Já se passaram 243 anos, desde a última Guerra Santa entre Athena e Hades, o Deus do Submundo. Em Rozan, Dohko de Libra, o Mestre Ancião, percebe que enfim chegou o dia em que os 108 Espectros, os soldados do batalhão de Hades, retornaram à Terra. No Santuário, Shaina, Nachi e Ichi encontram várias sepulturas abertas e descobrem que muitos Cavaleiros conseguiram voltar à vida. Na Casa de Áries, uma figura sombria se aproxima de Mu e ele, chocado, começa a se ajoelhar, lhe demonstrando respeito. Se trata de um Cavaleiro, que aparenta ser conhecido há muito tempo por Mu. O Cavaleiro misterioso ordena à Mu que lhe-traga a cabeça de Athena em 12 horas. Mu se recusa e de repente, surgem dois Cavaleiros de Ouro que foram mortos na Batalha das 12 Casas: Deathmask de Câncer e Aphrodite de Peixes. Uma vez que eles venderam suas almas para Hades, este ofereceu-lhes novas vidas e corpos.

Mu continua protegendo a Casa de Áries. O Cavaleiro misterioso, no entanto, deduziu que Mu teletransportou Seiya, ao invés de destruí-lo e ordena que Deathmask e Aphrodite, se apressem para matar Athena. Mu não permite que eles passem e furioso pelos dois Cavaleiros de Ouro terem vendido suas almas para Hades, os extermina facilmente com sua Extinção Estelar. Na Cachoeira de Rozan, Dohko de Libra diz à Shunrei, que irá partir e que provavelmente, nunca mais irá voltar. Dohko também pede para Shunrei não deixar Shiryu sair do lado dela e deseja que Seiya e os outros possam finalmente viver em paz, como adolescentes normais. Dohko então parte, contudo, três figuras sombrias se aproximam de Shunrei. No Santuário, Deathmask e Aphrodite desaparecem, porém, mais três figuras se aproximam de Mu. Shaina ordena Nachi e Ichi para incendiarem as sepulturas restantes, enquanto Jabu, descobre que mais três Cavaleiros de Ouro foram revividos.

No Castelo de Hades, Rhadamanthys de Wyvern, um dos três juízes do Submundo, implora à sua ama Pandora, para dar-lhe permissão para ir ao Santuário, mas ela se recusa dizendo, que os Cavaleiros de Ouro que reviveram, são mais que suficientes para completar a missão. Shun desperta após ter um sonho com uma menina que se assemelha à Pandora. Sentindo que algo está errado, ele dirige-se para o Santuário. Tatsumi, sob às ordens de Saori, tenta segurar Shun, sem sucesso. Mu chega à Casa de Touro e encontra Aldebaran. Contudo, o Cavaleiro de Touro morreu repentinamente e apenas restava um corpo sem vida que logo se desintegrou, sobrando apenas a Armadura de Ouro e uma pequena parte de seu Cosmo.

Saga diz à Camus e Shura para continuarem, enquanto ele luta contra o novo Cavaleiro da Casa de Gêmeos. Ao mesmo tempo, Milo de Escorpião chega ao Templo de Athena, acreditando que este Cavaleiro seja um inimigo, mas Saori lhe assegura que ele é um aliado. Saga reconhece o novo guardião e se lembra de todas as suas atrocidades. Ele é seu irmão Kanon, que sobreviveu à batalha de Poseidon e agora está vestindo a Armadura de Ouro de Gêmeos que um dia pertenceu à Saga. Na Sibéria, Hyoga decide nunca mais ver sua mãe novamente, mesmo que ele nunca consiga esquece-la. O Cisne se lembra dos ensinamentos de Camus e da influência que este teve em sua vida. De repente, três figuras misteriosas se aproximam dele: Misty de Lagarto, Moses de Baleia e Babel de Centauro. Os três Cavaleiros de Prata também foram revividos por Hades e tentam derrotar Hyoga. Usando o Trovão Aurora Ataque, Hyoga rapidamente consegue derrotá-los.

