MacGyver fica frente a frente com Murdoc enquanto precisa proteger Bozer e a si mesmo usando uma apenas um abridor de garrafas e papel higiênico.

Nikki reaparece e ajuda MacGyver e sua equipe a acharem um espião no governo americano que trabalha para a misteriosa Organização.

A equipe intercepta uma mensagem de um grupo terrorista destinado a Murdoc, Mac então substitui Murdoc para salvá-lo e entender por que a organização quer matá-lo.

A chegada de um novo cientista encoraja um ataque da Organização para recuperar um vírus e controlar todos os agentes da Fundação Phoenix.

Murdoc sequestra Mac como parte de seu novo esquema que envolve um professor do ensino fundamental.

A polícia de Los Angeles atrapalha a comemoração da equipe para prender Macgyver por terrorismo.

MacGyver e Jack prendem Murdoc em custódia e o protegem de seu antigo mentor que o quer morto.

Depois de mudar-se, Mac volta ao ouvir que Jack é o alvo de um ditador assassino que ele enganou.

Murdoc sequestra Nasha para convencer Mac a ajudá-lo no resgate de seu filho.

Um oficial militar da inteligência irlandesa afirma saber o paradeiro de um fabricante de bombas.

Nicholas Helman ressurge e realiza uma onda de assassinatos, e a equipe é forçada a procurar ajuda.

A equipe continua na missão para caçar uma liderança do Codex. Eles descobrem que Murdoc hackeou suas comunicações e as gravou por meses.