シオンより託された女神の聖衣を渡すために、星矢は冥界へと旅立った。一方、天秤座の黄金聖闘士、童虎よりアテナの真意を聞かされた瞬、紫龍、氷河はエイトセンシズに目覚め、星矢の後を追う。冥界の入口、地獄門に降り立った星矢は瞬と合流し、三途の川の渡し守、天間星アケローンのカロンと対峙する。冥王ハーデスが支配する死の世界・・・冥界。光なき嘆きの世界に大いなる希望を胸に秘め、地上の平和を求める少年たちの闘いが今、始まる！

アケローンのカロンを撃破し、第一獄、裁きの館へとやってきた星矢と瞬。そこは、冥界へやって来た者の、現世での罪業を調べ、その罪の重さに応じた地獄へと落とすという場所であった。裁きの館を守護する冥闘士、天英星バルロンのルネにより、地上での罪を浮き彫りにされ、苦しめられる星矢たち。しかし、星矢達の危機を助けるように現れたのは、双子座の黄金聖闘士、ジェミニのカノンであった。

ファラオは、魔琴を操り星矢に呪いをかける。苦しめられる星矢と瞬。しかし、魔琴の音をさえぎるように、 琴の音色が響き渡る。音の主は、黄金聖闘士さえもしのぐ力を持つといわれた白銀聖闘士、琴座のオルフェであった。

ラダマンティスとの戦いをカノンに託し、第二獄にやってきた星矢と瞬。獰猛な地獄の番犬、 ケルベロスと共に現れたのは、第二獄を守護する冥闘士、天獣星スフィンクスのファラオであった。

ファラオは、魔琴を操り星矢に呪いをかける。苦しめられる星矢と瞬。しかし、魔琴の音をさえぎるように、 琴の音色が響き渡る。音の主は、黄金聖闘士さえもしのぐ力を持つといわれた白銀聖闘士、琴座のオルフェであった。

冥界三巨頭を前に、琴を奏で始めるオルフェ。三巨頭とパンドラは、その音色の前に、眠りについたかに見えた。しかし、ラダマンティスが眠りにつかず、オルフェに攻撃を仕掛ける。ラダマンティスに攻撃されながらも、ハーデスに向かっていくオルフェ。決死の行動の中、星矢は、花箱から飛び出し、ラダマンティスと戦う。その戦いの最中、ついに冥界の王ハーデスが姿を現す！

第五獄。カノンと合流した紫龍と氷河。彼らの前に、ラダマンティスが現れる。紫龍たちに先に進むよう指示し、カノンはラダマンティスに一騎打ちをしかける。カノンの力がラダマンティスを圧倒しようとしたそのとき、ミーノス、アイアコスが現れ、冥界三巨頭が一同に会する。一対三という圧倒的戦力差の前に危機に陥るカノン。そこに現れたのは、攻撃的小宇宙をもつ男、フェニックスの一輝であった！

第五獄で冥界三巨頭の一人アイアコスと対峙する一輝。執拗な攻撃にあうが、倒れるたびに不死鳥のごとく立ち上がり、アイアコスを倒す。驚く三巨頭が、一輝に攻撃を仕掛けようとしたとき、一輝の小宇宙を感じたハーデスが、パンドラに一輝をジュデッカまでテレポートさせた。一輝と瞬、兄と弟が冥界の地にて再会する！

瞬は自らを犠牲にし、自分とともにハーデスを撃ち砕くよう一輝に訴えかける瞬。その心の声が、躊躇する一輝に拳を繰り出させる。パンドラの叫びがこだまするジュデッカの床に、鮮血が飛び散った。そして、その悲壮なる一輝の小宇宙を感じ、コキュートスに落とされた星矢がついに目覚める！

ジュデッカにて対峙する二人の神。アテナとハーデス。グレイテスト・エクリップスをとめるよう懇願するアテナに、ハーデスはその命を代償にするよう伝える。パンドラの槍を使い、ハーデスがアテナの命をとろうとした瞬間、その血に触れたハーデスが苦しみだす！

ハーピーのバレンタインを倒し、再びジュデッカにやってきた星矢。そこでハーデスの呪縛から逃れた瞬と再会する。瞬は、ハーデスの玉座の裏、はるか続く階段の先に消えていったと言う。そして、奥へ進んだ二人の目の前に立ちふさがっていたのは、「嘆きの壁」といわれる、地獄の最終地であった！

