舞台設定在2205年某處的「本丸」。面對企圖修改歷史的「歷史修正主義者」，肩負歷史守護責任的「審神者」召喚出由日本古刀劍化成人形同時也是最強付喪神的眾「刀劍男士」。故事主要敘述的是這群刀劍男士與「時間溯行軍」對抗之餘，他們在本丸明直愉悅的日常生活。故事雖是日常，但其中又以大和守安定、加州清光為主角，又以前者對原主人沖田總司的情感貫穿始終，其中主要講述大和守安定在現今本丸主人處肩負起的歷史守護責任，與安定對原主人在池田屋事件中的結果充滿悔恨想要改變結局的情感產生衝突，而本丸中最資深的加州清光則一直在引導安定避免在回到過去執行任務時改變歷史。安定並未改變歷史並決定外出旅行，第二期劇情從安定外出旅行後開始。