在二百四十三年前的圣战中被雅典娜封印的冥王哈迪斯率领108魔星同时从黑暗的深渊中复活。在刚从与海皇波塞冬结束战斗，暂时恢复平静的圣域，圣斗士的墓穴被挖开，新的危机已迫在眉睫。 在穆守护的白羊宫出现了一个谜一样的男子。他命令穆在十二小时内取下雅典娜的首级。知道这名男子真实身份的穆不能违抗他的命令，但同时也不能去杀雅典娜。在他苦恼之际，眼前出现了两个身影，原来是曾经身为守护圣域的巨蟹座的迪斯马斯克和双鱼座的阿布罗迪。两人被冥界之王哈迪斯赐予了短暂的生命。穆因为那个神秘男子的命令而不得反击，只能暴露在成为冥斗士的两人攻击之下。正在这时，天马流星拳在周围炸裂，原来是察觉圣域异变的星矢来支援穆。但是，穆却向星矢发动了攻击！

史昂和童虎的战斗终于开始了。在重回18岁的史昂面前，年老的童虎慢慢显出疲惫之态，危机之时紫龙赶来，但是童虎却命令紫龙回五老峰。然后，再史昂攻击的时候出现了好像是要保护主人的天秤座圣衣。史昂嘲笑童虎衰老的身躯已经无法穿上圣衣了，但是童虎的体却开始燃烧一股年轻的小宇宙，并且他衰老的身躯开始剥落，18岁年轻的肉体重新出现了。原来在243年前，雅典娜施与了童虎神的假死之法——MSOPETHAMENOS。对童虎而言，243年至相当不过243天，身穿天秤座圣衣的童虎，与前次圣战中存活下来的黄金圣斗士同伴之间，展开了巅峰小宇宙的作战。

瞬、紫龙和冰河都得到了神圣衣，并破解了休普若斯的永恒的长眠。星矢到达哈迪斯神殿后，发现魔罐中的纱织全身血液几乎被吸干。星矢急于救出纱织，却无能为力。一辉相继赶到，也得到了神圣衣，两个人同时用力，仍然动摇不了魔罐。他们看到哈迪斯的灵魂在高高的塔顶上飘荡，却无法接近。忽然，星矢发现高塔下安放着哈迪斯躯体的灵柩。哈迪斯从古老的神话时代就沉睡在那里，只是让灵魂四处活动。星矢和一辉打开灵柩，使沉睡的哈迪斯复活。当哈迪斯正要动手杀死魔罐中的纱织时，紫龙、冰河和瞬赶到。五个少年圣斗士同心协力，用他们的生命和小宇宙，一起向哈迪斯发出攻击。哈迪斯挥舞宝剑，神勇无敌，少年圣斗士门渐渐难以招架。而且，哈迪斯制造的九星连珠现象开始出现，大地进入黑暗中。身上多处受伤的星矢，把雅典娜圣衣交给纱织，纱织苏醒了，穿上了圣衣。于是，一个全身披挂的女神雅典娜出现了！在雅典娜与哈迪斯交战中，星矢给了哈迪斯沉重的一击，但同时被哈迪斯的剑刺中胸膛。星矢倒下了，他的小宇宙渐渐消失。雅典娜和四名圣斗士，用他们对人类的爱所产生的巨大力量，惩罚了哈迪斯。太阳出来了，大地又重现光明。

星矢和瞬冲入了超次元风暴中，冰河遭到未死的米诺斯拦阻，冰河不敌，米诺斯在追击冰河时被卷入超次元风暴中死亡；纵使三人发挥全力，紫龙也没有倒下，凭着意志燃烧了最后的小宇宙，终于使用庐山百龙霸将西路费都等三个冥斗士全部打倒……

在冥界战争接近尾声时，星矢等人长出翅膀，星矢呼唤着沙织、飞向超次元风暴的尽头；一辉答应帮助潘多拉报仇，死神达拿都斯的远程威力夺取了潘多拉的生命，其余的冥斗士阻止一辉，一辉使出凤翼天翔将全部冥斗士击败，108颗佛珠也全部变色，冥界也开始崩溃……

经过了超次元风暴，星矢他们终于到达最后的目的地—爱丽舍花园，却被死神塔纳托斯所拦阻，星矢等五人合力也不敌塔纳托斯，在命悬一刻的时候，在冥界的12件黄金圣衣发出了共鸣，在海王的神力下抵达爱丽舍花园，但穿上黄金的星矢等人也相继被塔纳托斯击倒……

连同黄金圣衣也被达拿都斯打碎，就在众人绝望之时，星矢呼唤沙织后站了起来，身上的圣衣复活，变成了传说中的神衣；塔纳托斯大怒，被星矢瞬间打败，睡神休普诺斯打败了瞬，聪明的紫龙、冰河联合打败了休普诺斯，当星矢冲到宫殿时，发现雅典娜被装在一个血瓶里……

无论星矢他们用全部力量，也无法打破封印雅典娜的血瓶；正当他们想破坏哈迪斯的真身时，冥王哈迪斯破棺而出，与五人组展开惨烈的激战，雅典娜复活，穿上神圣衣击败了哈迪斯，但星矢为了救雅典娜挨了哈迪斯一剑死去，世界又恢复了和平的生机。