「我必須去做，不然我回不了家！」

黑黑的繭子裡只能聽到少年的呼吸聲。 在神祕蒙面機械師的指示下，少年駕駛名為「神機人」的人形兵器向西特雷耶的船隻發動攻擊。

西特雷耶帝國的年輕皇帝拉夏拉·地球28世和她的侍衛聖基爾弗蘭將襲擊這裡。

Chaia 被迫在一位陌生的聖人面前掙扎。

但是有增援...

「他會成為我的追隨者，我會帶他去聖地。」在羅剎天皇騎著的天鵝面前，一座閃耀著銀色光芒、據說像女神的巨大聖地大門出現了進入視野。 那是一所巨大的學園，供來自大陸各地的聖徒子弟和皇室貴族就讀。

「在宿舍工作？」羅剎羅帝吩咐在聖地廣闊的森林裡狩獵的劍士去聖地工作。這樣做是為了讓劍士成為他的侍從，得到教會、聖徒、王室貴族和特權階級的認可。

「天鵝身上全是洞？」那是一位劍客挖出埋在天鵝體內的水晶的傑作。質問他的凱亞，將劍士的寶墜鎖鏈弄斷了。再也學不會在華的工坊附近尋找水晶的劍士。然而，一名黑衣男子從工房出現，向劍士襲來。劍士想按住他，卻讓他逃了，當他追上去的時候，彌賽亞出現了…

「此事已獲一致通過。」在拉沙拉的建議下，劍士被任命為學生會成員，學生會成員僅由王室成員和大貴族組成。雜工的名字背後隱藏著某種猜測。 當劍士加入學生會的消息在女聖徒中傳開後，劍士開始受到想要與學生會幹部建立聯繫的女孩們的追求。趁著這個機會，萬理亞鼓勵雪音將劍士變成自己的…

「當然，所有的費用我們來承擔。」應瑪麗亞的母親、弗洛拉女王的邀請，拉夏拉等人前往位於哈沃尼瓦的豪華度假村。在旅途中，劍士遇到了他的朋友塞萊斯，但他的旅程隱藏著一個秘密。

為了一掃暑假後的悶悶不樂，達格邁爾提議舉辦武術大會。 這是一場從預選賽開始就表現出興奮的比賽，但其中隱藏著意想不到的目的。

「走吧，明天就是我們勝利的時候了。」趁著學生們熟睡，達格邁爾率領的男聖徒和強盜們在深夜佔領了聖地的重要設施。覺醒的學員們看到的，是入侵了毫無防備的聖地。這是 Citreille 的旗艦 Babel。支配聖地的盜聖機械師。學生會長莉蒂亞為了疏散學生們，結繭與聖光神對抗，卻即將遭到襲擊…… 千鈞一發之際，用華的新技工救了莉西亞的劍士。留下亞烏拉當機械師，劍士開始往繭跑去…

「你的臉色很好，但累不累？」斯旺帶著眾多學生從巴巴倫佔領的聖地撤離。正是劍士的出現，讓壓抑的氣氛變得明亮起來。然而，一道影子，手持寒光劍，朝著劍士逼近。

「那個黑衣人是什麼東西！？」突然，以達格邁爾為首的巴巴倫大軍向舒里芬襲來。其中有一位手持蓋亞之盾的黑色聖鬥士。達格邁爾和毀滅都城舒里芬的黑聖鬥士，更是…

「Celes Tite為什麼…」一名劍士意外地與被Babalun軍隊追擊的Celes重逢，途中前往結界車間，那裡是Kyia的父親Naua，那裡是知道所有謎團的父親。但那是達格邁爾的計劃。賽萊斯做出意想不到的舉動。

劍士前往 Yukine 的家鄉村莊獲取武器，以對抗黑聖鬥士擁有的 Gaia 盾牌。有一根巨大的石柱，叫做「天地」。