25年前，蹂躏世界的巨大生物毫无征兆地现身，人们将这些超越常识的怪物称为“龙”并对其感到恐惧。终于，在人类中也诞生了与龙持有同样力量的人们。人们将这一存在称之为“D”。世界上唯一一名男性的“D”——物部悠被送往密得加尔。那里是“D”少女们被隔离的岛屿。与“D”少女伊莉丝的邂逅、及与妹妹深月重逢的悠，在那里开始与少女们一同度过学园生活。“我是物部悠。在下不才，还请多多指教。”

密得加尔响起了警戒等级C的紧急警报。名为“白”之利维坦的龙正在向岛逼近。初次见到龙的“D”之少女的龙纹会变色，最终将化身为龙。龙突破了密得加尔的防卫机构，并不断逼近。悠不得不在浮现龙纹的少女面前作出决断。是要将龙化的少女处理掉，还是要与逼近的龙对决。“我要把伊莉丝——杀掉。”

密得加尔的“D”之少女们与“白”之利维坦展开战斗。利维坦所产生的斥力场——万有斥力可以不受一切攻击伤害。此时，悠与潜入密得加尔的特殊部队展开对决。制止了岛上混乱的悠，回想起了三年前击退龙时的记忆。面对不断逼近的利维坦，他所秘藏的力量终于觉醒。那是被称为“法夫纳”的力量。“我需要比那个时候更加强大的力量！”

学园里来了转学生。其中一人是长着角的红发少女·蒂亚。另一人是戴着眼镜留着三股辫的穗乃花。蒂亚的龙纹已经开始变色，她是被名为“红”之巴西利斯克的龙所盯上的目标。蒂亚主张自己就是龙。悠被任命去辅助蒂亚。同班同学们对于天真无邪地抱住悠身体的蒂亚完全无法安心。而蒂亚不只是在学园跟在悠的身边，甚至还一直跟到悠的房间里。“你不能一个人洗澡吗？”

龙的信奉者团体为了夺回蒂亚而出动，与密得加尔敌对的“D”——奇力也开始在暗中活跃。得知这一状况的悠因紧张而变得忧郁。此时蒂亚也开始和同学们关系亲密起来，但她仍然宣称自己是龙。悠拼命地说服她，想要取回她人性的一面。“我想要让蒂亚选择作为人类生存下去！”

有着不死之身的龙·蓝之赫卡同克瑞斯突然出现在密得加尔。深月拜托哥哥悠将其击退。悠在过去曾与正体不明的龙·尤克特拉希尔做过将蓝之赫卡同克瑞斯消灭的交易。悠为了回应深月的愿望，再次做了战斗的觉悟。此时躲避起来的蒂亚遭到了奇力的袭击。丽莎为了守护蒂亚，与奇力展开对峙。“已经约定过了……我不会消失……！”

不死之身的龙·蓝之赫卡同克瑞斯蹂躏着密得加尔。深月等人合力将蓝之赫卡同克瑞斯推进到海上。此时悠与正体不明的龙·绿之尤克特拉希尔对话，打算交易获得能够打倒蓝之赫卡同克瑞斯的力量。尤克特拉希尔作为代价而索取的是悠的记忆。悠为了保护重要的回忆，而做出了一个决断。“比这更为重要的回忆——心意，我不想失去！”

过去，在密得加尔遭到龙·紫之克拉肯的袭击时，深月失去了一位好友。直到现在，这辛酸的回忆还是无法忘记——。红之巴西利斯克终于渡过海洋并接近密得加尔。巴西利斯克的目的是蒂亚。众人定下了一同移动至无人岛并诱导巴西利斯克后对岛进行爆破的作战计划。此时，来了一位新的转学生·立川穗乃花。“深月来到密得加尔的这三年间的事情……希望能够告诉我。”

距离巴西利斯克的到达还有三天。移动到无人岛的一行人开始在火山岛上蓄养锐气。此时，尼福尔开发了对巴西利斯克用大型兵器。这一新兵器将会越过火山岛迎击巴西利斯克。巴西利斯克的能力以及尼福尔的新兵器——这一战斗究竟会如何收场？赌上人类命运的作战计划开始了。蒂亚满心担忧地注视着这一作战将会去向何方。“得到应援的话就能拿出干劲。有了干劲的话就能施展比平常更强的力量。就是这样。”

深月等人为了击退巴西利斯克而出击。出击的人是深月与艾列拉、菲莉尔与穗乃花、丽莎与莲、以及悠与伊莉丝。悠利用在打倒利维坦时所得到的力量·反重力立于巴西利斯克面前。但，巴西利斯克的行动却没有停止。每当巴西利斯克接近之时，蒂亚就会痛苦地挣扎。“之前就说过了吧？伊莉丝每次都会远远超乎我的想象。”

悠等人的作战失败，随着船的退避一同离开了火山岛。巴西利斯克放出红色的闪光，将火山岛消灭。悠在船上利用影像确认了巴西利斯克的攻击模式，并看出了巴西利斯克攻击的一种模式。为了让攻击实现，悠与过去的长官洛基取得联络。此时，穗乃花捕获了蒂亚，打算取她的性命。“绝不会让你一个人”

蒂亚被选为红之巴西利斯克的伴侣，龙纹起了反应。这样下去的话她就要变成龙了。为了防止这种事态的发生，是要打倒巴西利斯克，还是要杀掉蒂亚——。悠做出了一个决断。对巴西利斯克攻击的作战开始了。“我……认为你是人类。”