小さな頃から、妖怪といわれるものの類を見ることができ、そのため周囲から疎まれてきた夏目貴志。ある日、妖から追われ逃げ込んだ神社で、招き猫の姿をした妖に出会う。「斑」という名のその妖から、妖たちは夏目を祖母のレイコと勘違いしていること、名前を返してもらいたがっていることを聞く。レイコの遺品の中にあった「友人帳」という名の綴り、それは、夏目と同じように妖を見ることができたため人間から疎まれたレイコが、その寂しさから、妖たちを隷属させる証として名前を書かせたものであった。

祖母レイコの遺品「友人帳」を手にした夏目は、用心棒である妖「ニャンコ先生」の力を借り、妖たちに名前を返していくことを決める。そんな夏目の前に、名前を返してほしいと現れた小さな妖「露神」。名前の返還に応じようと友人帳を手に取るが、名を示した頁は次の頁とくっついていた。名を破られれば身は割け、名を燃やされれば身は灰になる。くっついた頁の名を持つ妖を、ニャンコ先生・露神と共に、夏目は探し始める。

妖への名前の返還に応じる日々を送る夏目の元に、八ツ原に住む妖怪が、退治してほしい人間がいるとやって来る。その人間、害を与えず暮らしている妖たちを退治するのだという。同じ頃、夏目の存在を気にする人物が現れる。田沼というその同級生は、八ツ原に最近越して来たらしい。自分と同じように妖を見ることができる人がいるかもしれない、自分の見える世界をわかってくれる初めての仲間かもしれない、と夏目の心は逸る。

旧校舎での肝試しに参加することになった夏目。この地には、人間好きの招福の神様が欲深い人間に捕らわれ、忌まわしき妖になったという逸話があるという。不安を抱きながら肝試しがスタートすると、クラスメイト達が次々と姿を消してしまう。そんな中、行動を共にすることになった委員長の笹田は、この世の者でないものを見ているのではと夏目を問い質し、協力してほしいことがあると告げる。

レイコの遺品の中から電車の切符を見つけた夏目。その切符に書かれた駅にやって来ると、そこにはレイコを待ち続けているという毛むくじゃらの妖がいた。夏目は、レイコとここで会う約束をしているというその妖に名前を返し、流れ込んで来た思念から、レイコがその妖「さんと」を助けてあげようとしていたことを知る。レイコのやり残したことをやるため、「さんと」と共に約束の場所「霧が沼」へと歩き出す。

釣りをしようとダム湖にやって来た夏目達の前には、水没した廃村が姿を現していた。夏目は、そこで何者かに取り憑かれ意識を失う。夏目にとり憑いたその妖怪は、村が再び水底に沈む前に、遠くから一目だけでも会いたい人間がいるという。夏目の協力もあって、ついに探し人に会うことが叶う。

勉強合宿に出かけた夏目は、森の中で妖怪に苛められている「子狐」と出会う。怯えて途端に姿を消した「子狐」だったが、自分を助けてくれた夏目のことが気になる様子。そして、夏目が「友人帳」を持つものだと知ると、自分の名前を差し出し、子分にしてほしいと頼む。

ある沼に蛍を見にやって来た夏目とニャンコ先生。そこにいたのは、沼を見つめる男性と彼に寄り添うようにしている妖だった。その男性はかつて妖を見ることができたこと、ある日突然その目が妖を映さなくなったことを聞いた夏目。自分にも彼のようにずっと望んできた解放の時が訪れるのか。もう妖を見ることのない男性が、夏目は何故この沼に来ているのか知りたいと思った。

ある日突然、夏目の前に現れた“仲間”を名乗る男「名取周一」。彼もまた、夏目と同じように妖怪と呼ばれるものの類を見ることができた。表の顔は俳優、裏の顔はあやかし祓い。夏目にお祓い家業を手伝わないか、と誘う名取には、妖怪への憎しみが見えた。

夏目の体を頂く、と現れた傘を持った妖怪「アカガネ」。体を病んでしまった美しき蒼琴弾き「アサギ」のためだと言う。次の日、夏目の体には変化が起きていた。青い髪、そして青い目、それは「アサギ」が憑依したことの表れだった。「アサギ」の気持ちが消化されれば自然と体から離れていくであろう、というニャンコ先生の言葉で、「アサギ」が再び琴を奏でられるよう、夏目は「アカガネ」に協力することにする。

夏目とケンカをして、藤原家を飛び出してしまったニャンコ先生。中級妖怪達に陰口をたたかれ八つ当たりをしたり、女子高生姿で西村・北本に絡んだりしていた。そんなニャンコ先生の前に現れた妖怪「猿猴」は、ニャンコ先生が夏目と縁を切ったと聞きつけ、「友人帳」を夏目から奪うと言う。夏目はともかく、友人帳を奪われる訳にはいかない、と帰路を急ぐ。

１匹の蛙に導かれるように森の中に足を踏み入れた夏目。そこで目にしたものは妖怪を喰う邪鬼の姿だった。逃げる夏目だったが、その邪鬼に触れられた腕に呪いを受けてしまった。五日かけて生気を吸い尽くすというその呪い『五日印』。疼き出す呪いの痣、追ってくる黒い影、そして呪いの余波で小さくなってしまったニャンコ先生…。夏目は、大切な人達を巻き込むことなく、この呪いから五日間逃げ切ることを決意する。

ひょんなことからニャンコ先生が妖怪であることを田沼に知られてしまった。訳を訊ねる田沼に対して、巻き込みたくないという思いから、できることなら隠していたかった夏目は本当のことを話せないでいた。そんな時、神社のお祭りにニャンコ先生を忘れてきたことに気付く。

