Una por una, las personas que conoció en Guriel y sus asistentes son tragadas por el tornado, dejando a Alisha sola. Mientras deambula, se encuentra con una antigua ruina y encuentra un mural que representa al "Pastor", que salvará al mundo de la calamidad. Pero es atacada por un enorme enjambre de insectos. Alisha apenas se escapa viva y, como guiada por la cresta del Pastor, llega a la capital celestial. Alrededor de esa época, Sorey, un joven humano que reside en Elysium, Hogar de los Serafines, y Mikleo, un joven Serafín, también han venido a las ruinas.

Sorey decide llevar a Alisha, la joven que encuentra en las ruinas, a Izuchi. A Mikleo no le importa la idea de tomar un humano, pero Sorey simplemente no puede ignorar a alguien que lo necesita. Cuando llegan a Izuchi, Alisha llama apasionadamente a los serafines para que la ayuden. Pero sus súplicas parecen no escucharse. Es porque los serafines creen que los humanos traerán calamidad a su tierra. Aunque había creído en los serafines, una triste Alisha concluye que el Registro Celestial era una leyenda y nada más.

Después de que Alisha se va, Sorey teme que el misterioso hombre que apareció en Elysium la persiga. Entonces Sorey, acompañado por Mikleo, se dirige a Ladylake, la capital del agua donde se celebra el Festival de la Hoja Sagrada que Alisha mencionó. Al llegar a la capital y ver el mundo humano por primera vez, Sorey no puede ocultar su asombro ante la gente y el paisaje. Gracias a una joven llamada Rose que viene a su rescate, puede ingresar a la ciudad. Pero la capital está repleta de malevolencia que hace que Mikeo se debilite físicamente. Durante ese tiempo, Sorey ve al hombre que estaba detrás de Alisha.

Para salvar a la gente del demonio que aparece en Ladylake, Sorey extrae la Espada Sagrada de la Dama del Lago que lo convertiría en un Pastor. Él derriba al demonio, pero el mismo Sorey se derrumba y recupera la conciencia más tarde. Con el legendario atuendo de pastor que le dio Alisha, Sorey se va a la ciudad. Las calles están llenas de pancartas con la cresta del Pastor y él se da cuenta de la esperanza que la gente deposita en el Pastor. Más tarde, Sorey se convierte en la nave de la Dama del Lago y adquiere la capacidad de percibir Malevolencia. Y sintiendo Malevolencia, busca su fuente en el acueducto.

Velvet: una mujer que está en prisión. Devorando monstruos llamados "demonios", ella ha vivido en confinamiento durante varios años. Velvet tiene un solo propósito en la vida. Para vengarse del hombre que dirige la Abadía, una organización de exorcistas que poseen el poder de luchar contra los demonios. Para derribar al hombre que llaman su salvador, Artorius Collbrande. Un día, el ex compañero de Artorius, un Malak conocido como Seres, aparece ante Velvet para intentar ayudarla a escapar.

Velvet escapa de la torre de la prisión con la ayuda de un joven demonio llamado Rokurou. La única forma de acceder a la prisión de la isla es en barco, por lo que ella y Seres se dirigen al puerto. Pero Oscar, el exorcista pretorista a quien Artorius le ordenó someter a Velvet, ya está allí. Velvet lo toma. Oscar cree en la ley natural del mundo que Artorius defiende. Pero Velvet no puede perdonar un mundo que fue posible gracias al sacrificio de su hermano menor, Laphicet. Completamente en desacuerdo entre sí, la lucha continúa ... cuando de repente, aparece un dragón.

Sorey escucha a Lailah explicar la verdadera misión del Pastor cuando aparece un dragón. Se va sin atacar a Sorey, pero la gente del pueblo que ve esto se siente agradecida, e incluso el propio Barltow invita a Sorey a su mansión. En el camino hacia allí, Sorey ve miasma de la Malevolencia surgiendo entre la gente. Decide perseguir al dragón para detener la Malevolencia antes de que pueda extenderse en Ladylake. Mientras tanto, Mikleo comienza a reflexionar sobre lo que debe hacer para inspirar a Sorey, que ahora es un Pastor.

Mikleo va a las ruinas de Galahad en busca del legendario artefacto divino que puede suprimir los espíritus malignos. Mientras tanto, después de separarse de Alisha que se dirige a Marlind, Sorey va a Rayfalke Spiritcrest, que aparece en el folklore del dragón. Allí, se encuentra con un joven serafín llamado Edna siendo atacado por un demonio. Sorey y Lailah se enfrentan al demonio, pero la Malevolencia es demasiado fuerte y no pueden dar un golpe decisivo. De repente, aparece otro serafín llamado Zaveid y hace un trabajo rápido del demonio, declarando que matar demonios es su estilo. Cuando Sorey se opone, el serafín contrarresta crípticamente con "Quizás algunos se salven al matarlos".

El grupo de Alisha y la unidad médica encuentran que el puente que conduce a Marlind se derrumbó debido a las fuertes lluvias, y comienzan a buscar un desvío. Mientras tanto, Sorey continúa su viaje y le revela a Edna el serafín que irá a Rolance, que se rumorea que tiene muchas ruinas antiguas donde los dragones fueron deificados como dioses. La fe sincera de Sorey en los escritos de los Registros Celestiales exaspera a Edna, pero ella opta por seguirla. Más tarde, Lailah le pregunta a Sorey: "¿Qué significa 'purificar' para ti?" Esto hace que Sorey reflexione sobre cómo debe enfrentar futuros demonios. Por esa época, Mikleo, armado con un artefacto divino, se dirige al puente Griftlet, donde una vorágine de nubes se arremolina sobre su cabeza.

Sorey persigue al escurridizo Drake a Marlind y se reúne con Mikleo, quien ha adquirido un artefacto divino en forma de arco. Al entrar en un pacto de Sub Lord, se arman y purifican con éxito al Drake con una flecha. Más tarde, van a ayudar con la reconstrucción y se dedican a purificar el agua de la ciudad. Sorey acompaña a Alisha para dispersar los suministros de emergencia que han llegado de Ladylake y se encuentra con Rose, el comerciante de Plumas de Gorrión que lo ayudó cuando llegó por primera vez a Ladylake. Su grupo también ha traído suministros de Ladylake.

La guerra estalla inevitablemente entre el Reino de Hyland y el Imperio Rolance. Justo en lo que Bartlow había planeado, Alisha es apuñalada por un soldado de su propio reino. Mientras tanto, una inmensa masa de malevolencia aparece ante Sorey y compañía en el campo de batalla principal. No es otro que Heldalf, el Señor de la Calamidad. Sorey ve al verdadero Heldalf en el centro de la Malevolencia y declara que lo "purificará". A pesar de que innumerables demonios convocados por Heldalf lo atacan, Sorey tiene fe en su poder y en el poder de sus amigos, y continúa luchando.