数十年前“Unknown”侵略时被送往冷冻睡眠设施避难的孩子们，现在终于从沉睡中醒来，而他们得到了新的力量“世界”，朱雀一弥和宇多良金丝雀也是其中之一。各都市的代表齐聚一堂，就在三都市例会结束后湾岸部Aqua Line南方海域确认了大规模的Unknown出现反应，东京、神奈川、千叶防卫都市三校立即展开迎击。

公主在消灭Unknown的时候失手摧毁了重要的设施，修缮aqua line的任务就落在了各都市的代表头上，朱雀等人靠着自己的力量加快了修缮的进度，刚刚修缮完毕aqua line，新的任务就出现了。青生的世界可以扫描他人的视觉、听觉及主观印象再重播给别人，朱雀等人从目击者的角度看到了海里疑似Unknown的存在，搜寻任务立即开始。

Aqua line海萤前面海域出现了超巨大Unknown，这是比之前最大的特里同级还要大的新型，管理局将此新型暂称为利维坦级，明早在日出时分三校将同时前去讨伐，这是与此前截然不同的战斗。为了证明自己的朱雀提前赶赴现场，金丝雀发现后也前来支援，但此次敌人的能力完全超出了他们的想象。

在各地因为Unknown的奇袭，一共有7名学生牺牲了，而东京方面更是损失了多名主力，金丝雀便在其中，在人员补充完成前公主将兼任东京代表协助东京的城市运营。朱雀因为眼看着金丝雀在自己眼前消失而一蹶不振，城市运营的全部重任都落在了公主身上，她不光要负责运营城市还得安抚人们的心情。

Unknown的突然袭击让学员们乱了手脚，临危不乱的公主让所有人都冷静下来，被鼓舞的众人重新投入战斗。朱雀卯足了力量一阵狂轰乱炸，看到东京即将沦陷后千叶的代表也赶去支援，为了保护非战斗人员的撤离，公主打算一个人拖住敌人，但即便公主力量再怎么强大，面对众多敌人的她还是处于劣势。

公主赤手空拳对抗着众多的Unkown，虽然只有一个人但她依旧展现出了压倒性的实力，但空中悬浮着的特殊Unkown趁机消弱了公主的能力，失去力量的公主处于劣势。在霞的计划下萤通过世界的力量向公主身边极速赶去，就在她准备消灭残余Unkown时被公主制止了，战斗中被打碎脖子上芯片的公主看到了不一样的世界。

公主和萤的消失让战力缩减了很多，本部打算缩小战斗范围，让明日叶调去本地防守，但明日叶和霞并没有调离的打算。霞更在意的是萤在最后给他留下的讯息，本部派来的人一直想要说服明日叶和霞前往内地，霞脸上的伤暴漏了萤所留下的讯息，傍晚的会面明显是个陷阱，而早有打算的霞也并没有打算一人前往。

芯片受损的霞时常会看到完全不一样的世界，为了寻找这个世界的真相，霞开始搜寻线索，而明日叶则被留下保护都市。Unkown大规模来袭，受明日叶所托的朱雀主动担任指挥一职，对抗Unkown的战斗有条不紊的进行着，但霞却显得心不在焉，本该保护的管理人员却在朱雀的面前被枪杀了，而朱雀明白的知道拥有这种技巧的只有霞。

看清了世界真相之后朱雀一行一起转移到“日本”船上，虽然公主向大家解释了相关缘由，但大家还是不太明白现在的状况，出来解释的是霞和明日叶的母亲约翰内斯。朱雀等人之前看到的一切与真实世界完全相反的，唤醒他们的是Unknow，Unknow通过植入晶片篡改了他们的记忆与感官，而他们一直以来的战斗对象却是真正的人类。

次元挖掘洞不断出现Unknow，为了夺取Unknow的世界与现实世界连接的门，人类在Unknow出现的据点设下埋伏准备进行总攻击。孩子们对于这场即将到来的战斗各持己见，有些人已经做好了拼死一战的准备，有些人还在犹豫不决。在这关键时刻，朱雀会做出怎样的选择？

朱雀等人已经攻入的管理局，准备破坏大门的他们却遭到了朝凪的阻止。朝凪虽是货真价实的人类，但他却选择了与人类对立的一方。青生的倒戈让朱雀等人陷入了危机，青生用她的能力妨碍了众人展开“世界”，被改造过的朝凪远比朱雀等人想象中的强大，公主和萤在对战爱离时也陷入了危机，而打破僵局的是金丝雀鼓舞人心的歌声。