Saga, Camus e Shura chegam à Casa de Câncer acreditando que não existe nenhum Cavaleiro por lá, já que Deathmask está morto. Porém, quando entram na Casa, percebem que estão na entrada dos vivos e mortos. De repente, surgem zumbis que começam a atacá-los. Enquanto isso, Shiryu finalmente chega ao Santuário e encontra Ikki. Porém, o Fênix tenta convencer Shiryu a desistir de continuar e pede para que ele e os outros Cavaleiros de Bronze não interfiram na Guerra Santa, pois pensa que Athena os considerem como inúteis. Irritado, Shiryu ataca Ikki, dizendo que ele está lutando por Athena e seus amigos. Ikki consegue derrubá-lo e diz que eles não são fortes o suficiente para essa batalha e que ele não participará da luta, apenas assistirá a batalha. Ikki também aponta para Shiryu, a direção onde Seiya foi parar, depois de ser teletransportado por Mu e vai embora, deixando o Dragão surpreso. Na Casa de Câncer, Saga derrota facilmente os zumbis com sua Explosão Galáctica.

Começa a luta entre o Mestre Ancião e Shion. Shiryu chega para ajudar mas o Mestre Ancião não aceita. Shion consegue atingir e derrubar o Mestre Ancião, o que faz despertar ainda mais a raiva de Shiryu. Vendo um Dragão descontrolado, o Mestre Ancião aceita que seu pupilo lute e diz que vai pedir desculpas a Atena pessoalmente por causa disso. Mestre Ancião, agora Dohko de Libra, torna-se jovem devido a técnica Misophetta Menos. Dohko veste a armadura de Libra e agora terá condições de lutar de igual para igual com Shion. Shina tenta deter Hyoga e Shun mas acaba convencida pelos cavaleiros de bronze que a melhor coisa que eles têm a fazer é lutar para salvar Atena.

O grupo de espectros que conseguiu passar pela Casa de Câncer, chega a casa de Leão. Aiolia, que consegue deter vários com o seu Relâmpago de Plasma. Laimi de Verme chega e diz para os espectros irem para a próxima casa, Virgem, prendendo Aiolia com seus tentáculos, enquanto os outros espectros vão embora. Irritado, o cavaleiro de Leão consegue se soltar dos tentáculos de Laimi, para logo em seguida vencer rapidamente o espectro. Os espectros chegam na casa de Virgem, onde Shaka já os aguardava. O Cavaleiro de Virgem cria novas ilusões e explica que a vida dos espectros está ligada diretamente com o rosário que ele tem em mãos. Shaka mostra que quando uma das 108 contas do rosário fica negra, quer dizer que um espectro foi morto.

O grupo de espectros que conseguiu passar pela Casa de Câncer, chega a casa de Leão. Aiolia, que consegue deter vários com o seu Relâmpago de Plasma. Laimi de Verme chega e diz para os espectros irem para a próxima casa, Virgem, prendendo Aiolia com seus tentáculos, enquanto os outros espectros vão embora. Irritado, o cavaleiro de Leão consegue se soltar dos tentáculos de Laimi, para logo em seguida vencer rapidamente o espectro. Os espectros chegam na casa de Virgem, onde Shaka já os aguardava. O Cavaleiro de Virgem cria novas ilusões e explica que a vida dos espectros está ligada diretamente com o rosário que ele tem em mãos. Shaka mostra que quando uma das 108 contas do rosário fica negra, quer dizer que um espectro foi morto.

Shaka reconhece a presença de três cavaleiros de ouro entre os espectros e pede para eles pararem com a farsa. Saga, Camus e Shura se desfazem das armaduras emprestadas. Giganto fica perplexo e resolve atacar os traidores mas é atingido por Saga. Shaka convida os 3 cavaleiros para irem ao jardim ao lado da casa de Virgem, deixando Giganto na casa de Virgem. Giganto, descontente com a situação, resolve atacar o cavaleiro de Virgem. Shaka aplica uma surra em Giganto, matando-o facilmente. No jardim das Árvores Gêmeas, a luta começa. Shaka diz que para vencê-lo, os três teriam que combinar o golpe deles, formando a EXCLAMAÇÃO DE ATENA. Os 3 cavaleiros disparam a EXCLAMAÇÃO DE ATENA em Shaka.

