ポセイドンとの死闘から数日後・・243年前の聖戦でアテナに封印された魔塔が崩壊し、閉じこめられていた冥王ハーデスの百八人の冥闘士（スペクター）が復活！アテナの命を狙い、聖域に襲いかかる。

聖域第一の宮、白羊宮のムウの前にボロ布をまとった人物が現れる。ムウをして跪かざるをえない人物、彼こそがハーデスの命により、かつての黄金聖闘士のデスマスク、アフロディーテを従え、アテナの命を奪いに来た張本人であった！

ムウの危機に星矢が駆けつけ、ペガサス流星拳が炸裂!ムウとともに聖域を守ろうとするのだが、ムウは「早々に立ち去れ」とすげない。そればかりか、力ずくで星矢を聖域から追い出してしまうのだ。

デスマスクとアフロディーテを必殺技スターライトエクスティンクションで再び死の国へと葬ったムウだったが、刺客は彼等だけではなかった・・新たにかつての盟友、サガ・カミュ・シュラが冥闘士として復活し、ムウの前に立ちふさがる！

その頃　老師は紫龍とともに幸せに暮らすのだよ、と春麗に告げて五老峰からすがたを消す。不吉な予感を感じる紫龍のもとにも、かつての白銀聖闘士たちが冥闘士となり、ハーデスの刺客として襲って来る。彼らを倒した紫龍は、老師のあとを追い聖域に向かうのだった。

地上界と冥界をつなぐ狭間に立つハーデス城では、ハーデスの姉パンドラが逸るラダマンティスをたしなめ、静観を申しつけていた・・・。一方聖域では、ムウがハーデスの刺客となったサガたちを追い、アルデバランの金牛宮にたどり着こうとしていた。金牛宮へと足を踏み入れたムウは、そこで立ち尽くしたまま息絶えているアルデバランをみつける。彼の命を奪ったのは地暗星のニオベ！聖域にはすでに冥闘士たちがはいりこんでいたのだ！その頃聖域から遠く、城戸邸にいる瞬は遠く聖域に不穏な小宇宙を感じていた・・・胸騒ぎを抑えきれない瞬は辰巳の制止を振り切って、聖域に赴こうとする。そのとき瞬の前にシリウス、ディオ、アルゲティらよみがえった白銀聖闘士がたちふさがる・・

その頃、シベリアではやはり氷河が彗星を見て、不吉な予感にとらわれていた。

そこに現れたのはやはり死よりよみがえった白銀聖闘士バベル、モーゼス、ミスティの三人だった。渾身の一撃で彼等を撃退した氷河はマーマの眠る海溝をあとにして、聖域に赴く決心をする。一方聖域では、サガ、シュラ、カミュの三人が双児宮へと進んでいた。だが、無人のはずの双児宮でジェミニの聖衣をまとった人物が三人の前に立ちふさがる。その人物こそ、かつて教皇として陰謀を企てたサガの弟、カノンだった。カノンはアテナの許しを乞い、黄金聖闘士に連なるために教皇の間から小宇宙によって双児宮を守っていたのだ。

そんなカノンに、ミロはその決心が本物かどうか、過酷な試練をほどこすのだった・・・。

心に深い想いを秘めたカミュ、シュラ、サガの三人は金牛宮、双児宮をぬけ無人のはずの巨蟹宮にたどりついた、だがそこには死の国への道筋、黄泉比良坂がまちうけていた！次々と現れる亡者に道をさえぎられ、三人は巨蟹宮の迷路をなかなかぬけでることができない・・巨蟹宮はバルゴのシャカがつくりだした幻影に支配されていたのだ！

サガは巨蟹宮からシャカのいる処女宮めがけ巨大な小宇宙を放ち対抗する！

一方その頃、聖域に向かおうとする紫龍の前に現れたのは一輝だった。

一輝の導きにより、紫龍はムウに殺されたはずの星矢と再会するのだった。

白羊宮ではついに老師とシオンの闘いがはじまろうとしていた！

そこに駆けつけたのは老師の愛弟子、紫龍！だが、老師は紫龍に五老峰に帰れと命じ、老いた体でシオンに対峙するのだった。かつての盟友二人がその小宇宙を燃え上がらせ対決する！廬山百龍覇対クリスタルウォール！!一撃で決まるかにおもわれた勝負のゆくえは、突然、出現したライブラの聖衣によりはばまれる。冥王ハーデスの力によりよみがえったシオンの若さあふれるパワーに圧倒される老師。老いた体では若さを取り戻したシオンにはもはやかなわないのか！？だが、シオンは老師の小宇宙に隠されたおそるべきパワーを感じとるのだった！！

