大人気のスマホのロールプレイングゲーム！せっせとレベルを上げたのに突然データが消えて育てたキャラがスッポンポン！さらに街中の表示がゲームの世界になっちゃって…！

ハロウィンの季節がやってきた！読書に夢中のハルをおいてひとり出かけるガッチモン、そしてハルのスマホに送られてきた写真に異変がおかしい！？街にいったい何が…！？

今まで集めたアプモン達が大集合！！サイバーアリーナで『アプモン格付け選手権』開幕！100メートル走に、カルタに、似顔絵大会！？最高のアプモンに輝くのは・・・？

次のセブンコードアプモンの居場所を占ってもらいに占いアプリのアプモン・テラーモンに会いに行くことに！ところがテラーモンがLウィルスに感染…？！

Lコープがリリースした位置情報ゲームが全世界で大流行！超レアトレジャーを求めてユーザーが海浜公園に殺到！ハルたちも向かうが、レッシャモンが暴走して大混乱に…？

街はバレンタインデー！だけどみんなのスマホが大変なことに！世界中で7割のシェアを誇るワッフルOSにアップデートしたら、スマホがフリーズしちゃって…

今や食レポのプロフェッショナルとまで称されるエリ！エリに教えを乞いに現れたのは女の子のペロリモン・マリペロ！ドカモンが面倒を見ることになるが・・・！？

アプリ山470の一大イベント、総選挙の時期がやってきた！アプリ投票数1位を目指して全力で努力するエリだったが、中間発表で予想外の投票数を獲得して…？！

ついにアプリ山470総選挙の結果が！　1位は？『9人ゴッド』は？エリはまさかの…！？一方、レイたちは謎の画像データの情報を探るためLコープに潜入する！

スリープモンを起こすため、ハッピーグッドモーニング選手権開幕！？アプモンたちと共にあの手この手を使って起こそうとするけれど、全然起きる気配がなくって…？

緊急脱出プログラムを使って逃げ続けるブートモン！特殊プログラムが完成して、ようやくブートモンに接触したハル達だったが…何やら勇仁に異変が…

リヴァイアサンによる「人類アプリ化計画」が始動し、次々とアプリにされていく世界中の人々…デウスモンを倒すためエリ、アストラ、レイは神アプモンをアプリアライズ！