Suivant les traces de son père, Noriko s’est inscrite dans une école militaire. Convaincue de manquer de talent, la jeune fille a beaucoup de mal à tenir le niveau. Sa rencontre avec Kazumi Amano, la fille la plus admirée de l’école, lui redonne cependant du courage. Et lorsqu’un nouvel entraîneur doit choisir deux recrues pour une mission spéciale, il sélectionne Noriko à la surprise générale ! Lié à un projet secret, il voit surtout en elle le futur pilote d’une machine formidable, capable d’assurer la survie de l’humanité…

Arrivées à la station spatiale Silver Star, Noriko et Kazumi font la connaissance du capitaine Tatumi Tasiro ainsi que de Jung Freud, une pilote très talentueuse originaire de l’Union soviétique. Très vite, une grande tension s’installe entre celle-ci et Kazumi. Tous les jeunes pilotes séjournent à bord de l’Exelion, le croiseur stellaire actuellement en construction. Dans sept mois, lorsque ce dernier sera achevé, ils lanceront une offensive globale et décisive contre les forces extraterrestres, un combat dont l’issue décidera de l’avenir de l’humanité. En attendant, les jeunes pilotes complètent leur formation.

En route vers Leaf 64 dans la constellation de Persée, les pilotes se racontent des histoires effrayantes et se lancent des défis en attendant de connaître leur prochaine mission. Durant son défi, Noriko fait la rencontre du beau Thoren Smith. En ce moment, Noriko se montre très studieuse et s’entraîne très dur. Malgré cela, Kazumi estime qu’elle n’a pas le niveau et juge dès lors que se battre à ses côtés est beaucoup trop dangereux. Bref, elle ne veut plus de Noriko comme coéquipière et demande alors à leur coach de dissoudre leur équipe.

Durant l’offensive ennemie, Thoren Smith a perdu la vie. Noriko était à ses côtés lors de l’attaque, mais elle n’a rien pu faire pour le sauver. Ces monstres qui les ont attaqués proviennent semble-t-il du centre de la galaxie. Depuis leur premier contact avec l’humanité, ils se sont reproduits en nombre en plantant leurs œufs au cœur des jeunes étoiles qu’ils rencontrent. D’après leur comportement, il semble qu’ils aient pour objectif l’extinction de l’humanité. De son côté, Noriko suit l’entraînement intensif de Ota. Un entraînement particulier qui attise bien des jalousies…

2032. Après quatre mois passés dans l’espace, Noriko et Kazumi sont de retour sur Terre et reçoivent leur diplôme. Mais si Noriko a toujours l’apparence d’une jeune fille de dix-sept ans, dix ans se sont écoulés sur Terre et son amie Kimiko est à présent une femme, maman d’une petite fille de trois ans. Croyant la Terre condamnée, les terriens ont conçu un immense vaisseau d’évacuation : l’Eltreum. Mais il n’y aura pas de la place pour tout le monde. Kimiko demande alors à Noriko d’utiliser ses relations pour permettre à sa fille Takami d’y avoir une place.

2048. Aujourd’hui coach, Kazumi s’apprête à quitter la Terre pour remplir une nouvelle mission dans l’espace. D’importance capitale, cette mission consiste à s’infiltrer au cœur du territoire ennemi pour détruire l’adversaire au moyen de la bombe « Trou Noir ». Cette attaque entraînera la destruction de toute une galaxie, mais s’ils n’opèrent pas, l’humanité entière disparaîtra. Ainsi donc, après avoir abandonné l’idée d’une évacuation de la Terre et décidé d’une contre-attaque, l’opération Calnedias vient d’être lancée…