόνσι προσπαθεί να μπει στο σύστημα της Μποτίλα για να αποκαλύψει το μεγάλο σχέδιο.

Μια ακτίνα συρρίκνωσης αφήνει έναν μικροσκοπικό Κονγκ στα χέρια του Ρίτσαρντ και της Μποτίλα. Και αυτήν τη φορά, δεν μπορεί να βασιστεί στην υπερδύναμή του.

Καθώς η ομάδα σπεύδει να σταματήσει μια νέα ανησυχητική απειλή στην Αρκτική, ο Κονγκ μαθαίνει να πολεμάει στον πάγο και η Μποτίλα κάνει ένα επιθετικό βήμα.

Η Μποτίλα αλλάζει στάση απέναντι στον Ρίτσαρντ και αποκτά μια ενοχλητική, νέα συνήθεια. Ο Λούκας και οι φίλοι εξετάζουν ένα απροσδόκητο αίτημα.

Ο Ρίτσαρντ ετοιμάζεται να εξαπολύσει ένα σμήνος εντόμων με καταστροφικές δυνάμεις. Τα γενέθλια της Πάντσι κάνουν τον Κονγκ να αναρωτιέται για την αληθινή του οικογένεια.

Ενώ ο Τζόνσι και η Έιμι χορηγούν το αντίδοτο, ο Λούκας και τα παιδιά αναζητούν τον Κονγκ. Ο Ρίτσαρντ παρασύρει την ομάδα σε μια τελική αναμέτρηση σε ένα ηφαίστειο.

Ο Κονγκ και οι φίλοι του πέφτουν σε ένα ηφαίστειο και καταλήγουν σε έναν υπόγειο κόσμο, γεμάτο με αληθινούς δεινόσαυρους! Στο νησί Κονγκ, η Μποτίλα σχεδιάζει επανάσταση.

Πηγαίνοντας προς το ναό, η παρέα αντιμετωπίζει θερμοπίδακες, επιθέσεις και άλλες άσχημες εκπλήξεις. Εκεί, ανακαλύπτουν νέα στοιχεία για το παρελθόν του Κονγκ.

Στην άλλη άκρη του τούνελ, η ομάδα βρίσκει τα γιγάντια πλάσματα που καταστρέφουν την Αίγυπτο, ενώ ο Ρίτσαρντ μαθαίνει πως είναι καταζητούμενος.

Χαρούμενος που θεωρείται ξανά ήρωας, ο Κονγκ απολαμβάνει την προσοχή όλων σε μια τελετή στη Νέα Υόρκη. Όμως, με την εμφάνιση της Μποτίλα το πάρτι μετατρέπεται σε μάχη.

Η ομάδα χρειάζεται μια νέα βάση και κατευθύνεται προς το νησί Κονγκ, το οποίο όμως σφύζει από άτακτες μαϊμούδες και άλλα βιονομπότ.

Πίσω στο ναό, ο Ντάνι και η Ζίπι εξερευνούν ένα μυστικό τούνελ, ενώ οι υπόλοιποι αντιμετωπίζουν μια ξαφνική κατάρρευση. Σε ένα πλοίο, η Μποτίλα βρίσκει το "δάσκαλό" της.

Ο Λούκας βοηθά να σωθεί ένας μικρός δεινόσαυρος, οι πίθηκοι μαρτυρούν τις δυνατότητες του κλειδιού του Ντάνι, η Μποτίλα χρησιμοποιεί τις νέες δυνάμεις της στο διάστημα.

Η Μποτίλα απειλεί να ανατινάξει τη Γη κι ο Κονγκ με τους φίλους του εκτοξεύονται σε αποστολή να απενεργοποιήσουν το δορυφόρο. Όμως, ο Τζόνσι εγκλωβίζεται σε λάθος σκάφος.

Αγανακτισμένοι με την Μποτίλα, οι κλώνοι και τα βιονομπότ στήνουν επανάσταση. Κυνηγώντας τη Ζίπι, ο Κονγκ πιάνεται αιχμάλωτος από μια μυστηριώδη μορφή.

Ακολουθώντας το σήμα του Κονγκ να επιστρέψουν στο νησί Κονγκ, ο Λούκας και οι φίλοι του αντιμετωπίζουν έναν τερατώδη εχθρό, αλλά δέχονται αναπάντεχη βοήθεια.