边际的大陆“尤格特”在突然出现的黑之军团的袭击下陷入前所未有的危机之中。在统御大陆的圣王倒下、人们陷入绝望的深渊中的时候，无名的战士尤里号召义勇军挺身而出，他们在尤古度各地召集同伴，终于抵达黑之军团的根据地，并与率领军团的黑之王展开战斗。

从不放弃希望勇敢战斗的阿兰姆身上，尤里看见了过去的自己，终于再次取回了重新战斗的意志。为了要重整旗鼓，尤里等人决定前往协助义勇军的公会联合本部所在的副都。而另一方面，一直以来都独自战斗的阿兰姆，也因为第一次了解到黑之军团的扩张所造成的大陆黑化现象而惊讶不已。尤里虽然向他提出加入义勇军的邀请，然而…。隔天，一行人抵达副都后，却发现这里遭受到黑之军团的袭击而陷入了一片混乱。

在副都与公会联合议长吉尔伯特再度相会后，尤里向他提出想集结新的讨伐军的打算，并且获得了吉尔伯特将提供讨伐军支持的约束。另一方面，圣王女尤莉安娜为了让圣骑士团重整旗鼓，决定与尤里等人道别、回到骑士团的据点所在的圣都、并指派圣骑士布鲁克哈路德做为自己的代理人与讨伐军一同行动。然而对尤里抱持着不信任感的布鲁克哈路德，对于自己被尤莉安娜留下感到十分的不满。

尤莉安娜等人回到副都后，却发现副都正处于暴动之中。尤莉安娜见到人们慌乱失措的模样感到非常痛心。另一方面，尤里等人为了调查比利卡的下落而动身前往贤者之塔，然而，等待他们的却是魔法军团的攻击。居住在贤者之塔的三贤者的其中一人・力之贤者梅鲁提欧鲁表示，想取得贤者之塔的协力，首先就得展先出他们的实力，于是派出了魔法兵团的维尔纳等人迎击，于是尤里等人也决定应战…。

尤里一行人遵循命运的贤者法帝玛的指示，来到了被冰雪覆盖的迷宫山脉，然而他们却遭受到突然现身的黑之军团的攻击而陷入苦战，在战斗过程中尤里与阿兰姆意外遭难。菲娜等人决定先动身前往土妖精们的村庄请求协助两人的下落。在那里，有一个被挖掘出土的神秘人工遗物…。而另一方面，尤里等人则挖掘了一个雪洞等待天候恢复正常。

突然现身在尤里一行人面前的修瑟为了打倒黑之王，胁迫尤里等人交出锁链编年史。尤里虽然向修瑟表示希望能够再次与九领携手作战，但认为光靠讨伐军的做法无法取胜的修瑟却断然拒绝了他。于是尤里等人与九领军之间的战斗就此展开。在激战的过程中，艾雷努斯带着布鲁克哈路德与名为欧路索达的魔神现身在众人面前。

因为受到艾雷努斯等人的袭击，讨伐军受到了毁灭性的打击。锁链战记被修瑟夺去、凯恩失去了意识。然后，尤里加入至黑之军团的麾下。讨伐军就地解散，玛莉娜等人决定先带着凯恩返回副都，另一方面阿兰姆与菲娜则决定照着尤里的意思动身前往精灵岛。在这个时候，黑之王与黑骑士两人在王都见面了。

阿兰姆与菲娜抵达精灵岛后等待着他们的，是黑之军团的猛烈攻势。在森林妖精琵恩塔与拉法加父女的帮助之下，两人朝向世界树的图书馆出发，然而这时黑骑士却突然现身。因而大受打击的阿兰姆在拉法加的催促下决定继续向前迈进。然后两人跟随着持有这个大陆的编年史的尤古度，为了找寻比利卡的下落进入编年史的内部。

为了令沙漠的新守护龙诞生，造访沙漠湖都的阿兰姆受到湖都之王・亚瑟莉娜的请托，要去寻找传说中的歌姬・穆西卡。然而这个时候，却传出尤莉安娜所率领的圣骑士团正与九领军处于一触即发的对峙局势的消息。阿兰姆拜托菲娜找寻穆西卡、来到了尤莉安娜等人身边。

阿兰姆等人与守护龙一同回到贤者之塔后见到的，是力之贤者梅鲁提欧鲁所打造的空间转移装置「方舟」。此乃为了直接突击受黑暗瘴气笼罩的王都所准备的最终兵器。一切准备就绪，王都夺回作战终于即将展开。决战前夕，阿兰姆正与菲娜在月光下谈天，然而这时布鲁克哈路德却率领黑之军团出现在他们面前。

阿兰姆等人所搭乘的方舟虽然成功入侵王都内部，但却因为布鲁克哈路德的攻击而在王都上空遭受到严重损害。阿兰姆等人接二连三地从方舟上落下。这时战场上响起了受守护龙所救的穆西卡吟唱的歌声、覆盖王都的黑暗瘴气开始被消除。如同在呼唤讨伐军一般，在王都外部等待的尤莉安娜等人一鼓作气攻进王都。为夺回王都所策画的反抗作战就此展开。

在王城深处，阿兰姆与黑骑士终于展开最后的战斗。另一方面，在王城外，在尤莉安娜陷入危机时解救了她的修瑟与艾雷努斯开始了激战。面对攻势逐渐猛烈的黑之军团，讨伐军开始出现了疲惫之态。而黑之王则露出了邪恶的微笑静静地注视着这一切眼看状况一路恶化，菲娜赌上了自己的性命，决定与黑之王做个了断。