Après avoir récupéré l'Innocence, Allen et les autres exorcistes se rendent au nouveau quartier général de l'Ordre noir, où le directeur Lvellie et le maître d'Allen, Cross Marian, attendent l'arrivée de ce dernier.

Allen et les autres sont envoyés à Paris pour enquêter sur le voleur fantôme G, dont on pense qu'il a quelque chose à voir avec l'Innocence. Une fois sur place, ils trouvent le voleur, dont ils découvrent qu'il est également recherché par une autre partie.

Alors qu'Allen, Kanda et Marie combattent AKUMA à l'intérieur de l'orphelinat de Hearst, Timothy se réveille en tant que nouvel Innocence Accommodator. Pendant ce temps, Reever et les autres tentent de pénétrer dans le bâtiment, mais une barrière enveloppante les en empêche.

Lenalee et Kanda remarquent de brefs changements dans la personnalité d'Allen depuis son dernier combat. De retour à l'Ordre, il est révélé que l'Exorciste qui a sauvé Timothy est un "Troisième Exorciste" créé par la branche nord-américaine en utilisant l'œuf d'Akuma et les Généraux de l'Ordre Noir précédemment détruits.

Certains membres du personnel de l'Ordre Noir se rendent à la branche nord-américaine pour observer Alma Karma, l'organe de tutelle des Troisièmes Apôtres. Cependant, au cours de la réunion, la branche est attaquée et passe sous le contrôle du clan Noah.

Le Comte du Millénaire, accompagné de quelques membres de Noah, rend visite à la branche nord-américaine de l'Ordre Noir où Alma Karma est endormi. Pour le réveiller, Wisely utilise le cerveau de Yuu, qui finit par entraîner Allen dans ses souvenirs.

Dans les souvenirs de Yuu, Allen voit ce que l'Ordre Noir faisait subir à Yuu et Alma Karma au nom du second plan d'exorcisme il y a neuf ans, et comment Yuu a fini par tuer Alma Karma.

Alors qu'Alma Karma se réveille enfin, les cellules d'Alma implantées dans le Troisième Exorciste commencent à devenir incontrôlables. Lorsque la situation devient désespérée, le Comte du Millénaire fait une offre à Allen.

Après l'annulation de la barrière Hekiji placée sur la branche nord-américaine, Allen voit l'âme d'Alma Karma, qui est devenue un Akuma, et apprend pourquoi Alma a essayé de tuer Kanda.

Allen est enfermé pour avoir désobéi aux ordres du directeur Lvellie. Comme il ne mange rien car il a peur que la nourriture contienne du sérum de vérité, Link s'inquiète et lui apporte de la nourriture. Ils reçoivent ensuite un visiteur dans la cellule d'Allen.

Link tente d'arrêter le Cardinal lorsqu'il attaque Allen, mais il est facilement maîtrisé. Allen attaque le Cardinal avec son Innocence, mais découvre qu'il s'agit d'un être non-humain ainsi que de la personne qui a tiré mortellement sur Cross Marian.

Alors qu'Allen et les Noah s'échappent d'Apocryphos, Tyki interroge Allen sur le fait que l'Ordre est toujours son affiliation car ils ont commencé à le traiter comme un Noah. Les Exorcistes tentent de rejoindre Allen, mais ils sont acculés par plusieurs Akuma et les Troisièmes Exorcistes.

Il y a de nombreuses années, Cross Marian a confié le jeune Allen à un soigneur lorsqu'il est tombé dans un traumatisme après avoir tenté de ranimer son gardien Mana et transformé ce dernier en Akuma. Pendant que Cross s'occupait d'Allen, ce dernier s'est rétabli mais a commencé à se comporter comme Mana.