東京湾岸上空に出現した謎の異生物アンノウン。防衛を託されたのは、特殊能力＜世界＞を操る東京・神奈川・千葉の高校生たち。その中でも東京都市首席・朱雀壱弥は圧倒的な力でアンノウンを追い詰めていくが、その独断専行っぷりに次席の宇多良カナリアは困り顔で…。

半壊したアクアラインにアンノウンが出現する――。修復作業を担当する生徒たちの間で、そんな噂が飛び交っていた。2チームに分かれて調査をすることになった各陣営の代表だが、朱雀は霞とほたるという、まったくウマの合わない2人と同じチームになってしまう。

一部の生徒たちが安全な内地へ移送される。朱雀は哨戒任務から外れ、負傷によって内地行きが決定した生徒のもとを訪れていた。朱雀にとって、内地送りにされる者は「無能」だというが……。一方、朱雀不在の哨戒班は、新種の超大型アンノウンに遭遇する。

大型アンノウンとの戦闘でカナリアが負傷し、絶望的な状況に陥った朱雀。窮地を救ったのは、千葉、神奈川の両陣営だった。撤退後、朱雀は管理局から戦線崩壊の責任を追及される。しかし、自らアンノウンの後始末をしたいと懇願し、舞姫たちに協力を申し出るのだった。

アンノウンの急襲によって受けた傷跡はあまりに深く、生徒たちはそれぞれショックを隠せずにいた。朱雀もまた自信と気力を失い、東京の新リーダーには舞姫が擁立される。「花を手向けたのなら、剣を取れ」 舞姫は気丈な振る舞いで生徒たちを鼓舞するが……。

ほたるは侵入不可領域で新型アンノウンと交戦し、朱雀は千葉陣営に連れ出された海ほたるで自暴自棄な戦いを繰り広げていた。時を同じくして、東京上空にかつてない数のアンノウンが出現。降りかかる厄災を前に、舞姫は人類の希望を一手に引き受ける。

もう待たせたりはしない――。かつて舞姫と交わした約束を果たすべく、ほたるは突き動かされるように東京を目指す。一方、無数に押し寄せるアンノウンを前に、徐々に疲弊していく舞姫。そこへアンノウンの群れを統率していると思しき特異な個体が出現する。

東京・神奈川陣営が壊滅的な打撃を受けたことで、防衛機構そのもののあり方が問われる。霞は湾岸部の放棄と戦線の縮小を提言するが、復讐を誓う朱雀には受け入れられない。さらに明日葉には内地への転属話も持ち上がる。複雑な状況に立たされた霞は、一体何を思うのか？

この世界の有りように疑惑の目を向け始めた霞は、明日葉に都市防衛を託し、独自に調査を開始する。一方、三都市防衛の要となった明日葉は、朱雀の協力を仰ぐため無気力な彼を奮い立たせようとするが……。突如、アンノウン襲来の警報が鳴り響く。

変わり果てた現実を前に、状況の掴めない朱雀はただただ呆然とするだけだった。明日葉もまたこの世界は一体どうなっているのかと、ひたすら困惑するばかり。そんな明日葉の前に現れたのは、霞と明日葉の母親を名乗る人物。彼女が語るこの世界の真実とは――。

アンノウンの世界とこちらの世界を繋ぐゲートを奪取するため、人類はアンノウンの拠点に総攻撃を仕掛ける。しかし生徒たちの中には、戦う覚悟を決める者がいる一方で、この戦いに複雑な思いを抱く者もいた。果たして、朱雀はどのような決断を下すのか……？