ムウは巨蟹宮の入口でおそるべきサイコキネシスにとらわれた。相手は地妖星パピヨンのミュウ。サガ達の影に隠れ、正規の冥闘士たちも十二宮に数多く入りこんでいたのだ。真の姿をなかなかあらわさないミュウにムウも苦心する。そのとき現れたのは、ムウによって消されたはずの星矢だった！ムウは星矢のアテナを守りたい！という熱い気持ちを知り、闘いに参加することを認めるのだった。そしてミュウとの闘いは自分にまかせ、星矢にはアテナを守るため先を急げと告げる。巨蟹宮を舞台に華麗にして死の恐怖にみちたムウ対ミュウの闘いがくりひろげられる・・・

アテナの命を狙う者、守ろうとする者、それぞれが十二宮を教皇の間をめざしてかけあがろうとしていた。そしてついに獅子宮まで冥闘士たちが到達する。獅子宮を守るのは、レオのアイオリア！牙をむいた黄金獅子が冥闘士たちを圧倒する。が、ワームのライミが一瞬の隙をついてアイオリアの自由を奪う。二人が闘う獅子宮を通りぬけたギガントたちは六番目の処女宮に突入するがそこには結跏趺座したシャカが身じろぎひとつせず、彼等をまちかまえていた！

シャカの前に姿を現したのは、消え去ったはずのサガ、カミュ、シュラだった！天魔降伏によりギガントら冥闘士たちを一瞬にして葬り去ったシャカは、アテナの首を狙うというサガたちの真意を問いただすため、沙羅双樹の園に彼等を招きいれる。シャカの真摯な問いにサガは凛とした目をむけ答えるのだった。『狙うはアテナの首！！』と。そして、シャカ対三人の黄金聖闘士の闘いがはじまる。

アテナが禁じた『アテナエクスクラメーション』でシャカを倒した三人は慙愧の涙を心のなかで流しながらも、真実の言葉を封印し、沙羅双樹の園を後にする。その扉の前には星矢とムウ、アイオリア、そしてミロたち黄金聖闘士が集結していた。シャカが死してまでアテナに伝えようとしたことは一体何だったのか！？シャカの死に怒るアイオリア、ムウ、ミロとサガ、カミュ、シュラそれぞれ『アテナエクスクラメーション』のフォーメーションで向かい合う。遂に、黄金聖闘士対黄金聖闘士の死力をつくした対決の幕がきっておとされた。

サガ、カミュ、シュラそしてムウ、アイオリア、ミロの放ったアテナエクスクラメーションは奇跡的な均衡を保って六人の間を渦巻いていた！が、その二組の攻撃のあいだに割ってはいっていたものがいたのだ。それは、氷河、紫龍、瞬、星矢たち青銅聖闘士であった！なぜ、聖闘士同士が闘わねばならないのか！？その熱き問いかけに答えられない黄金聖闘士たち・・そして星矢たちの小宇宙のたかまりにより、処女宮であたかもビックバンがおきたかのような爆発がおきる。その様子をみつめていたアテナ沙織はサガたちをアテナ神殿につれてくるよう、ミロたちに命ずるのであった。アテナにはすべてを見通し、決意していたことがあったのだ！！

アテナ沙織を守ることができなかった・・・言い知れぬ絶望に身をこがす星矢たち。そのとき彼等の前に姿をあらわしたのは前教皇でありながらアテナの命を狙いに来たシオンだった。シオンが語る彼等の裏切りにかくされた衝撃の真実。アテナの血により目覚める聖衣とは？！そして、その頃サガ、カミュ、シュラはアテナの亡骸をかかげ、ハーデス城へと凱旋していた。三人を迎えたパンドラは疑惑にみちているラマダンティスを一蹴し、自らアテナの死体を検分しようと立ち上がっていた。

決戦の場、ハーデス城に立つ、新生聖衣をまとった星矢、紫龍、瞬、氷河。

そこで目にしたのは、ラマダンティスに打ちのめされるアイオリア、ミロ、ムウたちの姿だった。しかし、アイオリアたちは一刻も早くこの場を去り、アテナのもとへ向かえと言う。その言葉をうけて星矢たちはサガ、シュラ、カミュを追ってさらに奥深くハーデス城のなかに潜入する。アテナへの想いを星矢たちに託して次々と塵となって消えてゆく黄金聖闘士たち。最強の冥闘士ラマダンティスは再び星矢たちの前に立ちはだかる。そのおどろくべき力に翻弄される青銅聖闘士。

