在古利耶尔邂逅的人们和从者们纷纷被龙卷风吞噬，只剩下艾丽夏孤身一人。她在徘徊之中来到一座遗迹，从其中找到了导师的壁画，并被大量的虫袭击。勉强逃离危机的她在导师纹章的引导之下，到达了天之都。与之同时，居住在天族的村落「何方」的人类少年史雷和天族的少年米克里欧也来到了这座遗迹。

　　史雷决定将在遗迹裏相识的少女艾丽夏带到「何方」去。虽然米克里欧对於把带去人类那裏很不满，但史雷还是表示自己不能扔下艾丽夏不管。来到「何方」的艾丽夏像是想抓住救命草一般地向天族们求助，但是天族们并不为所动。他们认为人类是为此地招来灾祸的存在。至今为止一直相信天族真实存在的艾丽夏，如今却内心十分痛苦地表示「天遗见闻录」记载的传承只不过是童话。然而……

　　艾丽夏出发之後，担心在何方出现的神秘男性会追击艾丽夏的史雷，与米克里欧一同前往艾丽夏所说的即将举行「圣剣祭」的水之都瑞迪雷克。到达都城的史雷面对初次见到的人类世界的风景和人们，无法隐藏内心的感动。他们通过在那裏邂逅的少女萝洁的帮助顺利进入都城，可是城裏却弥漫著污秽。米库裏欧受到污秽的影响，身体感到不适，而这时史雷则在大街上发现了追击艾丽夏的男性。

　　为了从出现在瑞迪雷克的凭魔的袭击下拯救人们，史雷拔出了湖中女神的圣剑，成为了导师。虽然打倒了凭魔，但史雷自己也倒下了。当他终于醒来，并从艾丽夏处得到了根据导师传承制作的导师服装之后，他来到了街道上，发现四处挂起了印有导师纹章的旗帜，感受到了民众对导师的期待。其后，史雷得知，因为自己成为了湖中女神莱拉的容器，变得能够感知污秽的存在了，于是为了查明从下水道遗迹散发出污秽的原因，展开了行动。

　　在业魔青年六郎的协助下，薇尔贝特逃出了牢狱的高塔。由于监狱岛上只能通过船只与外界来往，薇尔贝特便与希亚莉兹一同前往港口。然而此时，一等对魔士奥斯卡也来到了港口。奥斯卡受阿托利斯之命来到这里想要拘捕薇尔贝特，薇尔贝特则与之对峙。奥斯卡深信阿托利斯展示的世界才是正确的，可是薇尔贝特却无法原谅这个世界是建立在弟弟的牺牲之上的事实。双方在无法调和的矛盾中展开战斗的同时，巨龙出现在了他们眼前。

　　出现在了他的眼前。虽然巨龙并没有攻击史雷就离开了，但是目睹了那一幕的市民们却纷纷感激史雷，巴尔托罗还把他邀请到自家的宅邸。在前往巴尔托罗宅邸的途中，史雷看到污秽从城里的人们中间渗出，化为瘴气升上天空，他认为必须在瑞迪雷克的污秽加重之前行动起来，于是决定追逐巨龙的行踪。与此同时，米克里欧就像被成为导师的史雷感染了一般，开始思考如何才能让自己成长起来。

　　米克里欧在加拉哈特遗迹寻找能够平定邪魔的传说的神器的时候，史雷于前往玛陵德的艾莉莎一行道别之后，来到了龙的传承中登场过的地点，灵峰雷弗克。在那里，他邂逅了被凭魔袭击的天族少女艾德娜。虽然史雷和莱拉合力对抗凭魔，却因为污秽太严重而无法实现制胜一击。这时突然出现的天族札维塔则将凭魔葬送。得知札维塔以杀死凭魔为作风，史雷对他表示异议，而札维塔则向史雷说出了一句意味深长的话语：可能对有些人来说……杀了他就是一种救赎。

　　医师团一同前往玛陵德的艾莉莎等人，目睹了被大雨冲坏的桥梁，他们依旧想办法寻找其他可以通行的道路。另一方面，继续着路程的史雷告诉天族艾德娜，他将要前往罗兰斯，那里留有多处将龙作为神灵祭祀起来的遗迹。见史雷对天异见闻录记载的属性深信不疑，艾德娜在愕然无奈的同时，还是提出愿意同行。其后，莱菈向史雷提问道，“净化意味着什麽”，这让史雷为今后该如何与凭魔对峙而烦恼。与此同时，米克里欧手持着神器，开始朝着被卷着漩涡的云雾所包围的格里弗雷特桥进发。

　　追逐著逃跑的幼龙来到玛陵德的史雷，与得到了弓之神器的米克里欧重逢。米克里欧订下陪神契约后，史雷和米克里欧成功地净化了幼龙。接下来，史雷和米克里欧为了帮助玛陵德的复兴，开始替城市净化水源。再之後，史雷与艾莉莎一起帮忙整理分配从瑞迪雷克运来的复兴用物资，这时曾经在进入瑞迪雷克的时候帮史雷忙的商人，“鶺鴒之羽”的萝洁出现在他的面前，原来他们也从瑞迪雷克把货物运到这里来了。

　　将加护玛陵德之事拜托给天族韩洛和诺尔敏天族亚塔克之后，史雷等人为了阻止巴尔托罗将要发起的战争，而赶往海兰德与罗兰斯国境交界处的古雷弗坎盆地。史雷虽然告诉艾莉莎他既不能站在海兰德这一边也不会出手帮罗兰斯，但他作为导师还是想阻止战争。当他们到达盆地，出现在眼前的是充满着污秽的战场。艾莉莎为了停战前去说服罗兰斯军的兰登师团长，而史雷则表示自己要做“自己能做的事”。

　　海兰德王国与罗兰斯帝国的战争终于打响了。在巴尔托罗的授意下，艾莉莎被自己国家的士兵刺伤。另一方面，在主战场上，庞大污秽的聚合体出现在史雷的面前。这个聚合体的真正身份，正是灾祸的显主——赫尔塔弗。在污秽中看到了赫尔塔弗真正样貌的史雷，宣言要净化赫尔塔弗。顶着赫尔塔弗召来的海量凭魔，史雷坚信着自己和同伴的力量，持续奋战。