イノセンスの回収任務を終え、黒の教団の新本部に向かうアレンたち。教団関係者と中央庁関係者も続々と集まってくる。ところがアレンはルベリエ長官の命令で左手を拘束され、別室に通される。そこには師匠であるクロス元帥がいた。アレンはルベリエやブックマンが立ち会う中、クロスから衝撃の事実を告げられる。

アレンは14番目のノアの記憶を移植された宿主だった。それを告げたクロスは何者かに襲われ、行方不明になる。犯人だと疑われるアレンは、ティムキャンピーに残されたクロスのメッセージの真意を探りつつ、神田らとパリ市内を騒がす怪盗Ｇの行方を追う。この事件にはイノセンスが関わっているらしいが…

孤児院ごと結界に閉じ込められ、AKUMAと戦うアレンたち。ティモシーは新たなイノセンスの適合者として覚醒。アレンはレベル４を《神ノ道化(クラウン・クラウン)》で自分ごと貫いた。この剣は邪悪なものだけを退治するが、なぜか自身も苦しみだして!?一方、孤児院の前にいた緋装束の男が、いとも簡単に結界内へ入って行く。果たして彼らは何者なのか!?

神田はコムイに怪盗Ｇ事件を報告する。だが、アレンの異変を口外することはなかった。一方アレンは、あの緋装束の一行と出くわす。彼らの正体は、人体生成で半AKUMA化した『第三エクソシスト』と呼ばれる教団の新たな戦力だった。その頃、ノアの最後のひとりが目醒め、千年伯爵の合図でエクソシスト狩りが始まる！

教団の北米支部で眠る第二エクソシストのアルマ＝カルマが、科学班たちに公開された。そこを千年伯爵とロード、そしてシェリルが襲撃。神田と教団幹部は、ノアたちによってアルマの眠る深部へと集められる。『14番目』の覚醒を垣間見せるアレンもまた、ティキにおびき寄せられてノアの箱舟から千年伯爵の元へ飛び込んだ！

ワイズリーの能力で、過去の記憶を強制的に蘇えさせられる神田ユウとアルマ。アレンとロードもその術に巻き込まれ、記憶の再現に入り込んでいく。その中では、幼いユウとアルマにイノセンスの同調実験が繰り返し行われ、容赦ない苦痛に襲われていたのだった。すると次第に、ユウが女性の幻覚を見るようになり……。

ユウは失敗作とみなされ凍結処分になるも、移植されたエクソシストの気持ちが強く再び目覚める。それと同時にイノセンスが適合。教団に対する怒りを増幅させながらも、アルマと一緒に研究所から逃げることを決意する。途中、負傷したエクソシストのマリを助け、やっとの思いでアルマを見つけたユウだったが……。

サードエクソシストたちの体内にあるアルマ細胞が暴走。アルマの怨念に体を乗っ取られる。千年伯爵たちはアレンを手に入れる目的で神田とアルマを利用し、この舞台を作ったのだった。伯爵に「ノアの一員になればアルマやサードの体内からダークマターを消してやる」と言われるアレン。苦渋の末、彼が選んだのは……。

意識の中で14番目のノア『ネア』と出会うアレン。その時、ティムキャンピーに施されたクロスの術によって、北米支部にかけられたスカルの結界が崩壊。同時にアレンの左目が発動し、AKUMA化したアルマ＝カルマの魂を見た。そこですべてを知ったアレンは、神田とアルマの悲しい呪縛を解くため、教団の命令に背き方舟を使う。

アレンの中に宿る『14番目』の覚醒を見た千年伯爵は「近いうちに迎えにくる」と言葉を残し、ノアたちと共に去っていった。アレンはこの一件で背信行為を問われ幽閉される。完全黙秘を続けるアレンの所に食事を運ぶリンク。その時、『14番目』の覚醒がはじまり苦しみ出すアレン。そこになぜか、枢機卿がやってきて!?

枢機卿のイノセンスに包まれたアレンが悲鳴を上げる。助けようとしたリンクは縛羽を使うも、あり得ない速度で背後に回られた枢機卿によって視界を奪われた。アレンはリンクを助けるため咄嗟に放ったイノセンスが、枢機卿の額を貫いてしまう。「殺してしまった」とショックを受けるも……!?　そこへティキとロードが現われる！

教団はアレンをノアと識別。コムイはエクソシストと鴉に、逃亡したアレン捕獲の指示を出す。一方、ルベリエはリンクを呼び出すも、応答がない。アレンが拘束されていた部屋に向かうと、胸を貫かれたリンクが転がっていた。リナリーはアレンを信じ追いかけるが……。アポクリフォスから逃げるアレンは、大きな決断をする。

逃亡中のアレンは雪道を進み、幼少時代を過ごした家へと向かう。シェリルは、ブックマンからロードと14番目の関係を聞き出すために、ラビを激しく痛めつけるのだった。それから三ヶ月後。アレンを止められなかったことを悔やむリナリーとマリの前に、見覚えのある人影が歩み寄ってくる。