小さな頃から、妖怪と言われるものの類をみることができ、周囲から疎まれてきた夏目貴志。祖母レイコの遺品「友人帳」に書かれた妖怪達の名前を返す日々を送るうち、たくさんの友人や大切な場所を手にしていた。しかし、多くの妖怪を統べることのできる友人帳を狙う妖怪は多く、ある日、猿面の妖怪達に襲われ、彼らの住む森へと連れ去られてしまう。用心棒の妖怪・ニャンコ先生と共にその森から去ろうとする夏目だった。

東方の森でニャンコ先生を探すうち、的場静司にとらわれてしまった夏目。再び対峙した夏目と的場…。人と妖、たくさんの友人に囲まれ過ごす夏目には、的場が放つ言葉は全く相容れないものであった。合流したニャンコ先生と共に、的場の屋敷から脱出を試みるものの、的場に壺の中に封印されてしまった猿面の妖怪と共に、再び捕えられてしまう。一方その頃、夏目が姿を消したと知ったヒノエと三篠は、東方の森へと向かっていた。

ニャンコ先生との散歩の途中、子猫を助けたつもりの夏目が抱き上げたのは、毛玉の妖怪だった。怪我をしていたその妖怪の手当をし、一晩部屋で休ませることにする。翌日、その妖怪を森に帰し帰宅すると、かつて名前を返したアマナという妖怪に襲われる。大事な指輪を失くしたアマナは夏目を盗人呼ばわりし、指輪を返せなければこの一帯を焼き払うという。指輪を探し始める夏目とニャンコ先生だったが、どうやらその指輪は毛玉の妖怪に引っかかっていたようであった。

塔子の声真似をした妖怪が、家に入り込んでしまった。友人帳に名のある「カリカミ」という妖怪を呼び出したいのだという。夏目をえさに「カリカミ」を呼び出そうとする「ヨビコ」と名乗るその妖怪は、夏目に、「カリカミ」は古紙を修正する力を持つ妖怪であること、雨ざらしで開くことのできない手紙を開いてほしいということ告げ、その理由を語りだすのだった。

夏目が中学の時に少しだけ住んでいた町に住むユリコ。赤点をとるたびに神社を訪れるユリコはこの日もまた、ため息をつきながら神社に来ていた。中学時代のユリコが夏目と出会ったのも、この神社だった。

妖怪によって小さな瓶の中に捕らわれてしまった夏目。どうやら持ち主を探す以外、開ける方法はないらしい。周囲の人に心配をかけないよう、ニャンコ先生が夏目の姿に化けることにするのだが、その夜、持ち主の妖怪が瓶を取り戻しに現れる。

捕らわれた夏目の行方を探す田沼は、妖の世に迷い込んでしまった。妖怪達の集まる館へと足を踏み入れた田沼は、なんとか夏目の解放に成功するが、妖怪達に正体がばれてしまう。妖怪達が襲い掛かろうとしたその時、袋をかぶった男が現れ、夏目と田沼を救い出す。

豊作の神とされる豊月神と、地枯らしの神とされる不月神が勝負をする豊作祈願の祭、月分祭。不月神が勝てば山が枯れるが、その勝負を前に豊月神が祓い人に封印されてしまったという。祭までに豊月神を探し出すよう依頼を受けた名取は、勝負の地となる三隅山にやってくる。しかし、名取の目の前に現れたのは、封印されているはずの豊月神の一行。そして、豊月神の面の下の顔は紛れもなく夏目だった。

ついに始まった月分祭。封印された豊作の神・豊月神の代わりとなった夏目は、豊月神探しの依頼を受けやって来ていた名取と共に、豊月神の気配を感じた崖へと向かっていた。しかし、豊月神を見つけても、不月神が勝てば、山が枯れる。地枯らしの神・不月神との勝負は、壺から飛び出した獣を先に捕えた方が勝者となる狩り。不月神との勝負に勝つため、夏目は名取が用意してきた呪詛と壺で獣を封じ、勝者となる。

田沼たちとラムネ水の湧く場所を探しに行こうと盛り上がる夏目の元に、かつてお世話になった親戚から連絡が入る。幼い頃に父親と暮らした家に買い手がつき、手放すことになったのだという。心優しい人たちに囲まれ日々を過ごしている今、もう心は痛まないと、一枚の写真を手に取る夏目。それは夏目の両親の写真だった。

最後に一度だけ、幼い頃に父と過ごした家を見に行きたいと塔子たちに告げ、夏目は三世子という少女のいる親戚の家に、鍵を受け取りに向かっていた。しばらくお世話になっていたことのある地で、かつての記憶を辿りながら思いを巡らせる夏目は、その家に妙な妖怪が住みついていたことを思い出す。

三世子の家に住みついていた妖怪ムシクイに、心の中に入りこまれてしまった夏目。その意識は遠い記憶の中に迷い込んでいく。それは三世子の家で暮らした頃の、辛い悲しい記憶…。どこにも居場所がなかった夏目は、辛くても両親の写真を見ることさえ堪え、さみしくないと自分に言い聞かせていた。だが本当は何度も何度も呼んでいたのだった。どんなに呼んでも手が届かないものがある。そしてもう呼ぶのはやめると決めたのだった。

突如空から現れた妖怪に連れ去られてしまう夏目。夏目をレイコと勘違いしているその妖怪は、友人帳に名があり今は封印されている友を呼んでやってほしいという。一方、夏目とはぐれたニャンコ先生は、山の中の廃屋で、古井戸の中から妙な気配を感じる。足を滑らせその古井戸に落ちてしまったニャンコ先生が遭遇したのは、祓い屋・的場一門の七瀬であった。