17振りめの刀剣男士として“とある本丸”に顕現した『大和守安定』。本丸に来て初めての朝を迎え、元の主が同じ新撰組の沖田総司である、『加州清光』とともに雪景色に染まった本丸を散歩する。雪合戦など本丸での日常を楽しむ刀剣男士たちに、時の政府から連絡が入り…

『同田貫正国』と『鶴丸国永』が顕現した。大和守安定・加州清光は2振りを連れて本丸の中を案内することに。一方で、織田信長にゆかりのあるへし切長谷部・宗三左文字・薬研藤四郎の3振りをふくむ刀剣男士たちに、本能寺への出陣命令が下される。

『平野藤四郎』は大樹の下で幸運の四葉を見つけた。本丸へ新たにやって来た『鶯丸』に差し上げよう、と届けに行こうとするが、途中で邪魔が入りなかなか思うようにいかない。同じころ、大樹の下では粟田口派の短刀たちがまだ顕現していない兄に思いを馳せる。大和守安定は皆の願いを知り、ある作戦を考える。

『和泉守兼定』が顕現した。元の主が同じ新撰組、土方歳三の愛刀『堀川国広』は喜び、すぐに本丸案内を買って出る。大和守安定と加州清光も和泉守兼定との再会を喜び、新撰組の思い出話に花が咲く。 一方、庭にある万葉桜は満開。その樹の下では刀剣男士たちが花見を楽しんでいるが、『次郎太刀』が酔ってしまい大変なことに…。

燭台切光忠と鶴丸国永は、顕現したばかりの『大倶利伽羅』がこの本丸で馴染めるのか心配していた。歌仙兼定や鶯丸たちの行動を見た燭台切光忠は、あることを思いつく。一方、鍛刀部屋ではついに太刀『三日月宗近』が顕現した。天下五剣の登場に、刀剣男士たちが喜びに包まれるなか、主から出陣命令が下された。

大和守安定と加州清光は、本丸に来て間もない『山伏国広』『御手杵』『博多藤四郎』らと江戸遠征を控えていたが、遠征直前に主が発熱し、床に伏せてしまう。遠征先である江戸の調査に加え、薬研藤四郎の助言による解熱効果のある薬草を採取するため、江戸の山中へ向かう…。

陸奥守吉行の発案で、海水浴へ行くことに。『浦島虎徹』をはじめ、希望した刀剣男士総勢17振りは、初めて触れる海を楽しむ。本丸に『江雪左文字』が来たことで、小夜左文字も喜んでいる様子。そんな微笑ましい風景を見て薬研藤四郎は…。

『蜻蛉切』『日本号』が本丸に来て、ついに三名槍が揃った。縁側にやってきた青い鳥を、日本号はある思いからどうしても捕まえたくなる 。三名槍は協力して青い鳥を追う。 その夜、秋田藤四郎がお化けを見たと怯える。本丸に潜む幽霊を退治しに、にっかり青江が立ち上がる。

鳴狐は『小狐丸』と三日月宗近に手料理をふるまい、楽しませている。それを見た獅子王は「老齢の扱いでは負けられない」と鶴丸国永と共に三日月宗近を楽しませる作戦を考える。 その頃、阿津賀志山へ出陣命令が出る。『岩融』と今剣が、源義経の因縁の地へ行くことに…。

愛染国俊と『蛍丸』は、やる気なく振る舞う『明石国行』が本丸でうまくやっていけるか不安で仕方がない。そんな中、本丸で妙なことが連続して起こり、明石国行に疑いの目が向けられてしまう…。 一方、小狐丸たちは江戸へ出陣する。雨の降る合戦場で、狐の嫁入りに遭遇する。

新撰組 近藤勇の愛刀『長曽祢虎徹』が顕現して間もなく、池田屋へ出陣の命が出る。出陣部隊には新撰組に縁のある刀と、坂本龍馬の愛刀、陸奥守吉行が選ばれる。隊長の大和守安定は、かつての池田屋戦の雪辱を果たすため、時間遡行軍の殲滅を誓う。

池田屋の一階で元の主、沖田総司に出くわしてしまった大和守安定。新撰組の一員に成りすまし、沖田と共に池田屋へ潜入する。不穏に思った加州清光は安定の後を追う…。

大和守安定が"とある本丸"から旅立ったあとの大晦日。刀剣男士たちは、人間のように正月を祝うことを計画する。一方、源氏の重宝である『髭切』・『膝丸』が顕現、最古参の加州清光は、主から新刀剣男士のお世話係を命じられ本丸を案内する。そんな中、加州清光・獅子王・蛍丸・明石国行・髭切・膝丸に出陣の命が下り……。

