子供のころから転校ばかりしてきた藤島鳴海(ナルミ)は、何の期待もなくこの街に越してきた。が、入学した高校で出会ったクラスメイトの彩夏に連れてこられた『ラーメンはなまる』で、ニートたちと知り合い、あげく、その上の階にある『NEET探偵事務所』へラーメンの配達をさせられることに。出迎えたのは、パジャマ姿の幼い少女・アリス。そして部屋いっぱいにあるモニターからは、数日前にナルミが居合わせた、ある事件の現場が映し出されていた。

NEET探偵事務所に依頼に来たタイ人の少女、メオ。消息を絶っている父親を探して欲しいという依頼で、父親に持たされた鞄の中には二億円が入っていた。平坂組の力を借り、父親の捜索を開始するが、｢早く手を引くように｣と四代目から忠告を受けるも、メオの父を信じるまっすぐな笑顔に、それでも助けたいと答えてしまうナルミで--

メオの父親、草壁昌也の消息を追うアリスたち。メオが持たされた二億円が横領金であるという推測から、真実が見えはじめてきた。同時にメオを追うヤクザが『ラーメンはなまる』に押しかけ、連日嫌がらせをするようになる。自分が居ることでみんなに迷惑をかけてしまうと、メオは、はなまるを後にし、自分ひとりで父親を助けようと決心するが…

『ラーメンはなまる』でオーダーされた醤油ラーメンがほぼ手付かずのまま残されていた。今までにも何度か同じ目に遭っていたミンさんは、自分への挑戦状だと受け止め徹夜でスープの改良に努める。時を同じくして、ナルミはミンさんの家に不審な人物が出入りしているのを目撃する。調べてみると、ミンさんのさらしが盗まれていた。これも初めてではないことから、ニートたちはアリスに相談を持ちかける。

インディーズバンドのプロモーションを請け負うことになった四代目は、その手伝いにと、アリスからナルミを借り出す。元々別のヤクザの組が絡んでいた厄介な仕事だというが、そのうち、平坂組に汚名を着せるような事件が起こる。一方、ナルミはアリスのおつかいで来た上野動物園で、ライブハウスで知り合った錬次という男と再会していた。

ナルミは、再会した錬次との会話でその境遇を知り、友達になろうと提案するが、義兄弟の盃を交わそうとする錬次の所作への既視感と、次の予定があるライブハウスへ行こうとする自分への忠告に、何かを感じていた。向かったライブハウスでは小火騒ぎが起こっており、呆然となるナルミと、すべてを悟った四代目で――

錬次からの連絡を受けたナルミは、彼のシャツを盾に、四代目、そしてヒソンとの過去を聞き出す。3人の幸せな日々と、その突然の終わり、四代目の信じられない行動……。決裂してしまったふたりでも、お互いの義兄弟である自分がいれば、まだ繋がっていられるはず、というナルミの言葉を錬次は冷たく突き放し、四代目の積み上げてきたモノは全部壊すと切って捨てる。しかし、そんな錬次の行動がどうも腑に落ちないアリス。そんな折、ヨシキとの会話の中で、ふたりが交換した一番大事なモノに気付いたナルミは、四代目に連絡。錬次が抱えているはずの想いを伝え、アリスに依頼して、どこかに隠されたウソを暴き出さねばならないと告げる。その言葉に、四代目は………。

平坂組の事務所にひとり残っていた四代目が、何者かに襲われる。意識不明に陥って、いまだICUに入ったままだという。平坂組の人員を分散させて四代目を孤立させる、錬次の目論みが見事に成功したのだ。中心人物を欠いて混乱、暴走しそうになる平坂組。自分の無力さにやりきれない気持ちになるナルミだったが、平坂組事務所のパソコンに残された書きかけのメールに見つけた四代目の想いに、自分を取り戻す。組は義兄弟の自分が仕切る。四代目がすべてを賭けている、この仕事も成功させる。ギリギリのところで錬次の本当の目的――平坂組の壊滅を防いだナルミは、最後の戦いになるだろうライブ最終日に向けて、アリスと共に錬次を迎え撃つ準備を始める……。

オンライン野球ゲーム｢パワレボ｣にハマったナルミたち。彼らが入り浸ってプレイしているGAMEにしむらに危機が訪れていた。顔見知りのヤクザ・ネモさんから、家賃250%アップという法外な条件での立ち退きを迫られていたのだ。ネモさんの挑発に引っかかり、店の立ち退きを賭けて野球で勝負することになってしまったニート探偵団。少佐の依頼を受けたアリスを監督に、試合に向けた猛特訓が繰り広げられることに。そんな折、ネモさんが甲子園出場校のエースピッチャーだったことが判明する。その豪腕ぶりを目の前で見せられたナルミたちは血相を変える。脳天気に野球をしているヤツを見ると虫酸が走る。ただならぬ様子でそう語るネモさんにも、何か事情がある様子で……。

GAMEにしむらに現れた彩夏の兄・トシ。しばらく姿を見せなかったうえ、どうも具合が悪そうな彼の様子に、彩夏は心配して声をかけるが、なぜかトシは彼女につらく当たる。ふたりのやり取りが気になったナルミは、店を出て行ったトシを追う。彼の口から語られる奇妙な話と、彩夏の過去。再び激しく咳き込んだトシの手には、ピンク色の錠剤が握られていた。そんな折、アリスのもとに四代目からの依頼が舞いこむ。街に新型の薬物が出回っており、被害が広がっているだけでなく死人まで出ているという。薬をさばいているのは素人で、元締めはおろか、そのルートすら特定できない。その薬物の名前は｢エンジェル・フィックス｣ーートシの持っていた錠剤と同じものだった……。

彩夏が学校の屋上から飛び降りた。集中治療室に運ばれて処置を受けた彼女の意識は戻らないまま、2週間の時が過ぎる。彼女の不在は、それぞれに暗い影を投げかける。ナルミは学校にもはなまるにも顔を出していなかった。すっかり止まってしまった彼の時間。なぜ自分は彩夏の言葉に気付くことができなかったのか。アリスの元を訪れ、依頼するナルミ。彩夏があんなことになったのか、その理由をどうしても知りたい。そんな彼に、アリスは彩夏のが飛び降りた理由は自明だが、どうして学校の屋上を｢選んだ｣のかは知らねばならないと告げる。死者の残酷な真実を暴く痛みを共有しよう。ともに後悔を抱えながら、真に探偵と助手になったふたり。

彩夏の携帯からかけられたナルミへの電話。そこから届けられたのは、事件の黒幕である墓見坂のアリスへの挑戦だった。ピンクの羽を付けた者だけが、天国の扉にたどり着ける。しかし、彩夏の携帯を持っていた男は墓見坂の居場所すら知らなかった。ふとしたことから、服用者にもたらされる視覚の極端な鋭敏化こそが、エンジェル・フィックスの売人を見分ける条件だと気付くナルミ。そしてアリスは墓見沢の目的は薬の効力を確かめるための実験だと突き止める。売人をあぶりだすために、自分が薬を飲む。彩夏のために自分ができることはこれしかない。ナルミの決断に、ニート探偵団が動き出す。薬を飲んだナルミの瞳に映ったのは、天使の翼をはやした彩夏の姿で……。