進路に悩む中学2年生のココナは、志望校を提出できずにいた。そんな憂鬱な気持ちの中、謎の少女パピカと出会う。ココナの気持ちとは裏腹にピュアイリュージョンの冒険へと連れ出すパピカ。今までに見たことのない真っ白な世界に圧倒されるココナだったが、帰り方がわからず途方に暮れてしまう。そんなとき、突然巨大な樹氷が動き出した！？

フリップフラップの基地でソルト、ヒダカ、サユリに言われるまま、ピュアイリュージョンへのホールを開く二人。だがたどり着いた先は、砂漠が一面に広がる荒野の世界。離ればなれになったココナを探し彷徨うパピカは不思議な住民達に助けられるが、その村も突如現れた無法者達に襲撃をうけてしまう。そして村人達を助けようとしたパピカの前に、謎の鉄仮面が立ちはだかるのだった！

ホールや変身が安定しないのはインピーダンスが合っていないからだと指摘され、お互いのことをもっと理解するためにパピカとの共同生活を命じられるココナ。しかし パピカの家と案内された先は初めてピュアイリュージョンへのホールを開いた土管を改築した土管ハウス？！ こうして始まった二人の奇妙な共同生活だったが、果たして……。

“ごきげんよう”そこは女学生達が優雅な学園生活を送る秘密の花園。“ごきげんよう”それは永遠に続くリバイバルの呪文。今日起きなかったことが明日起こるはずも無く、世界は繰り返されていく。そして、ふとした思いがパピカとココナの胸をかすめたとき、時計塔の鐘の音が鳴り響いた─！

Cocona and Papika reunited forever more bring Mimi and Pure Illusion's rampage on reality to an end.