擅长玩弄机械的高中生·高槻手纲，过着奔跑于修理委托的日常。一天，因大学部的准教授·槇原长政的委托，去访问他的研究室。那里有一个在床上一直沉睡的少女。如同被什么引导一般触碰到她的指尖的手纲，听到了从某处倾注而下的声音——。

手纲在异质的世界──金字形神塔中，第一次经历了Handshaker的战斗。身旁则有着与手纲握手之后苏醒过来的芥川小代理的身影。据说只要手纲放手她便会死去。手纲突如其来遇上种种事件，难掩不知所措的模样。而槙原则告诉那样的他惊人的事实。

手纲跟小代理在槙原的研究室做完定期健检。手纲问了接下来的行程，表示有想尝试的事，小代理对此露出不可思议的表情。另一方面此时三津寺千鹤与东飒，为了做引进店铺的说明，造访了某个地方。那里正是手纲就读的学校——。

千鹤与飒，他们是Handshaker。愿望是一切皆平等。在Dagger Shadow、Blade Shadow他们的连带攻击之下，手纲只能一味防守。不过他为了保护小代理，找出了一条活路。把Single Gear插进地上狂奔的手纲他们，要去的地方是――。

手纲跟小代理受千鹤她们所邀，造访了双色玉米的新世代概念店。手纲为各式各样崭新的机械感到兴奋。而在离开店里之后，手纲也依然在思索着许多事情。但他突然发觉，单手向来有着的触感消失了。手纲跟小代理居然走散了……！

当整个校园正在愉快地筹备校庆时，手纲造访了槙原的研究室。槙原过去曾经是Handshaker。那是日前在寻找小代理之际，从某个男人那边听到的话语。手纲想要确认那件事。但槙原却在那里告诉他令人惊讶的真相――。

手纲跟小代理，两人的力量互相契合，打倒了强敌Kodama跟响。而他们两人不知为何穿上了双色玉米的制服。手纲看着打招呼很笨拙的小代理不禁脸红。事情的起因是，槙原为了小代理能说话嚎啕大哭之际打来的一通电话——。

手纲他们跟位于最靠近神的立场的长冈大地（Nakaoka）、芥川檀（Mayumi）战斗。在遭到长冈他们宁录侵蚀的金字形神塔之中，手纲跟小代理以跟许多Handshaker之间的联系为力量挥舞宁录，他们两人能够战胜长冈吗？还有小代理的命运会是……。用我的手，守护住。