だが、傷つき、倒されても、彼等は立ち上がりラマダンティスにむかってゆく！果たして彼等の小宇宙は奇跡を起こすことができるのか！？

シオンより託された女神の聖衣を渡すために、星矢は冥界へと旅立った。一方、天秤座の黄金聖闘士、童虎よりアテナの真意を聞かされた瞬、紫龍、氷河はエイトセンシズに目覚め、星矢の後を追う。冥界の入口、地獄門に降り立った星矢は瞬と合流し、三途の川の渡し守、天間星アケローンのカロンと対峙する。冥王ハーデスが支配する死の世界・・・冥界。光なき嘆きの世界に大いなる希望を胸に秘め、地上の平和を求める少年たちの闘いが今、始まる！

アケローンのカロンを撃破し、第一獄、裁きの館へとやってきた星矢と瞬。そこは、冥界へやって来た者の、現世での罪業を調べ、その罪の重さに応じた地獄へと落とすという場所であった。裁きの館を守護する冥闘士、天英星バルロンのルネにより、地上での罪を浮き彫りにされ、苦しめられる星矢たち。しかし、星矢達の危機を助けるように現れたのは、双子座の黄金聖闘士、ジェミニのカノンであった。

ファラオは、魔琴を操り星矢に呪いをかける。苦しめられる星矢と瞬。しかし、魔琴の音をさえぎるように、 琴の音色が響き渡る。音の主は、黄金聖闘士さえもしのぐ力を持つといわれた白銀聖闘士、琴座のオルフェであった。

ラダマンティスとの戦いをカノンに託し、第二獄にやってきた星矢と瞬。獰猛な地獄の番犬、 ケルベロスと共に現れたのは、第二獄を守護する冥闘士、天獣星スフィンクスのファラオであった。

ファラオは、魔琴を操り星矢に呪いをかける。苦しめられる星矢と瞬。しかし、魔琴の音をさえぎるように、 琴の音色が響き渡る。音の主は、黄金聖闘士さえもしのぐ力を持つといわれた白銀聖闘士、琴座のオルフェであった。

冥界三巨頭を前に、琴を奏で始めるオルフェ。三巨頭とパンドラは、その音色の前に、眠りについたかに見えた。しかし、ラダマンティスが眠りにつかず、オルフェに攻撃を仕掛ける。ラダマンティスに攻撃されながらも、ハーデスに向かっていくオルフェ。決死の行動の中、星矢は、花箱から飛び出し、ラダマンティスと戦う。その戦いの最中、ついに冥界の王ハーデスが姿を現す！

第五獄。カノンと合流した紫龍と氷河。彼らの前に、ラダマンティスが現れる。紫龍たちに先に進むよう指示し、カノンはラダマンティスに一騎打ちをしかける。カノンの力がラダマンティスを圧倒しようとしたそのとき、ミーノス、アイアコスが現れ、冥界三巨頭が一同に会する。一対三という圧倒的戦力差の前に危機に陥るカノン。そこに現れたのは、攻撃的小宇宙をもつ男、フェニックスの一輝であった！

第五獄で冥界三巨頭の一人アイアコスと対峙する一輝。執拗な攻撃にあうが、倒れるたびに不死鳥のごとく立ち上がり、アイアコスを倒す。驚く三巨頭が、一輝に攻撃を仕掛けようとしたとき、一輝の小宇宙を感じたハーデスが、パンドラに一輝をジュデッカまでテレポートさせた。一輝と瞬、兄と弟が冥界の地にて再会する！

瞬は自らを犠牲にし、自分とともにハーデスを撃ち砕くよう一輝に訴えかける瞬。その心の声が、躊躇する一輝に拳を繰り出させる。パンドラの叫びがこだまするジュデッカの床に、鮮血が飛び散った。そして、その悲壮なる一輝の小宇宙を感じ、コキュートスに落とされた星矢がついに目覚める！

ジュデッカにて対峙する二人の神。アテナとハーデス。グレイテスト・エクリップスをとめるよう懇願するアテナに、ハーデスはその命を代償にするよう伝える。パンドラの槍を使い、ハーデスがアテナの命をとろうとした瞬間、その血に触れたハーデスが苦しみだす！

