中学2年生の早瀬真理は、3年前に失踪した科学者の父・永司の事を気にかけていた。真理の首からは、永司からもらったペンダント・アーミラリーコンパスがぶら下がっている。ある日、真理は、友人・水城和花の兄・旬の部屋で永司の研究所で見かけた『Magnets & Electricity』と題された本を見つける。その本を開くとアーミラリーコンパスが激しく回転し、真理はあふれた出たゆらぎに包まれ、和花の眼前から消えてしまう。