Shaka é atingido pela EXCLAMAÇÃO DE ATENA, morrendo. Seu espírito consegue se manter vivo e volta para escrever, em pétalas de rosas, a palavra ARAYASHIKI. Ele envia as pétalas para Atena, que entende o recado. Saga, Camus e Shura entendem que Shaka fez isso de propósito e juram que ainda são cavaleiros de Atena. Quando eles saem do jardim, encontram os 3 cavaleiros de ouro restantes: Mu de Áries, Aiolia de Leão e Milo de Escorpião. Aiolia quer se vingar de Shaka rapidamente e atinge violentamente Saga, Camus e Shura. Milo também atinge os três renegados com sua Agulha Escarlate. Saga, Camus e Shura resolvem novamente utilizar a EXCLAMAÇÃO DE ATENA. Para revidar Aiolia, Mu e Milo também querem utilizar a técnica. As duas EXCLAMAÇÕES são disparadas, provocando uma enorme explosão no Santuário.

As duas EXCLAMAÇÕES DE ATENA colidem e formam uma imensa bola de energia. Os Cavaleiros de Bronze sentem a necessidade de ajudar e tentam repelir a bola de energia. Saga, Camus e Shura ficam apavorados pois com a ajuda dos Cavaleiros de Bronze, eles não conseguirão mais equilibrar a força da bola de energia. As armaduras de Seiya, Shiryu, Hyoga e Shun ficam douradas, e na união dos seus poderes eles conseguem mandar a bola de energia para o espaço, detendo o poder incrível gerado pelas EXCLAMAÇÕES DE ATENA. Saori pede para Aiolia, Mu e Milo que levem Saga, Camus e Shura até ela. Atena pede para Saga matá-la com a antiga adaga dourada que Saga utilizou para tentar matá-la quando ela era ainda um bebe. Saga fica desesperado e não quer matar Atena. Saori tranquiliza Saga, que acaba matando Atena. Todos os cavaleiros que estão no Santuário choram a morte de Atena. Os quatro cavaleiros de bronze chegam até onde Atena morreu e encontram Shion.

Shion ataca os cavaleiros de bronze, dizendo que não é uma atitude de cavaleiro ficar chorando a morte de Atena. Ele explica porque os Cavaleiros de Ouro Saga, Shura, Camus, Afrodite, Máscara da Morte e ele, aceitaram voltar do mundo dos mortos e servir a Hades. Shion disse que foi a única forma que eles encontraram para enganar Hades e poder entregar a armadura de Atena para Saori. Devido alguns imprevistos, Shaka teve que se sacrificar e Atena também. Seiya e os demais reconhecem que os antigos cavaleiros de ouro ainda são fiéis e dignos da confiança de Atena. Shion explica que os cavaleiros de bronze terão que levar a armadura de Atena para ela, que agora está indo enfrentar HADES diretamente. Shion banha as armaduras dos cavaleiros de bronze com o sangue de Atena e novas armaduras de bronze surgem. Os cavaleiros de bronze partem para o castelo de Hades.

Zelos de Sapo começa a bater nos cavaleiros de ouro que estão indefesos, principalmente em Camus, que havia desferido um golpe contra Zelos anteriormente. Os cavaleiros de bronze chegam e acabam com a festa de Zelos. Hyoga desfere a Execução Aurora e mata Zelos. O tempo acaba e os cavaleiros de ouro são desintegrados. Shun sente algo estranho quando vê Pandora. Seiya enfrenta Radamanthys e consegue golpear o juíz com o seu Cometa de Pégaso. Seiya intensifica seu cosmo e consegue derrubar Radamanthys no buraco que leva para o Inferno mas acaba caindo junto. O castelo de Hades começa a desmoronar. É o fim da Fase Santuário de Hades.