Nadat het hoofd van de inlichtingendienst is afgetreden, gaan agenten MacGyver en Dalton op zoek naar een nieuwe hacker. Ze zijn op zoek naar een gestolen virus dat miljoenen kan wegvagen.

When MacGyver comes face to face with Murdoc, an international assassin hired to kill him, Mac must defend both himself and Bozer, armed with only a corkscrew and paper towel rolls. Also, Bozer feels completely betrayed when he finally learns Mac's true identity.

Using a screwdriver and bug spray, MacGyver must find the U.S. government mole who is leaking classified intel to the organization that is trying to take down The Phoenix Foundation. Also, Sarah returns to help with the mission, and Nikki reappears, but Mac can’t tell which side she’s on.