嘆きの壁の前にそろった5人の黄金聖闘士、ムウ・シャカ・アイオリア・ミロ・そして童虎。ライブラの武器をそれぞれが手にし、嘆きの壁に向かい放つが、無情にも跳ね返されてしまう。最強の聖闘士の力でも嘆きの壁を破壊できないと思ったその時、星矢たちの前に数条の黄金の光が飛来する！

ついにそろった12人の黄金聖闘士。黄道に位置する12人の黄金聖闘士の小宇宙を集めれば、太陽の光を作り出し、嘆きの壁を破壊できる。サジタリアスの矢に全ての小宇宙を込め、12の光がエリシオンへの道を拓く！ 星矢たち青銅聖闘士に、地上の愛と正義の全てを託して…。

黄金聖闘士たちの小宇宙を結集した一撃をもって、無敵と言われた嘆きの壁が破壊された。だが先へと急ぐ星矢たちに、さらなる追撃の手が迫る。

紫龍は三人の冥闘士クィーン、ゴードン、シルフィードを相手取り、氷河は冥界三巨頭の最後の1人ミーノスと対峙する。2人が限界まで高めた小宇宙によって、究極の奥義が放たれる！

一方、壁の出口で広がる未知の領域に驚愕する星矢たち。神以外渡れぬエリシオンへの道に絶望しかけたその時、アテナの血を浴びた星矢の聖衣に奇跡が起きた！

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嘆きの壁の出口、超次元の先を見据える一輝の背中に、パンドラが語りかける。かつて一族をことごとく死滅させられ、ハーデスの呪縛に捕われていたことに気付いたパンドラ。星矢たちの熱き魂に触れ目を覚ました今、パンドラは一輝に寄り添い、ハーデスを倒し家族の仇を取ってくれと懇願する。

その頃、エリシオンへ辿り着いた星矢。そこに立ちはだかったのはハーデスの腹心たち、死の神タナトスと眠りの神ヒュプノスであった。

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渾身のペガサス彗星拳すら無力と知り、くずおれる星矢。しかしその一撃でかすり傷を負い激昂したタナトスは、星矢の眼前に一人の女性を投影する。その人こそ、記憶を失ったまま聖域近くで暮らしていた星矢の姉、星華だった。

タナトスの攻撃から星華を必死で守る聖域の聖闘士たちに応える星矢。そこへ一人、また一人と加勢に現れる瞬、紫龍、氷河、一輝。そして今、絶望の縁を超え、遙か冥界から金色の共鳴音がエリシオンに鳴り響く！

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黄金の援軍を送り込んだ存在、それはかつてアテナに仇なし、封印されたはずの海皇ポセイドンだった。僅かな間だけ甦った魂が、聖闘士たちに届けた希望の光。しかし黄金聖衣を纏いし聖闘士たちの攻撃でさえも、タナトスの力をして粉々に打ち砕かれる。何もかも失ったかに思えた時、思いを寄せた人々の声が星矢の胸に響く。灰と化した青銅聖衣から立ち昇る、希望という生命の炎！神をも超える最強の聖衣が今、その姿を現す。

刻一刻と迫るアテナの死、そしてグレイテスト・エクリップス。星矢はハーデス神殿を目指して走り、残る４人はヒュプノスを相手取る。聖衣を砕かれ、瀕死の聖闘士たちだったが、窮地の中で小宇宙はさらに輝きを増す。そしてついに神聖衣を纏った瞬、紫龍、氷河がヒュプノスに再び挑む。一方、ハーデスの魂と捕われたアテナを前にして、なす術もない星矢。加勢に来た一輝により、墓所に眠るハーデスの肉体を討つ事に勝機を見出すが・・・。

終わりなき戦いに、今こそ終止符が打たれようとしていた。肉体を得て復活した冥王ハーデスは、自らアテナに止めを刺そうと、手にした大剣を振りかざす。その斬撃を、身を盾にして受ける一輝、そして星矢。神聖衣を纏う５人の聖闘士は、力を結集して決死の攻勢に転じる。だが全ての希望を打ち砕くかのように、グレイテスト・エクリップスは完成し地上は闇と化したことを知るのだった。だが彼らは諦めない。渾身の力でアテナに聖衣を投げ渡す星矢。そして、長きに渡る神々の戦いは、ついに決着の時を迎える。