新たに顕現した『数珠丸恒次』は、山伏国広や加州清光らとともに、本丸の裏山へ修行に向かう。一方、一期一振・鯰尾藤四郎・骨喰藤四郎たちは財政難な本丸を救うため、大坂城の地下へ埋蔵金を探しに行くことになった。だが、骨喰藤四郎が転移先を誤ってしまい……。

縁側でのんびりとお茶を飲む三日月宗近と小狐丸。そんな二振りへ近づく怪しい影が……。伊達忠宗に縁のある刀剣『太鼓鐘貞宗』が顕現した。旧知の仲である燭台切光忠・大倶利伽羅との再会を喜ぶ太鼓鐘貞宗。そんななか、鶴丸国永は最近の本丸には驚きが足りないと悩んでいた。

織田信長に縁のある刀『不動行光』が顕現。しかし彼は、へし切長谷部と言い合いをしてしまうなど、なかなか本丸に馴染めない……。卯月となり今年も万葉桜の樹が満開になったので、みんなで花見の準備をしていた。そのころ『小烏丸』が顕現し、花見を行うと聞きつけた彼も参加をすることに。

兄である長曽祢虎徹と蜂須賀虎徹に仲良くしてもらいたい浦島虎徹。誉をとった褒美に二振りが作った料理を食べたいと兄たちへお願いする。近侍の山姥切国広が二振りの刀『大典太光世』と『ソハヤノツルキ』を顕現させた。山姥切国広は同じ写しだと言うのに明るいソハヤノツルキのことが気になり後を追う。

ときおり悪夢にうなされている小夜左文字。そんな彼を心配する兄の江雪左文字と宗三左文字は、小夜左文字とともに花壇を作ることに。『後藤藤四郎』と『信濃藤四郎』 が顕現し、本丸は一層賑やかになった。陸奥守吉行はそんなみんなの様子を主に見せようと、ビデオカメラで本丸内を撮影しはじめる。

新たに『包丁藤四郎』と『物吉貞宗』が顕現した。加州清光は新刀剣男士お世話係として物吉貞宗を案内していると、不思議なことに行く先々で幸運なことが起こり……。とある理由で落ち込んでしまった博多藤四郎。そんな彼を元気づけようと、粟田口の兄弟たちはあることを計画する。

へし切長谷部が遠征に行くことになった。『亀甲貞宗』と『千子村正』はへし切長谷部の不在を聞きつけ、留守中の“主お世話係”の座を得るため、勝負をはじめる。平野藤四郎が縁側にいる鶯丸へお茶を差し入れに行くと、彼は楽しそうになにかを書いていた。それは顕現した『大包平』に関するもので……。

本丸で暮らす刀剣男士たちの中でも特に背が高い太郎太刀。そんな彼は、次郎太刀に頼まれたおつまみを買うために万屋へ向かうが……。残暑も厳しい中、陸奥守吉行は道場で鍛錬中の加州清光たちを誘い、暑さを吹き飛ばす“趣向を変えた手合わせ”をしようと言い出す。

一期一振と喧嘩をした包丁藤四郎は浦島虎徹たちから気分転換に釣りへと誘われる。しかし心地よい陽気につい眠ってしまい、目を覚ますと知らない場所に着いていて……。大典太光世は自身の霊力で本丸に住む動物たちを怖がらせてしまうと感じ、別部屋で過ごしていた。部屋に食事を運んでいた前田藤四郎は、彼も皆と一緒に暮らしてほしいと悩む。

季節は秋から冬へ。そんな中、信濃藤四郎は主の懐のような温かさを求めて、本丸内を探し回る。時間遡行軍が新たに江戸に出現。敵の狙いは恐らく伊達宗村と細川宗孝だと報告が入った。出陣部隊に選ばれたのは伊達家に縁のある刀と細川家に縁のある刀の六振り。歴史改変を阻止するためいざ出陣！

主より、江戸に出陣している刀剣男士たちが危機に陥っていると聞かされたへし切長谷部。加州清光らと、なにか助ける手立てはないかと画策するが……。