精神科病院に入院中のデヴィッドは、美しい女性に一目ぼれ。デヴィッドは彼女を巡る事件について尋問されるが、思い出すのは現実離れしたことばかり。

自らの力をよく理解するため、メラニーと共に記憶をたどるデヴィッド。その最中、幼少期の嫌な記憶に直面したデヴィッドは、大きく取り乱してしまう。

デヴィッドが恐ろしい記憶と向き合わなくては、エイミーを助けることはできない。メラニー達は、強引な手段で閉じられた記憶の扉を開けようとする。

デヴィッドは未だ記憶療法から目覚めず、潜在意識の中の荒野のような奇妙な場所にいた。手がかりを探すシドとプトノミーの行く手には、危険なワナが。

一同はディビジョン3のもとへ乗り込むが、そこで目にしたのは壮絶な光景だった。驚き戸惑う彼らは、デヴィッドの力にさらなる秘密があることを知る。

突如として始まりの場所へと戻され、新たな現実を過ごすデヴィッドと仲間達。レニーが監視の目を光らせる中、シドはこの世界への違和感を覚え始める。

ケリーはオリバーの力を借り、仲間を窮地から救い出す打開策を練る。身動きの取れないデヴィッドは、この状況から脱するべく自分自身との戦いに挑む。

デヴィッドに復しゅうを果たすべく、因縁の男が出現。シドは、デヴィッドに寄生する怪物を除去することで彼の命が危険にさらされかねないと気づく。

ファルークを捜しているというディビジョン3。過去1年間の記憶がないデヴィッドは、未来から助けを求める不可解なメッセージを受け取っていた。

オリバーとレニーがディビジョン3を襲撃する。時空を超えたデヴィッドはシドから未来のことを聞き、ファルークとある取引をしようと決める。

ファルークは僧についてデヴィッドに警告。プトノミーとメラニーの心に入り、迷路から解放するデヴィッド。ヴァーミリオンは世界の終わりを示唆する。

シドの過去を見て、心の奥にある願望を理解しようとするデヴィッド。だがケリーによると、2人はもう心の迷路にはおらず目覚めているという。

ファルークとオリバーは車を走らせ、ある場所に向かっていた。一方デヴィッドは、レニーと彼女の新しい体について衝撃的な事実を知ることに。

デヴィッドは、様々なパターンの自らの人生を見る。なかには警官ともめた末、最悪の事態になる人生も。結果として彼は最も辛い現実と向き合うことに。

未来のシドに会い、協力関係を築こうとするファルーク。その頃、妄想にとりつかれたプトノミーにより、クラークとシドが未知の生物に寄生される。

プトノミーはコンピューターの中でフクヤマ提督の記憶を見る。一方、ファルークの体を捜すシドとデヴィッドだったが、あるものを発見して行き詰まる。

オリバーと再会したことで、メラニーはファルークに操られるようになる。2人のケリーとレニーは、迷いながらもそれぞれデヴィッドの計画に手を貸す。

深い穴に落ちたシドはそこでメラニーに会い、デヴィッドが隠しているという本当の顔を見せられる。その頃、ファルークがついに肉体を取り戻す。

ファルークとの戦いが終わろうとした矢先、シドがデヴィッドに銃口を向けるが、すんでのところでレニーが阻止。だが、デヴィッドにまた新たな困難が。

デヴィッドのコミューンに、スウィッチと名乗る時間旅行者がやってくる。だがスウィッチはアストラル界に飛ばされ、そこでファルークと出会う。

シドとファルークは、スウィッチがすべてを取り消してしまう前に阻止しようと考える。一方、レニーはケリーを捕まえ、スウィッチの能力の強化を図る。

デヴィッドは、幼い頃の自分がファルークに取りつかれるのを何としてでも防ごうと、過去にタイムトラベルして自身の母親に接触しようとするが...。

"時間食い"と呼ばれる時間の悪魔が世界を荒しまわるなか、スウィッチとケリーは脱出用のトンネルを見つける。シドは、若い頃の自分に出会う。

運命の決断を下すレニー。デヴィッドと一行はある飛行船に乗り込み、混乱を引き起こす。一方、シドはデヴィッドの計画を食い止めようとするが...。

アストラル界では、メラニーとオリバーが赤ん坊に姿を変えたシドを保護し育て、第2の人生を与える。そしてシドは、ケリーの助けを得て時の扉を通る。

デヴィッドの過去にタイムトラベルしたシドは、デヴィッドの状態の解明につながる人物に遭遇する。ファルークを訪ねたチャールズは、未来をかいま見る。

デヴィッドと戦う一方で、チャールズとの合意に達し、過去の自分と対決するファルーク。スウィッチは自らの覆いを脱ぎ捨て、万事が見える存在となる。