Такаши Нацумэ всё так же видит духов и как раньше вместе со своим телохранителем Мадарой старается освободить их, возвращая имена и тем самым освобождая от сил «Тетради дружбы». И, конечно же, без неприятностей в этом деле не обходится.

妖怪が見える少年・夏目貴志は、ある日祖母の遺品の中から「友人帳」を見つける。「友人帳」とは、彼の祖母・レイコが妖怪をいじめ負かした結果、奪った名を集めた契約書だった。以来、名を取り戻そうとする妖怪達から狙われるようになってしまった夏目は、とあるきっかけで自称用心棒となった妖怪、ニャンコ先生（斑）と共に、妖怪達に名を返す日々を送り始める。

夏目贵志生来拥有强大的灵力，能感知平常人所无法接触的妖怪神明的存在。因其父母双亡，多年间辗转于互相推卸责任的亲戚之间，同时被其能力影响，受到同龄人的欺负，未曾与任何人深交，造成性格一定程度上的孤僻。本性和善，宽厚，踏实，对于自己经历的不幸，无论人类还是妖怪都未曾怨恨过。被善良的藤原夫妇收养后踏入高中。一次被妖怪追赶的时候打破了一只强大妖怪“斑”的封印，继而牵涉到夏目贵志的祖母的遗物“友人帐”——一本记录着众多妖怪名字的契约书。

Natsume continue la mission qu'il s'est fixé, celui de libérer les yōkai qui sont sous l'emprise du Livre des Amis qu'il possède, convoité cependant par d'autres yōkai pour des raisons moins nobles. Ces derniers se montrent de plus en plus envahissants et sortent de la forêt pour s'infiltrer dans la maison de ses parents adoptifs. Ne souhaitant pas les impliquer davantage, il doit se dépêcher d'agir car malgré la protection de Nyanko-sensei, le danger n'est jamais loin pour lui et ses proches...

Natsume Yuujinchou San follows Takashi Natsume, a boy who is able to see youkai. Natsume and his bodyguard Madara, nicknamed Nyanko-sensei, continue on their quest to release youkai from their contracts in the "Book of Friends."

Natsume comes to terms with his ability to see youkai and stops thinking of it as a curse. As he spends more time with his human and youkai friends, he realizes how much he values them both and decides he doesn't have to choose between the spirit and human worlds to be happy.