ハーピーのバレンタインを倒し、再びジュデッカにやってきた星矢。そこでハーデスの呪縛から逃れた瞬と再会する。瞬は、ハーデスの玉座の裏、はるか続く階段の先に消えていったと言う。そして、奥へ進んだ二人の目の前に立ちふさがっていたのは、「嘆きの壁」といわれる、地獄の最終地であった！

嘆きの壁の前にそろった5人の黄金聖闘士、ムウ・シャカ・アイオリア・ミロ・そして童虎。ライブラの武器をそれぞれが手にし、嘆きの壁に向かい放つが、無情にも跳ね返されてしまう。最強の聖闘士の力でも嘆きの壁を破壊できないと思ったその時、星矢たちの前に数条の黄金の光が飛来する！

ついにそろった12人の黄金聖闘士。黄道に位置する12人の黄金聖闘士の小宇宙を集めれば、太陽の光を作り出し、嘆きの壁を破壊できる。サジタリアスの矢に全ての小宇宙を込め、12の光がエリシオンへの道を拓く！ 星矢たち青銅聖闘士に、地上の愛と正義の全てを託して…。

黄金聖闘士たちの小宇宙を結集した一撃をもって、無敵と言われた嘆きの壁が破壊された。だが先へと急ぐ星矢たちに、さらなる追撃の手が迫る。

紫龍は三人の冥闘士クィーン、ゴードン、シルフィードを相手取り、氷河は冥界三巨頭の最後の1人ミーノスと対峙する。2人が限界まで高めた小宇宙によって、究極の奥義が放たれる！

一方、壁の出口で広がる未知の領域に驚愕する星矢たち。神以外渡れぬエリシオンへの道に絶望しかけたその時、アテナの血を浴びた星矢の聖衣に奇跡が起きた！

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嘆きの壁の出口、超次元の先を見据える一輝の背中に、パンドラが語りかける。かつて一族をことごとく死滅させられ、ハーデスの呪縛に捕われていたことに気付いたパンドラ。星矢たちの熱き魂に触れ目を覚ました今、パンドラは一輝に寄り添い、ハーデスを倒し家族の仇を取ってくれと懇願する。

その頃、エリシオンへ辿り着いた星矢。そこに立ちはだかったのはハーデスの腹心たち、死の神タナトスと眠りの神ヒュプノスであった。

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渾身のペガサス彗星拳すら無力と知り、くずおれる星矢。しかしその一撃でかすり傷を負い激昂したタナトスは、星矢の眼前に一人の女性を投影する。その人こそ、記憶を失ったまま聖域近くで暮らしていた星矢の姉、星華だった。

タナトスの攻撃から星華を必死で守る聖域の聖闘士たちに応える星矢。そこへ一人、また一人と加勢に現れる瞬、紫龍、氷河、一輝。そして今、絶望の縁を超え、遙か冥界から金色の共鳴音がエリシオンに鳴り響く！

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黄金の援軍を送り込んだ存在、それはかつてアテナに仇なし、封印されたはずの海皇ポセイドンだった。僅かな間だけ甦った魂が、聖闘士たちに届けた希望の光。しかし黄金聖衣を纏いし聖闘士たちの攻撃でさえも、タナトスの力をして粉々に打ち砕かれる。何もかも失ったかに思えた時、思いを寄せた人々の声が星矢の胸に響く。灰と化した青銅聖衣から立ち昇る、希望という生命の炎！神をも超える最強の聖衣が今、その姿を現す。

刻一刻と迫るアテナの死、そしてグレイテスト・エクリップス。星矢はハーデス神殿を目指して走り、残る４人はヒュプノスを相手取る。聖衣を砕かれ、瀕死の聖闘士たちだったが、窮地の中で小宇宙はさらに輝きを増す。そしてついに神聖衣を纏った瞬、紫龍、氷河がヒュプノスに再び挑む。一方、ハーデスの魂と捕われたアテナを前にして、なす術もない星矢。加勢に来た一輝により、墓所に眠るハーデスの肉体を討つ事に勝機を見出すが・・・。

終わりなき戦いに、今こそ終止符が打たれようとしていた。肉体を得て復活した冥王ハーデスは、自らアテナに止めを刺そうと、手にした大剣を振りかざす。その斬撃を、身を盾にして受ける一輝、そして星矢。神聖衣を纏う５人の聖闘士は、力を結集して決死の攻勢に転じる。だが全ての希望を打ち砕くかのように、グレイテスト・エクリップスは完成し地上は闇と化したことを知るのだった。だが彼らは諦めない。渾身の力でアテナに聖衣を投げ渡す星矢。そして、長きに渡る神々の戦いは、ついに決着の時を迎える。