機械いじりが得意な高校生・高槻手綱（タヅナ）は、修理依頼に駆け回る日々を送っていた。 ある日、大学部の准教授・槇原長政（マキハラ）からの依頼で、彼の研究室へと訪れる。 そこにはベッドで眠り続ける一人の少女が。 何かに導かれるように彼女の指先に触れたタヅナに、どこからか声が降り注ぎ——。

異質な世界――ジグラートで初めてのハンドシェイカーの戦いを経験したタヅナ。 傍らにはタヅナと手を繋いだことで目覚めた芥川小代理（コヨリ）の姿が。 彼女はタヅナと手を放すと、死んでしまうのだという。 突如遭遇した様々な出来事に戸惑いを隠せないタヅナ。 そんな彼にマキハラが驚きの真実を告げる。

学園祭の準備で学校中が浮き立つ中、タヅナはマキハラの研究室を訪れていた。 マキハラは昔、ハンドシェイカーだった。 先日コヨリを探している時、男から聞かされた言葉。 タヅナはそれを確かめようとしていたのだ。 だがそこで彼はマキハラから驚くべき真実を告げられる――。