탐정사무소에서 쉬고 있던 명지와 코바 그리고 유미. 코바는 명지가 읽고 있던 신문에 관심을 보인다. 그런데 갑자기 검은 녀석이 나타나는데...

탐정사무소에 정체불명의 괴문서가 도착한다. 그것은 바로 괴인 20가면이 보낸 초대장이었는데...

녹화해 놓은 만화를 단숨에 파악하려고 하는 만화 마니아, 아니 소년탐정단. 그런데 만화에서 갑자기 의문의 메시지가 나타나고 탐정단은 그대로 기절한다. 정신을 차린 소년탐정단이 본 것은 과연 무엇일까?!

소년탐정단은 첨단 기술이 도입된 초밥집에 간다. 그런데 그들을 기다리고 있던 것은 거대한 참치 괴인이었다. 과연 소년탐정단의 운명은 어떻게 될 것인가?

6년 만에 나타난 매미괴인. 그는 소년탐정단에게 공격하겠다고 예고한 후, 소음 공해로 거리를 마비시킨다. 힘내라, 소년탐정단! 지지 마라, 소년탐정단!

소년탐정단을 박살내라며 본부에서 괴인 20가면에게 보낸 것은 겉모습은 천사처럼 귀여운 괴인Q였다. 그가 쏜 사랑의 화살은 과연 효과가 있을 것인가?

간공학 연구소의 박사가 갑자기 사라진다. 게다가 연구원 7명은 이상한 자세로 기절한 채 발견된다. 범인은 누구일까? 그리고 범인의 목적은 무엇인가?

건축공학의 융체 소재를 연구하는 박사가 우연히 개발했다는 정체불명의 생명체 '모서리 벌레'는 과연 무엇일까?

정신을 차려보니 붉은 방에 와 있는 소년 탐정단. 그리고 그들 앞에는 의자가 된 명지와 괴인 20가면이 있었다. 괴인 20가면은 왜 그들을 붉은 방으로 데려왔을까?

명지를 잃고 슬픔에 빠진 소년 탐정단과 증오심에 불타는 코바. 그런 그들 앞에 주인 할머니가 나타나는데...

괴인 페스티벌에 나타난 소년탐정단과 명지. 마침내 주인 할머니와 명지의 정체가 밝혀진다!!

마침내 괴인 20가면과 펼치는 마지막 대결!!! 과연 소년탐정단은 미래를 지킬 수 있을까? 정말로 지킬 수 있을까?!